8ey0

Structure of an orthogonal PYR1:HAB1 chemical-induced dimerization module in complex with mandipropamid

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 99.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ey0
沉积日期 deposition_date	2022-10-26
结构标题 title	Structure of an orthogonal PYR1:HAB1 chemical-induced dimerization module in complex with mandipropamid
关键词 keywords	PYR/PYL/RCAR, PYR1, Hab1, Hormone receptor, Plant protein, Biosensor; PLANT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.39 Å
零角强度 I(0) i0	48380800.00
分子量 molecular_weight	53024.0 kDa
排除体积 excluded_volume	66077 Å³
包络体积 envelope_volume	82644 Å³
水化壳体积 shell_volume	26947 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.0 Å
壳层 Rg shell_rg	32.63 Å
包络 Rg envelope_rg	27.19 Å
形状 Rg shape_rg	26.36 Å
总 Rg total_rg	27.16 Å
总原子数 total_atoms	3721
残基数 n_residues	468
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.1 Å
Rg (实空间) rg_real	26.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.02 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.5440e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	48380000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5230
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.524
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.168
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12510000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.626; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.089; Positv: 1.000; Valcen: 0.649; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Protein phosphatase 2C 16
分子量 formula_weight	36901.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.16
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	3827

RSVYELDCIPLWGTVSIQGNASEMEAAFAVSPHFLKLPIKMLMGDHEGMSPSLTHLTGHFFGVYDGHGGHKVADYCRDRLHFALAEEIERIKDELCKRNTGEGRQVQWDKVFTSCFLTVDGEIEGKIGRAVVGSSDKVLEAVADETVGSTAVVALVCSSHIVVSNCGDSRAVLFRGKEAMPLSVDHKPDREDEYARIENAGGKVIQWQGARVFGRLAMSRSIGDRYLKPYVIPEPEVTFMPRSREDECLILASDGLWDVMNNQEVCEIARRRILMWHKKNGAPPLAERGKGIDPACQAAADYLSMLALQKGSKDNISIIVIDLKAQRKFKTAT

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Abscisic acid receptor PYR1
分子量 formula_weight	20614.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MPSELTPEERSELKNSIAEFHTYQLDPGSCSSLHAQRIHAPPELVWSIVRRFDKPQTHRHFIKSCSVEQNFEMRVGCTRDIIVISGLPANTSTERLDILDDERRVTGASIIGGEHRLTNYKGVTTVHRFEKENRIWTVVLESYVVDMPEGNSEDDTRIVVDDVVKLNLQKLATVAEAMARN

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	(2S)-2-(4-chlorophenyl)-N-{2-[3-methoxy-4-(prop-2-yn-1-yloxy)phenyl]ethyl}-2-(prop-2-yn-1-yloxy)ethanamide
分子量 formula_weight	411.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	106

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	63.405 Å
晶胞边长 b length_b	92.214 Å
晶胞边长 c length_c	96.768 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	30.127 Å
R 因子 r_factor	0.1774
R_work r_work	0.1719
R_free r_free	0.2339

fit	/app/data/saxs_computation/ey/8ey0/8ey0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ey/8ey0/8ey0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ey/8ey0/8ey0.dat

Structure of an orthogonal PYR1:HAB1 chemical-induced dimerization module in complex with mandipropamid

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

Structure of an orthogonal PYR1*:HAB1* chemical-induced dimerization module in complex with mandipropamid

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

Structure of an orthogonal PYR1:HAB1 chemical-induced dimerization module in complex with mandipropamid