8eq5

Crystal structure of the N-terminal kinase domain of RSK2 in complex with SPRED2 (131-160)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 65.3 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribosomal protein S6 kinase alpha-3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 46–346	未记录	Sprouty-related, EVH1 domain-containing protein 2 × 1 （Q7Z698） QCT 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-4-oxo-4H-chromen-3-yl 6-deoxy-alpha-L-mannopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；30% w/v PEG 2K MME, 0.1 M Tris, pH 8.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8EQ5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4D9T Rsk2 C-terminal Kinase Domain with inhibitor (E)-methyl 3-(4-amino-7-(3-hydroxypropyl)-5-p-tolyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-6-yl)-2-cyanoacrylate 提交 2012-01-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 399–740（342 aa）片段：C-terminal kinase domain, UNP residues 399-740	未记录	0JG methyl (2S)-3-{4-amino-7-[(1E)-3-hydroxyprop-1-en-1-yl]-5-(4-methylphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-6-yl}-2-cyanopropanoate × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 8.5；298 K；100mM Tris, pH 8.5, 25% PEG 3350, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
4D9T Rsk2 C-terminal Kinase Domain with inhibitor (E)-methyl 3-(4-amino-7-(3-hydroxypropyl)-5-p-tolyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-6-yl)-2-cyanoacrylate 提交 2012-01-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 399–740（342 aa）片段：C-terminal kinase domain, UNP residues 399-740	未记录	0JG methyl (2S)-3-{4-amino-7-[(1E)-3-hydroxyprop-1-en-1-yl]-5-(4-methylphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-6-yl}-2-cyanopropanoate × 2 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 8.5；298 K；100mM Tris, pH 8.5, 25% PEG 3350, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
4D9U Rsk2 C-terminal Kinase Domain, (E)-tert-butyl 3-(4-amino-7-(3-hydroxypropyl)-5-p-tolyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-6-yl)-2-cyanoacrylate 提交 2012-01-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 399–740（342 aa）片段：UNP residues 399-740	未记录	0JH tert-butyl (2S)-3-[4-amino-7-(3-hydroxypropyl)-5-(4-methylphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-6-yl]-2-cyanopropanoate × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 8.5；298 K；100mM Tris, pH 8.5, 25% PEG 3350, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.276
4D9U Rsk2 C-terminal Kinase Domain, (E)-tert-butyl 3-(4-amino-7-(3-hydroxypropyl)-5-p-tolyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-6-yl)-2-cyanoacrylate 提交 2012-01-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 399–740（342 aa）片段：UNP residues 399-740	未记录	0JH tert-butyl (2S)-3-[4-amino-7-(3-hydroxypropyl)-5-(4-methylphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-6-yl]-2-cyanopropanoate × 2 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 8.5；298 K；100mM Tris, pH 8.5, 25% PEG 3350, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.276
4JG6 RSK2 CTD bound to 2-cyano-3-(1H-indazol-5-yl)acrylamide 提交 2013-02-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 399–740（342 aa）	未记录	1LB (2S)-2-cyano-3-(1H-indazol-5-yl)propanamide × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；100 mM HEPES, 50 mM Ammonium Sulfate, 7.5% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.299
4JG7 Structure of RSK2 CTD bound to 3-(3-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridine-3-carbonyl)phenyl)-2-cyanoacrylamide 提交 2013-02-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 399–740（342 aa）	未记录	1LC (2R)-2-cyano-3-[3-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-ylcarbonyl)phenyl]propanamide × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；100 mM HEPES, 50 mM Ammonium Sulfate, 7.5% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.298
4JG8 Structure of RSK2 T493M CTD mutant bound to 2-cyano-N-(1-hydroxy-2-methylpropan-2-yl)-3-(3-(3,4,5-trimethoxyphenyl)-1H-indazol-5-yl)acrylamide 提交 2013-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 399–740（342 aa）	突变：T493M	1LE (2S)-2-cyano-N-(1-hydroxy-2-methylpropan-2-yl)-3-[3-(3,4,5-trimethoxyphenyl)-1H-indazol-5-yl]propanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；100 mM HEPES, 50 mM Ammonium Sulfate, 7.5% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.298
