SAXSdb — 8f5t

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pyruvate kinase PKM

物种未注明

UniProt P11974

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–531 链 B； UniProt 1–531 链 C； UniProt 1–531 链 D； UniProt 1–531	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；50 mM Tris 50 mM NaCl and a range of 7.5 to 10% PEG 20,000	分辨率 2.41 Å R-free 0.232
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–531 链 F； UniProt 1–531 链 G； UniProt 1–531 链 H； UniProt 1–531	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；50 mM Tris 50 mM NaCl and a range of 7.5 to 10% PEG 20,000	分辨率 2.41 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8F5T	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A49 BIS MG-ATP-K-OXALATE COMPLEX OF PYRUVATE KINASE 提交 1998-02-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–530（530 aa）链 B 1–530（530 aa）链 C 1–530（530 aa）链 D 1–530（530 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 4 OXL OXALATE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.10 Å
1A49 BIS MG-ATP-K-OXALATE COMPLEX OF PYRUVATE KINASE 提交 1998-02-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–530（530 aa）链 F 1–530（530 aa）链 G 1–530（530 aa）链 H 1–530（530 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 4 OXL OXALATE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.10 Å
1A5U PYRUVATE KINASE COMPLEX WITH BIS MG-ATP-NA-OXALATE 提交 1998-02-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–530（530 aa）链 B 1–530（530 aa）链 C 1–530（530 aa）链 D 1–530（530 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 4 OXL OXALATE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.35 Å
1A5U PYRUVATE KINASE COMPLEX WITH BIS MG-ATP-NA-OXALATE 提交 1998-02-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–530（530 aa）链 F 1–530（530 aa）链 G 1–530（530 aa）链 H 1–530（530 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 4 OXL OXALATE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.35 Å
1AQF PYRUVATE KINASE FROM RABBIT MUSCLE WITH MG, K, AND L-PHOSPHOLACTATE 提交 1997-07-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–530（530 aa）链 B 1–530（530 aa）链 C 1–530（530 aa）链 D 1–530（530 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 PEQ L-PHOSPHOLACTATE × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å
1AQF PYRUVATE KINASE FROM RABBIT MUSCLE WITH MG, K, AND L-PHOSPHOLACTATE 提交 1997-07-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–530（530 aa）链 F 1–530（530 aa）链 G 1–530（530 aa）链 H 1–530（530 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 PEQ L-PHOSPHOLACTATE × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å
1F3W RECOMBINANT RABBIT MUSCLE PYRUVATE KINASE 提交 2000-06-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–530（530 aa）链 B 1–530（530 aa）链 C 1–530（530 aa）链 D 1–530（530 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 PYR PYRUVIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；PEG 8000, manganese chloride, potassium chloride, sodium pyruvate, succinate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.257
1F3W RECOMBINANT RABBIT MUSCLE PYRUVATE KINASE 提交 2000-06-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–530（530 aa）链 F 1–530（530 aa）链 G 1–530（530 aa）链 H 1–530（530 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 PYR PYRUVIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；PEG 8000, manganese chloride, potassium chloride, sodium pyruvate, succinate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.257
1F3X S402P MUTANT OF RABBIT MUSCLE PYRUVATE KINASE 提交 2000-06-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–530（530 aa）链 B 1–530（530 aa）链 C 1–530（530 aa）链 D 1–530（530 aa）	突变：S402P 突变：S402P 突变：S402P 突变：S402P	K POTASSIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 PYR PYRUVIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；PEG 8000, manganese chloride, potassium chloride, sodium pyruvate, succinate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.270
1F3X S402P MUTANT OF RABBIT MUSCLE PYRUVATE KINASE 提交 2000-06-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–530（530 aa）链 F 1–530（530 aa）链 G 1–530（530 aa）链 H 1–530（530 aa）	突变：S402P 突变：S402P 突变：S402P 突变：S402P	K POTASSIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 PYR PYRUVIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；PEG 8000, manganese chloride, potassium chloride, sodium pyruvate, succinate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.270
1PKN STRUCTURE OF RABBIT MUSCLE PYRUVATE KINASE COMPLEXED WITH MN2+, K+, AND PYRUVATE 提交 1994-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–530（530 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 PYR PYRUVIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å
