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8euh

cytochrome P450terp (cyp108A1) bound to alpha-terpineol

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 68.0 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome P450-terp

Pseudomonas sp.

UniProt P33006

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–428 未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 XGE alpha-TERPINEOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.06 M magnesium chloride hexahyrate, 0.06 M calcium chloride dihydrate, 0.1 M sodium HEPES and MOPS (acid) pH 7.5, 20% v/v ethylene glycol, 10% v/v PEG 8000 分辨率 2.00 Å R-free 0.210

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8EUH Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CPT CRYSTAL STRUCTURE AND REFINEMENT OF CYTOCHROME P450-TERP AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1993-11-23 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–428（428 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
8EUK cytochrome P450terp (cyp108A1) bound to ethylene glycol 提交 2022-10-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–428（428 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.06 M magnesium chloride hexahyrate, 0.06 M calcium chloride dihydrate, 0.1 M sodium HEPES and MOPS (acid) pH 7.5, 20% v/v ethylene glycol, 10% v/v PEG 8000
分辨率 1.98 Å R-free 0.206
8EUL cytochrome P450terp (cyp108A1) mutant F188A bound to alpha-terpineol 提交 2022-10-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–428（428 aa）
突变：F188A HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 XGE alpha-TERPINEOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.06 M magnesium chloride hexahyrate, 0.06 M calcium chloride dihydrate, 0.1 M sodium HEPES and MOPS (acid) pH 7.5, 20% v/v ethylene glycol, 10% v/v PEG 8000, saturating alpha-terpineol
分辨率 2.24 Å R-free 0.224

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CPXL_PSESP
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 21–448； UniProt 1–428

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8euh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8euh
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8euh
沉积日期 deposition_date2022-10-18
结构标题 titlecytochrome P450terp (cyp108A1) bound to alpha-terpineol
关键词 keywordsmonooxygenase, complex, substrate, heme, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.18 Å
零角强度 I(0) i038392900.00
分子量 molecular_weight48108.0 kDa
排除体积 excluded_volume60195 ų
包络体积 envelope_volume68847 ų
水化壳体积 shell_volume26284 ų
包络直径 envelope_diameter69.3 Å
壳层 Rg shell_rg28.75 Å
包络 Rg envelope_rg21.45 Å
形状 Rg shape_rg21.17 Å
总 Rg total_rg22.10 Å
总原子数 total_atoms3385
残基数 n_residues418
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax68.0 Å
Rg (实空间) rg_real22.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real3.8390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.5510e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal38390000.0000
解质量估计 total_estimate0.9077
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.8 Å
偏度 Skewness skewness0.125
峰度 Kurtosis kurtosis-0.545
角度范围 angular_range— – 0.3550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8749000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.944; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.977
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)