8f2k

Structure of yeast F1-ATPase determined with 100 micromolar cruentaren A

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 127.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP synthase subunit alpha

物种未注明

UniProt A0A6A5Q4L9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 61–545 链 B; UniProt 61–545 链 C; UniProt 61–545 未记录 ATP synthase subunit beta × 3 (A0A6A5PX46) ATP synthase subunit gamma × 1 (A0A6A5Q493) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 XBC Cruentaren A × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q4L9_YEASX
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–485; UniProt 61–545 作者链 B; PDB构建体 1–485; UniProt 61–545 作者链 C; PDB构建体 1–485; UniProt 61–545

ATP synthase subunit beta

物种未注明

UniProt A0A6A5PX46

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 41–509 链 E; UniProt 41–509 链 F; UniProt 41–509 未记录 ATP synthase subunit alpha × 3 (A0A6A5Q4L9) ATP synthase subunit gamma × 1 (A0A6A5Q493) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 XBC Cruentaren A × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5PX46_YEASX
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–469; UniProt 41–509 作者链 E; PDB构建体 1–469; UniProt 41–509 作者链 F; PDB构建体 1–469; UniProt 41–509

ATP synthase subunit gamma

物种未注明

UniProt A0A6A5Q493

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 34–308 未记录 ATP synthase subunit alpha × 3 (A0A6A5Q4L9) ATP synthase subunit beta × 3 (A0A6A5PX46) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 XBC Cruentaren A × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q493_YEASX
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–275; UniProt 34–308

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8f2k

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8f2k
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8f2k
沉积日期 deposition_date2022-11-08
结构标题 titleStructure of yeast F1-ATPase determined with 100 micromolar cruentaren A
关键词 keywordsF1-ATPase, ATP Synthase, cruentaren A, drug development, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.05
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.18
零角强度 I(0) i01430130000.00
分子量 molecular_weight318000.0 kDa
排除体积 excluded_volume400750 ų
包络体积 envelope_volume510960 ų
水化壳体积 shell_volume95783 ų
包络直径 envelope_diameter128.9
壳层 Rg shell_rg51.91
包络 Rg envelope_rg40.61
形状 Rg shape_rg41.19
总 Rg total_rg41.60
总原子数 total_atoms22402
残基数 n_residues2962
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax127.2
Rg (实空间) rg_real41.75
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.55
I(0) (实空间) i0_real1.4300e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0520e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.05
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1431000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8956
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary53.5
偏度 Skewness skewness0.030
峰度 Kurtosis kurtosis-0.560
角度范围 angular_range— – 0.1900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha332000000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.917; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.952; Smooth: 0.937

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id8f2kA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id8f2kA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id8f2kA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain
结构域编号 domain_id8f2kB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id8f2kB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id8f2kB03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain
结构域编号 domain_id8f2kC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id8f2kC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id8f2kC03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain
结构域编号 domain_id8f2kD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170
结构域编号 domain_id8f2kD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id8f2kD03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3
结构域编号 domain_id8f2kE01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170
结构域编号 domain_id8f2kE02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id8f2kE03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3
结构域编号 domain_id8f2kF01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170
结构域编号 domain_id8f2kF02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id8f2kF03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)