8epm

Human R-type voltage-gated calcium channel Cav2.3 CH2II-deleted mutant at 3.1 Angstrom resolution

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 151.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Voltage-dependent R-type calcium channel subunit alpha-1E

Homo sapiens

UniProt Q15878

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 5 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–2313 未记录 Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1 × 1 (P54289) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 CA CALCIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAC1E_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–2313; UniProt 1–2313

Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1

Homo sapiens

UniProt P54289

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 5 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–1103 未记录 Voltage-dependent R-type calcium channel subunit alpha-1E × 1 (Q15878) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 CA CALCIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 29 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CA2D1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–1103; UniProt 1–1103

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8epm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8epm
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8epm
沉积日期 deposition_date2022-10-06
结构标题 titleHuman R-type voltage-gated calcium channel Cav2.3 CH2II-deleted mutant at 3.1 Angstrom resolution
关键词 keywordsCav2.3, Channels, Calcium Ion-Selective, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier47.01
回转半径 Rg (电子) rg_electron47.50
零角强度 I(0) i0648407000.00
分子量 molecular_weight219330.0 kDa
排除体积 excluded_volume277800 ų
包络体积 envelope_volume404750 ų
水化壳体积 shell_volume71532 ų
包络直径 envelope_diameter156.1
壳层 Rg shell_rg51.09
包络 Rg envelope_rg46.53
形状 Rg shape_rg47.48
总 Rg total_rg47.71
总原子数 total_atoms15458
残基数 n_residues1939
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax151.5
Rg (实空间) rg_real47.08
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.59
I(0) (实空间) i0_real6.4840e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2440e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal47.01
I(0) (倒空间) i0_reciprocal648300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8653
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary49.0
偏度 Skewness skewness0.322
峰度 Kurtosis kurtosis-0.541
角度范围 angular_range— – 0.1700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha62760000.0000
实空间数据点数 n_real_points35
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.441

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)