4NUS Rsk2 N-terminal kinase in complex with LJH685 提交 2013-12-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 39–359（321 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 39-359)	未记录	2NK 2,6-difluoro-4-{4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]pyridin-3-yl}phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；12-24% PEG3350, 100 mM sodium malonate pH 5-7, microseeding, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.39 Å R-free 0.231
4NW5 Rsk2 N-terminal kinase in complex with 2-amino-7-substituted benzoxazole compound 8 提交 2013-12-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 39–359（321 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 39-359)	未记录	2NR 7-(2-fluoro-6-methoxyphenyl)-N-(3,4,5-trimethoxyphenyl)-1,3-benzoxazol-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；7-8 mg/mL protein mixed 1:1:0.5 with 12-24% PEG3350 plus 100 mM sodium malonate pH 5-7 and microseeds, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.94 Å R-free 0.219
4NW6 Rsk2 N-terminal kinase in complex with 2-amino-7-substituted benzoxazole compound 27 提交 2013-12-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 39–359（321 aa）片段：N-terminal domail (UNP residues 39-359)	未记录	2NS 7-(1H-benzimidazol-7-yl)-N-(3,4,5-trimethoxyphenyl)-1,3-benzoxazol-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；7-8 mg/mL protein mixed 1:1:0.5 with 12-24% PEG3350 plus 100 mM sodium malonate pH 5-7 and microseeds, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.74 Å R-free 0.201
5D9K Rsk2 N-terminal Kinase in Complex with BI-D1870 提交 2015-08-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 39–366（328 aa）片段：N-terminal kinase (UNP residues 39-366)	未记录	584 (7R)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-5,7-dimethyl-8-(3-methylbutyl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；20% PEG3350, 0.075 M lithium citrate	分辨率 2.55 Å R-free 0.227
5D9K Rsk2 N-terminal Kinase in Complex with BI-D1870 提交 2015-08-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 39–366（328 aa）片段：N-terminal kinase (UNP residues 39-366)	未记录	584 (7R)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-5,7-dimethyl-8-(3-methylbutyl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；20% PEG3350, 0.075 M lithium citrate	分辨率 2.55 Å R-free 0.227
5D9L Rsk2 N-terminal Kinase in Complex with bis-phenol pyrazole 提交 2015-08-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 39–359（321 aa）片段：N-terminal kinase (UNP residues 39-359)	未记录	583 4,4'-(1H-pyrazole-3,4-diyl)diphenol × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；20% PEG3350, 0.2 M lithium citrate	分辨率 2.15 Å R-free 0.224
7OPO RSK2 N-terminal kinase domain in complex with ORF45 提交 2021-06-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 39–351（313 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；12 %PEG 6000, HEPES pH 7.5, 0.75M NaCl in reservoir	分辨率 2.75 Å R-free 0.232
7OPO RSK2 N-terminal kinase domain in complex with ORF45 提交 2021-06-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 39–351（313 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；12 %PEG 6000, HEPES pH 7.5, 0.75M NaCl in reservoir	分辨率 2.75 Å R-free 0.232
7OPO RSK2 N-terminal kinase domain in complex with ORF45 提交 2021-06-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 39–351（313 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；12 %PEG 6000, HEPES pH 7.5, 0.75M NaCl in reservoir	分辨率 2.75 Å R-free 0.232
7OPO RSK2 N-terminal kinase domain in complex with ORF45 提交 2021-06-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 39–351（313 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；12 %PEG 6000, HEPES pH 7.5, 0.75M NaCl in reservoir	分辨率 2.75 Å R-free 0.232
7OPO RSK2 N-terminal kinase domain in complex with ORF45 提交 2021-06-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 39–351（313 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；12 %PEG 6000, HEPES pH 7.5, 0.75M NaCl in reservoir	分辨率 2.75 Å R-free 0.232
7OPO RSK2 N-terminal kinase domain in complex with ORF45 提交 2021-06-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 39–351（313 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；12 %PEG 6000, HEPES pH 7.5, 0.75M NaCl in reservoir	分辨率 2.75 Å R-free 0.232
