8eyp

Joint X-ray/neutron structure of Salmonella typhimurium tryptophan synthase internal aldimine from microgravity-grown crystal

D_max: 93.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8eyp
沉积日期 deposition_date	2022-10-28
结构标题 title	Joint X-ray/neutron structure of Salmonella typhimurium tryptophan synthase internal aldimine from microgravity-grown crystal
关键词 keywords	beta-elimination, PLP-dependent, alpha2beta2-tetramer, LYASE; LYASE

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.99 Å
零角强度 I(0) i0	32997700.00
分子量 molecular_weight	84923.0 kDa
排除体积 excluded_volume	119530 Å³
包络体积 envelope_volume	119390 Å³
水化壳体积 shell_volume	35978 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.4 Å
壳层 Rg shell_rg	35.35 Å
包络 Rg envelope_rg	27.76 Å
形状 Rg shape_rg	27.00 Å
总 Rg total_rg	28.30 Å
总原子数 total_atoms	10630
残基数 n_residues	649
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.2 Å
Rg (实空间) rg_real	28.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3000e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8030e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	33000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8776
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.447
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.206
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.840; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.896

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Tryptophan synthase alpha chain
分子量 formula_weight	28698.8 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.20
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	13656

MERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSRSGVTGAENRGALPLHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASRA

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	90370
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Tryptophan synthase beta chain
分子量 formula_weight	43147.0 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.20
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MTTLLNPYFGEFGGMYVPQILMPALNQLEEAFVSAQKDPEFQAQFADLLKNYAGRPTALTKCQNITAGTRTTLYLKREDLLHGGAHKTNQVLGQALLAKRMGKSEIIAETGAGQHGVASALASALLGLKCRIYMGAKDVERQSPNVFRMRLMGAEVIPVHSGSATLKDACNEALRDWSGSYETAHYMLGTAAGPHPYPTIVREFQRMIGEETKAQILDKEGRLPDAVIACVGGGSNAIGMFADFINDTSVGLIGVEPGGHGIETGEHGAPLKHGRVGIYFGMKAPMMQTADGQIEESYSISAGLDFPSVGPQHAYLNSIGRADYVSITDDEALEAFKTLCRHEGIIPALESSHALAHALKMMREQPEKEQLLVVNLSGRGDKDIFTVHDILKARGEI

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	90371
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	256

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	184.510 Å
晶胞边长 b length_b	61.860 Å
晶胞边长 c length_c	67.670 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.74 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

fit	/app/data/saxs_computation/ey/8eyp/8eyp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ey/8eyp/8eyp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ey/8eyp/8eyp.dat

Joint X-ray/neutron structure of Salmonella typhimurium tryptophan synthase internal aldimine from microgravity-grown crystal

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)