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8f36

Ubx Homeodomain NMR solution structure

Method: SOLUTION NMR Dmax: 46.1 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Homeotic protein ultrabithorax

Drosophila melanogaster

UniProt P83949

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 295–354 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）128；压力 1 NMR样品组成：0.76 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] UbxHD, 20 mM MES, 100 mM NaCl, 2 mM TCEP, 5 mM MgCl2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8F36 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1B8I STRUCTURE OF THE HOMEOTIC UBX/EXD/DNA TERNARY COMPLEX 提交 1999-02-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 233–313（81 aa） 片段：YPWM MOTIF AND HOMEODOMAIN
突变：C139S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；0.6M AMMONIUM PHOSPHATE, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.40 Å R-free 0.304
4CYC CRYSTAL STRUCTURE OF A UBX-EXD-DNA COMPLEX INCLUDING THE HEXAPEPTIDE AND UBDA MOTIFS 提交 2014-04-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 233–324（92 aa） 片段：HOMEODOMAIN WITH HX AND UBDA, RESIDUES 233-367
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M AMMONIUM PHOSPHATE, pH 7.5
分辨率 2.36 Å R-free 0.227
4UUS CRYSTAL STRUCTURE OF A UBX-EXD-DNA COMPLEX INCLUDING THE UBDA MOTIF 提交 2014-07-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 292–367（76 aa） 片段：HOMEODOMAIN AND UBDA, RESIDUES 292-367
突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；0.2M AMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI-SODIUM-CITRATE PH 4.5, 4% P4000
分辨率 2.55 Å R-free 0.239
4UUS CRYSTAL STRUCTURE OF A UBX-EXD-DNA COMPLEX INCLUDING THE UBDA MOTIF 提交 2014-07-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 E 292–367（76 aa） 片段：HOMEODOMAIN AND UBDA, RESIDUES 292-367
突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；0.2M AMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI-SODIUM-CITRATE PH 4.5, 4% P4000
分辨率 2.55 Å R-free 0.239
4UUT Crystal structure of the Ultrabithorax protein 提交 2014-07-31 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 233–324（92 aa） 片段：HOMEODOMAIN AND UBDA, RESIDUES 233-324
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 20% 1-4 BUTANEDIOL, 0.2M LISO4, 0.1M MES PH 6
分辨率 2.80 Å R-free 0.237
9YZP Isoreticular co-crystal 1 with asymmetrical expanded duplex (31mer) containing insert sequence TGATGAGCAG and loaded with ultrabithorax homeodomain 提交 2025-10-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 D 295–354（60 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；40mM Magnesium acetate, 1.5M Lithium sulfate, 50mM MES pH 6.5. The crystal was crosslinked with 45mg/mL EDC overnight, and then looped into a solution of 50mM potassium chloride, 4mM calcium chloride, 10% glycerol, and 10mM Tris hydrochloride for 1 hour. The drop was then supplemented with 40 micromolar Ultrabithorax homeodomain.
分辨率 3.67 Å R-free 0.295
9YZR Isoreticular co-crystal 1 with asymmetrical expanded duplex (31mer) containing insert sequence TAATTAGGCCG and loaded with ultrabithorax homeodomain 提交 2025-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 D 295–354（60 aa）
链 E 295–354（60 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；30mM magnesium acetate, 900mM Lithium sulfate, 50mM MES pH 6.5. The crystal was crosslinked with 48mg/mL EDC overnight, and then looped into a solution of 35mM potassium chloride, 4mM calcium chloride, 10% glycerol, and 10mM Tris hydrochloride for 1 hour. The drop was then supplemented with 80 micromolar Ultrabithorax homeodomain.
分辨率 3.39 Å R-free 0.298

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBX_DROME
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–62； UniProt 295–354

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8f36

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8f36
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8f36
沉积日期 deposition_date2022-11-09
结构标题 titleUbx Homeodomain NMR solution structure
关键词 keywordsHomeodomain Ubx, Transcription factor, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier13.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron12.70 Å
零角强度 I(0) i0375511000.00
分子量 molecular_weight157710.0 kDa
排除体积 excluded_volume196180 ų
包络体积 envelope_volume30231 ų
水化壳体积 shell_volume15577 ų
包络直径 envelope_diameter53.9 Å
壳层 Rg shell_rg22.39 Å
包络 Rg envelope_rg16.82 Å
形状 Rg shape_rg12.62 Å
总 Rg total_rg13.21 Å
总原子数 total_atoms22580
残基数 n_residues1240
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax46.1 Å
Rg (实空间) rg_real13.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real3.7550e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.4590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal13.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal375500000.0000
解质量估计 total_estimate0.7484
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary15.2 Å
偏度 Skewness skewness0.314
峰度 Kurtosis kurtosis-0.154
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha284900.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.583; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)