8R58 The RSK 2 N-terminal kinase domain in complex with BMF (1-19) 提交 2023-11-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 39–351（313 aa）	未记录	QCT 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-4-oxo-4H-chromen-3-yl 6-deoxy-alpha-L-mannopyranoside × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；25% PEG 550, 0,1M Tris pH 8.5, 10% isopropanol, 1.25 M NaCl as reservoir	分辨率 2.31 Å R-free 0.263
8XEY The Crystal Structure of C-terminal kinase domain of RSK2 from Biortus 提交 2023-12-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 400–740（341 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris pH8.5, 25%PEG3,350	分辨率 2.65 Å R-free 0.280
8XFY The Crystal Structure of RSK2 from Biortus. 提交 2023-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 40–359（320 aa）	未记录	A1LU8 2,6-bis(fluoranyl)-4-[4-(4-morpholin-4-ylphenyl)pyridin-3-yl]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M sodium malonate pH6.75, 18% PEG 3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.303
8XFY The Crystal Structure of RSK2 from Biortus. 提交 2023-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 J 40–359（320 aa）	未记录	A1LU8 2,6-bis(fluoranyl)-4-[4-(4-morpholin-4-ylphenyl)pyridin-3-yl]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M sodium malonate pH6.75, 18% PEG 3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.303
8XFY The Crystal Structure of RSK2 from Biortus. 提交 2023-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 40–359（320 aa）	未记录	A1LU8 2,6-bis(fluoranyl)-4-[4-(4-morpholin-4-ylphenyl)pyridin-3-yl]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M sodium malonate pH6.75, 18% PEG 3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.303
8XFY The Crystal Structure of RSK2 from Biortus. 提交 2023-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 40–359（320 aa）	未记录	A1LU8 2,6-bis(fluoranyl)-4-[4-(4-morpholin-4-ylphenyl)pyridin-3-yl]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M sodium malonate pH6.75, 18% PEG 3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.303
8XFY The Crystal Structure of RSK2 from Biortus. 提交 2023-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 40–359（320 aa）	未记录	A1LU8 2,6-bis(fluoranyl)-4-[4-(4-morpholin-4-ylphenyl)pyridin-3-yl]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M sodium malonate pH6.75, 18% PEG 3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.303
8XFY The Crystal Structure of RSK2 from Biortus. 提交 2023-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 40–359（320 aa）	未记录	A1LU8 2,6-bis(fluoranyl)-4-[4-(4-morpholin-4-ylphenyl)pyridin-3-yl]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M sodium malonate pH6.75, 18% PEG 3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.303
8XFY The Crystal Structure of RSK2 from Biortus. 提交 2023-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 40–359（320 aa）	未记录	A1LU8 2,6-bis(fluoranyl)-4-[4-(4-morpholin-4-ylphenyl)pyridin-3-yl]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M sodium malonate pH6.75, 18% PEG 3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.303
8XFY The Crystal Structure of RSK2 from Biortus. 提交 2023-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 40–359（320 aa）	未记录	A1LU8 2,6-bis(fluoranyl)-4-[4-(4-morpholin-4-ylphenyl)pyridin-3-yl]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M sodium malonate pH6.75, 18% PEG 3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.303
8XFY The Crystal Structure of RSK2 from Biortus. 提交 2023-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 40–359（320 aa）	未记录	A1LU8 2,6-bis(fluoranyl)-4-[4-(4-morpholin-4-ylphenyl)pyridin-3-yl]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M sodium malonate pH6.75, 18% PEG 3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.303
8XFY The Crystal Structure of RSK2 from Biortus. 提交 2023-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 40–359（320 aa）	未记录	A1LU8 2,6-bis(fluoranyl)-4-[4-(4-morpholin-4-ylphenyl)pyridin-3-yl]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M sodium malonate pH6.75, 18% PEG 3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.303

