8f2k

Structure of yeast F1-ATPase determined with 100 micromolar cruentaren A

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP synthase subunit alpha

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	ATP synthase subunit beta × 3 （A0A6A5PX46） ATP synthase subunit gamma × 1 （A0A6A5Q493） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MAGNESIUM ION × 5 Cruentaren A × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A6A5Q4L9_YEASX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–485； UniProt 61–545 作者链 B； PDB构建体 1–485； UniProt 61–545 作者链 C； PDB构建体 1–485； UniProt 61–545

ATP synthase subunit beta

物种未注明

UniProt A0A6A5PX46

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	ATP synthase subunit alpha × 3 （A0A6A5Q4L9） ATP synthase subunit gamma × 1 （A0A6A5Q493） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MAGNESIUM ION × 5 Cruentaren A × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A6A5PX46_YEASX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–469； UniProt 41–509 作者链 E； PDB构建体 1–469； UniProt 41–509 作者链 F； PDB构建体 1–469； UniProt 41–509

ATP synthase subunit gamma

物种未注明

UniProt A0A6A5Q493

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	ATP synthase subunit alpha × 3 （A0A6A5Q4L9） ATP synthase subunit beta × 3 （A0A6A5PX46） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MAGNESIUM ION × 5 Cruentaren A × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A6A5Q493_YEASX
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–275； UniProt 34–308

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8f2k
沉积日期 deposition_date	2022-11-08
结构标题 title	Structure of yeast F1-ATPase determined with 100 micromolar cruentaren A
关键词 keywords	F1-ATPase, ATP Synthase, cruentaren A, drug development, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8f2k__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8f2k__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8f2k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.05 Å
Rg（电子密度）	41.18 Å
总 Rg	41.60 Å
原子数	22402
残基数	2962
排除体积	400750 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8f2k__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATP synthase subunit alpha
分子量 formula_weight	52376.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	22402

NLNETGRVLAVGDGIARVFGLNNIQAEELVEFSSGVKGMALNLEPGQVGIVLFGSDRLVKEGELVKRTGNIVDVPVGPGLLGRVVDALGNPIDGKGPIDAAGRSRAQVKAPGILPRRSVHEPVQTGLKAVDALVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAVALDTILNQKRWNNGSDESKKLYCVYVAVGQKRSTVAQLVQTLEQHDAMKYSIIVAATASEAAPLQYLAPFTAASIGEWFRDNGKHALIVYDDLSKQAVAYRQLSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAAKLSEKEGSGSLTALPVIETQGGDVSAYIPTNVISITDGQIFLEAELFYKGIRPAINVGLSVSRVGSAAQVKALKQVAGSLKLFLAQYREVAAFAQFGSDLDASTKQTLVRGERLTQLLKQNQYSPLATEEQVPLIYAGVNGHLDGIELSRIGEFESSFLSYLKSNHNELLTEIREKGELSKELLASLKSATESFVATF

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ATP synthase subunit beta
分子量 formula_weight	50379.3 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.2.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

PITGKVTAVIGAIVDVHFEQSELPAILNALEIKTPQGKLVLEVAQHLGENTVRTIAMDGTEGLVRGEKVLDTGGPISVPVGRETLGRIINVIGEPIDERGPIKSKLRKPIHADPPSFAEQSTSAEILETGIKVVDLLAPYARGGKIGLFGGAGVGKTVFIQELINNIAKAHGGFSVFTGVGERTREGNDLYREMKETGVINLEGESKVALVFGQMNEPPGARARVALTGLTIAEYFRDEEGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGLLQERITTTKKGSVTSVQAVYVPADDLTDPAPATTFAHLDATTVLSRGISELGIYPAVDPLDSKSRLLDAAVVGQEHYDVASKVQETLQTYKSLQDIIAILGMDELSEQDKLTVERARKIQRFLSQPFAVAEVFTGIPGKLVRLKDTVASFKAVLEGKYDNIPEHAFYMVGGIEDVVAKAEKLAAE

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ATP synthase subunit gamma
分子量 formula_weight	30399.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

ATLKEVEMRLKSIKNIEKITKTMKIVASTRLSKAEKAKISAKKMDEAEQLFYKNAETKNLDVEATETGAPKELIVAITSDKGLCGSIHSQLAKAVRRHLNDQPNADIVTIGDKIKMQLLRTHPNNIKLSINGIGKDAPTFQESALIADKLLSVMKAGTYPKISIFYNDPVSSLSFEPSEKPIFNAKTIEQSPSFGKFEIDTDANVPRDLFEYTLANQMLTAMAQGYAAEISARRNAMDNASKNAGDMINRYSILYNRTRQAVITNELVDIITGAS

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	Cruentaren A
分子量 formula_weight	589.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	8f2kA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	8f2kA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8f2kA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	8f2kB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	8f2kB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8f2kB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	8f2kC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	8f2kC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8f2kC03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	8f2kD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	8f2kD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8f2kD03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

结构域编号 domain_id	8f2kE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	8f2kE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8f2kE03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

结构域编号 domain_id	8f2kF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	8f2kF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8f2kF03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	701444

Structure of yeast F1-ATPase determined with 100 micromolar cruentaren A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP synthase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ATP synthase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ATP synthase subunit gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8f2k__assembly_1__model_1

8f2k__assembly_1__model_1 | I(q)

8f2k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of yeast F1-ATPase determined with 100 micromolar cruentaren A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP synthase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP synthase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP synthase subunit gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8f2k__assembly_1__model_1

8f2k__assembly_1__model_1 | I(q)

8f2k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)