SAXSdb — 8ezj

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ARF guanine-nucleotide exchange factor 2

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	ADP-ribosylation factor-like protein 1 × 2 （P38116） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GEA2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 25–1483； UniProt 1–1459 作者链 B； PDB构建体 25–1483； UniProt 1–1459

ADP-ribosylation factor-like protein 1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P38116

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	ARF guanine-nucleotide exchange factor 2 × 2 （P39993） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARL1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–166； UniProt 18–183 作者链 D； PDB构建体 1–166； UniProt 18–183

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ezj
沉积日期 deposition_date	2022-11-01
结构标题 title	Cryo-EM structure of the S. cerevisiae Arf-like protein Arl1 bound to the Arf guanine nucleotide exchange factor Gea2
关键词 keywords	;small GTPase, guanine nucleotide exchange factor, membrane trafficking, lipid flippase, trans-Golgi network, protein transport, LIPID TRANSPORT ;; LIPID TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8ezj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8ezj__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8ezj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	73.10 Å
Rg（电子密度）	74.65 Å
总 Rg	74.33 Å
原子数	23215
残基数	2891
排除体积	418380 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8ezj__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ARF guanine-nucleotide exchange factor 2
分子量 formula_weight	168590.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	23215

MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSNAMSDREFVTVDPVTIIIKECINLSTAMRKYSKFTSQSGVAALLGGGSEIFSNQDDYLAHTFNNLNTNKHNDPFLSGFIQLRLMLNKLKNLDNIDSLTILQPFLLIVSTSSISGYITSLALDSLQKFFTLNIINESSQNYIGAHRATVNALTHCRFEGSQQLSDDSVLLKVVFLLRSIVDSPYGDLLSNSIIYDVLQTILSLACNNRRSEVLRNAAQSTMIAVTVKIFSKLKTIEPVNVNQIYINDESYTNDVLKADTIGTNVESKEEGSQEDPIGMKVNNEEAISEDDGIEEEHIHSEKSTNGAEQLDIVQKTTRSNSRIQAYADDNYGLPVVRQYLNLLLSLIAPENELKHSYSTRIFGLELIQTALEISGDRLQLYPRLFTLISDPIFKSILFIIQNTTKLSLLQATLQLFTTLVVILGNNLQLQIELTLTRIFSILLDDGTANNSSSENKNKPSIIKELLIEQISILWTRSPSFFTSTFINFDCNLDRADVSINFLKALTKLALPESALTTTESVPPICLEGLVSLVDDMFDHMKDIDREEFGRQKNEMEILKKRDRKTEFIECTNAFNEKPKKGIPMLIEKGFIASDSDKDIAEFLFNNNNRMNKKTIGLLLCHPDKVSLLNEYIRLFDFSGLRVDEAIRILLTKFRLPGESQQIERIIEAFSSAYCENQDYDPSKISDNAEDDISTVQPDADSVFILSYSIIMLNTDLHNPQVKEHMSFEDYSGNLKGCCNHKDFPFWYLDRIYCSIRDKEIVMPEEHHGNEKWFEDAWNNLISSTTVITEIKKDTQSVMDKLTPLELLNFDRAIFKQVGPSIVSTLFNIYVVASDDHISTRMITSLDKCSYISAFFDFKDLFNDILNSIAKGTTLINSSHDDELSTLAFEYGPMPLVQIKFEDTNTEIPVSTDAVRFGRSFKGQLNTVVFFRIIRRNKDPKIFSKELWLNIVNIILTLYEDLILSPDIFPDLQKRLKLSNLPKPSPEISINKSKESKGLLSTFASYLKGDEEPTEEEIKSSKKAMECIKSSNIAASVFGNESNITADLIKTLLDSAKTEKNADNSRYFEAELLFIIELTIALFLFCKEEKELGKFILQKVFQLSHTKGLTKRTVRRMLTYKILLISLCADQTEYLSKLINDELLKKGDIFTQKFFATNQGKEFLKRLFSLTESEFYRGFLLGNENFWKFLRKVTAMKEQSESIFEYLNESIKTDSNILTNENFMWVLGLLDEISSMGAVGNHWEIEYKKLTESGHKIDKENPYKKSIELSLKSIQLTSHLLEDNNDLRKNEIFAIIQALAHQCINPCKQISEFAVVTLEQTLINKIEIPTNEMESVEELIEGGLLPLLNSSETQEDQKILISSILTIISNVYLHYLKLGKTSNETFLKILSIFNKFVEDSDIEKKLQQLILDKKSIEKGNGSSSHGSAHEQTPESNDVEIEATAPIDDNTDDDNKPKLSDVEKD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ADP-ribosylation factor-like protein 1
分子量 formula_weight	20460.2 kDa
突变 mutation	Q72L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

ELRILILGLDGAGKTTILYRLQIGEVVTTKPTIGFNVETLSYKNLKLNVWDLGGLTSIRPYWRCYYADTAAVIFVVDSTDKDRMSTASKELHLMLQEEELQDAALLVFANKQDQPGALSASEVSKELNLVELKDRSWSIVASSAIKGEGITEGLDWLIDVIKEEQLAGENLYFQSAGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	712548

Cryo-EM structure of the S. cerevisiae Arf-like protein Arl1 bound to the Arf guanine nucleotide exchange factor Gea2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ARF guanine-nucleotide exchange factor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ADP-ribosylation factor-like protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8ezj__assembly_1__model_1

8ezj__assembly_1__model_1 | I(q)

8ezj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of the S. cerevisiae Arf-like protein Arl1 bound to the Arf guanine nucleotide exchange factor Gea2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ARF guanine-nucleotide exchange factor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ADP-ribosylation factor-like protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8ezj__assembly_1__model_1

8ezj__assembly_1__model_1 | I(q)

8ezj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)