共 14 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KS6A3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–305； UniProt 46–346

Sprouty-related, EVH1 domain-containing protein 2

物种未注明

UniProt Q7Z698

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 131–160	片段：Residues 131-160	Ribosomal protein S6 kinase alpha-3 × 1 （P51812） QCT 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-4-oxo-4H-chromen-3-yl 6-deoxy-alpha-L-mannopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；30% w/v PEG 2K MME, 0.1 M Tris, pH 8.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8EQ5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2JP2 Solution structure and resonance assignment of the N-terminal EVH1 domain from the human Spred2 protein (Sprouty-related protein with EVH1 domain isoform 2) 提交 2007-04-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）片段：EVH1/WH1 domain, sequence database residues 1-124	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] Spred2 EVH1, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.1 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Spred2 EVH1, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.1 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Spred2 EVH1, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.1 % sodium azide, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] Spred2 EVH1, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.1 % sodium azide, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPRE2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–30； UniProt 131–160

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8eq5
沉积日期 deposition_date	2022-10-07
结构标题 title	Crystal structure of the N-terminal kinase domain of RSK2 in complex with SPRED2 (131-160)
关键词 keywords	Kinase, SPRED, Complex, cell signaling, ERK/MEK pathway, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.35 Å
零角强度 I(0) i0	18166000.00
分子量 molecular_weight	33402.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42314 Å³
包络体积 envelope_volume	49403 Å³
水化壳体积 shell_volume	21161 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.2 Å
壳层 Rg shell_rg	25.94 Å
包络 Rg envelope_rg	19.56 Å
形状 Rg shape_rg	19.32 Å
总 Rg total_rg	20.42 Å
总原子数 total_atoms	2360
残基数 n_residues	295
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.3 Å
Rg (实空间) rg_real	20.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8170e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2830e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18170000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8175
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	64.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.214
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.357
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5010000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.877; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
分子量 formula_weight	35070.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2514

GAMGSIKEIAITHHVKEGHEKADPSQFELLKVLGQGSFGKVFLVKKISGSDARQLYAMKVLKKATLKVRDRVRTKMERDILVEVNHPFIVKLHYAFQTEGKLYLILDFLRGGDLFTRLSKEVMFTEEDVKFYLAELALALDHLHSLGIIYRDLKPENILLDEEGHIKLTDFGLSKESIDHEKKAYSFCGTVEYMAPEVVNRRGHTQSADWWSFGVLMFEMLTGTLPFQGKDRKETMTMILKAKLGMPQFLSPEAQSLLRMLFKRNPANRLGAGPDGVEEIKRHSFFSTIDWNKLYRREIHPPFKP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Sprouty-related, EVH1 domain-containing protein 2
分子量 formula_weight	3245.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

STIHNEAELGDDDVFTTATDSSSNSSQKRE

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-4-oxo-4H-chromen-3-yl 6-deoxy-alpha-L-mannopyranoside
分子量 formula_weight	448.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	139

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8eq5A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	83.438 Å
晶胞边长 b length_b	41.105 Å
晶胞边长 c length_c	99.258 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	113.87 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	49.390 Å
R 因子 r_factor	0.1850
R_work r_work	0.1830
R_free r_free	0.2250

fit	/app/data/saxs_computation/eq/8eq5/8eq5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eq/8eq5/8eq5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eq/8eq5/8eq5.dat

Crystal structure of the N-terminal kinase domain of RSK2 in complex with SPRED2 (131-160)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribosomal protein S6 kinase alpha-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Sprouty-related, EVH1 domain-containing protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)