SAXSdb — 8ew6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 W； UniProt 22–141	未记录	Anti-CD8 alpha VHH × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；15% PEG 3350 and 0.1M succinic acid pH 7.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8EW6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AKJ COMPLEX OF THE HUMAN MHC CLASS I GLYCOPROTEIN HLA-A2 AND THE T CELL CORECEPTOR CD8 提交 1997-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 22–141（120 aa）片段：EXTRACELLULAR IGSF DOMAIN, RESIDUES 1 - 120, ALPHA CHAIN 链 E 22–141（120 aa）片段：EXTRACELLULAR IGSF DOMAIN, RESIDUES 1 - 120, ALPHA CHAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 12% PEG 20000, 100 MM MES, PH 6.5	分辨率 2.65 Å R-free 0.276
1CD8 CRYSTAL STRUCTURE OF A SOLUBLE FORM OF THE HUMAN T CELL CO-RECEPTOR CD8 AT 2.6 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-01-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–135（114 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1Q69 Solution structure of T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain and Proto-oncogene tyrosine-protein kinase LCK fragments 提交 2003-08-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 209–227（19 aa）片段：Human CD8 alpha	未记录	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.1；298 K；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM CD8a-Lck-Zn2+, U-15N,13C; 20 mM acetate, 20 mM NaCl, 0.15% beta-mercaptoethanol \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM CD8a-Lck-Zn2+, U-15N; 20 mM acetate, 20 mM NaCl, 0.15% beta-mercaptoethanol \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM CD8a-Lck-Zn2+; 20 mM acetate, 20 mM NaCl, 0.15% beta-mercaptoethanol \| 100% D2O NMR样品组成 1.0 mM CD8a-Lck-Cd2+; 20 mM acetate, 20 mM NaCl, 0.15% beta-mercaptoethanol \| 100% D2O	分辨率未提供
2HP4 Computational design and crystal structure of an enhanced affinity mutant human CD8-alpha-alpha co-receptor 提交 2006-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–135（114 aa）片段：HLA Co-receptor, Ig-like V-type 链 B 22–135（114 aa）片段：HLA Co-receptor, Ig-like V-type	突变：C33A/S53N 突变：C33A/S53N	SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；291 K；25.5% PEG 8000, 0.085M Sodium Cacodylate, 0.17M Ammonium Sulphate, 15% Glycerol, 3% Ethylene Glycol, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.233
2HP4 Computational design and crystal structure of an enhanced affinity mutant human CD8-alpha-alpha co-receptor 提交 2006-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 22–135（114 aa）片段：HLA Co-receptor, Ig-like V-type 链 B 22–135（114 aa）片段：HLA Co-receptor, Ig-like V-type	突变：C33A/S53N 突变：C33A/S53N	SO4 SULFATE ION × 10 GOL GLYCEROL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；291 K；25.5% PEG 8000, 0.085M Sodium Cacodylate, 0.17M Ammonium Sulphate, 15% Glycerol, 3% Ethylene Glycol, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.233
3QZW Plasticity of human CD8 binding to peptide-HLA-A*2402 提交 2011-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 G 22–135（114 aa）片段：ectodomain (UNP residues 22-135) 链 H 22–135（114 aa）片段：ectodomain (UNP residues 22-135)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；0.1M MES monohydrate, pH 6.5, 12% w/v PEG 20000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.80 Å R-free 0.260
3QZW Plasticity of human CD8 binding to peptide-HLA-A*2402 提交 2011-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 I 22–135（114 aa）片段：ectodomain (UNP residues 22-135) 链 J 22–135（114 aa）片段：ectodomain (UNP residues 22-135)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；0.1M MES monohydrate, pH 6.5, 12% w/v PEG 20000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.80 Å R-free 0.260
7UMG Crystal structure of human CD8aa-MR1-Ac-6-FP complex 提交 2022-04-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 22–141（120 aa）链 D 22–141（120 aa）	未记录	30W N-(6-formyl-4-oxo-3,4-dihydropteridin-2-yl)acetamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；Na K Phosphate, PEG 1K and NaCl	分辨率 2.40 Å R-free 0.218
7UVF Crystal structure of ZED8 Fab complex with CD8 alpha 提交 2022-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 22–141（120 aa）链 B 22–141（120 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；292 K；0.1M ammonium acetate 0.1M Bis-Tris pH6.0 17% PEG 10K	分辨率 2.60 Å R-free 0.259

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD8A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 W； PDB构建体 1–120； UniProt 22–141

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ew6
沉积日期 deposition_date	2022-10-21
结构标题 title	Anti-human CD8 VHH complex with CD8 alpha
关键词 keywords	immune system, CD8a, VHH, PET imaging; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.55 Å
零角强度 I(0) i0	11403000.00
分子量 molecular_weight	25055.0 kDa
排除体积 excluded_volume	31257 Å³
包络体积 envelope_volume	37078 Å³
水化壳体积 shell_volume	16388 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.7 Å
壳层 Rg shell_rg	25.64 Å
包络 Rg envelope_rg	21.05 Å
形状 Rg shape_rg	20.54 Å
总 Rg total_rg	21.34 Å
总原子数 total_atoms	1768
残基数 n_residues	230
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.5 Å
Rg (实空间) rg_real	21.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1400e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6870e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5700
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	19.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.628
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.037
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6017000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.602; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.301; Positv: 1.000; Valcen: 0.702; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
分子量 formula_weight	14563.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W
原子数 atom_count	1881

SQFRVSPLDRTWNLGETVELKCQVLLSNPTSGCSWLFQPRGAAASPTFLLYLSQNKPKAAEGLDTQRFSGKRLGDTFVLTLSDFRRENEGYYFCSALSNSIMYFSHFVPVFLPAKPTTTPGNSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Anti-CD8 alpha VHH
分子量 formula_weight	15018.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V

APHHHHHHDDDDKEVQLVESGGGLVQAGGSLRLSCAASGFTFDDYAIGWFRQAPGKGREGVLCIRIFDRHTYSADSVKGRFTISSDNAQNTVYLHMNSLKPEDTAVYYCAAGSFWACTRPEGAMDYWGKGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	81

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8ew6V01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.115 Å
晶胞边长 b length_b	83.554 Å
晶胞边长 c length_c	51.302 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.48 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.904 Å
最低分辨率 resolution_low	32.481 Å
R 因子 r_factor	0.2024
R_work r_work	0.2002
R_free r_free	0.2454

fit	/app/data/saxs_computation/ew/8ew6/8ew6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ew/8ew6/8ew6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ew/8ew6/8ew6.dat

Anti-human CD8 VHH complex with CD8 alpha

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)