2G50 The location of the allosteric amino acid binding site of muscle pyruvate kinase. 提交 2006-02-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–530（530 aa）链 B 1–530（530 aa）链 C 1–530（530 aa）链 D 1–530（530 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 4 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 6 ALA ALANINE × 4 PYR PYRUVIC ACID × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 13 GOL GLYCEROL × 12 ETE 2-{2-[2-2-(METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；60 mM Succinate (pH 5.5), 5.8 mM sodium pyruvate, 2.4 mM MnCl2, 450 mM KCl, and a range of 18 to 20% PEG 8000, 150 mM Alanine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.65 Å R-free 0.174
2G50 The location of the allosteric amino acid binding site of muscle pyruvate kinase. 提交 2006-02-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–530（530 aa）链 F 1–530（530 aa）链 G 1–530（530 aa）链 H 1–530（530 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 4 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 6 ALA ALANINE × 4 PYR PYRUVIC ACID × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 16 GOL GLYCEROL × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；60 mM Succinate (pH 5.5), 5.8 mM sodium pyruvate, 2.4 mM MnCl2, 450 mM KCl, and a range of 18 to 20% PEG 8000, 150 mM Alanine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.65 Å R-free 0.174
3N25 The structure of muscle pyruvate kinase in complex with proline, pyruvate, and Mn2+ 提交 2010-05-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–531（531 aa）链 B 1–531（531 aa）链 C 1–531（531 aa）链 D 1–531（531 aa）	未记录	PRO PROLINE × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 PYR PYRUVIC ACID × 4 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 6 GOL GLYCEROL × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop vapor diffusion；pH 5.5；298 K；60 mM Succinate (pH 5.5), 5.8 mM sodium pyruvate, 2.4 mM MnCl2, 450 mM KCl, 444 mM Proline and a range of 18 to 20% PEG 8000., hanging drop vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 2.41 Å R-free 0.268
3N25 The structure of muscle pyruvate kinase in complex with proline, pyruvate, and Mn2+ 提交 2010-05-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–531（531 aa）链 F 1–531（531 aa）链 G 1–531（531 aa）链 H 1–531（531 aa）	未记录	PRO PROLINE × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 PYR PYRUVIC ACID × 4 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 6 GOL GLYCEROL × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop vapor diffusion；pH 5.5；298 K；60 mM Succinate (pH 5.5), 5.8 mM sodium pyruvate, 2.4 mM MnCl2, 450 mM KCl, 444 mM Proline and a range of 18 to 20% PEG 8000., hanging drop vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 2.41 Å R-free 0.268
7R6Y E117K mutant pyruvate kinase from rabbit muscle 提交 2021-06-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–531（531 aa）链 B 1–531（531 aa）链 C 1–531（531 aa）链 D 1–531（531 aa）	突变：E117K 突变：E117K 突变：E117K 突变：E117K	ACT ACETATE ION × 9 OXL OXALATE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291.15 K；0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, and 18% w/v Polyethylene Glycol 8000	分辨率 2.25 Å R-free 0.250
8F5U Rabbit muscle pyruvate kinase in complex with magnesium, potassium and pyruvate 提交 2022-11-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–531（531 aa）链 B 1–531（531 aa）链 C 1–531（531 aa）链 D 1–531（531 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K POTASSIUM ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 4 PYR PYRUVIC ACID × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；282 K；50 mM Tris 50 mM NaCl and a range of 7.5 to 10% PEG 20,000	分辨率 2.30 Å R-free 0.220
8F6M Complex of Rabbit muscle pyruvate kinase with ADP and the phosphonate analogue of PEP mimicking the Michaelis complex. 提交 2022-11-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–531（531 aa）链 F 1–531（531 aa）链 G 1–531（531 aa）链 H 1–531（531 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SIN SUCCINIC ACID × 5 MN MANGANESE (II) ION × 7 K POTASSIUM ION × 4 ALA ALANINE × 4 GOL GLYCEROL × 13 GZ3 (E)-2-METHYL-3-PHOSPHONOACRYLATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；15 mM succinate, 50 mM KCl, 19 to 24% PEG 8,000 well solution	分辨率 2.15 Å R-free 0.205
8F6M Complex of Rabbit muscle pyruvate kinase with ADP and the phosphonate analogue of PEP mimicking the Michaelis complex. 提交 2022-11-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–531（531 aa）链 C 1–531（531 aa）链 D 1–531（531 aa）链 E 1–531（531 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 SIN SUCCINIC ACID × 7 MN MANGANESE (II) ION × 8 K POTASSIUM ION × 4 ALA ALANINE × 4 GOL GLYCEROL × 13 GZ3 (E)-2-METHYL-3-PHOSPHONOACRYLATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；15 mM succinate, 50 mM KCl, 19 to 24% PEG 8,000 well solution	分辨率 2.15 Å R-free 0.205

共 11 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KPYM_RABIT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–531； UniProt 1–531 作者链 B； PDB构建体 1–531； UniProt 1–531 作者链 C； PDB构建体 1–531； UniProt 1–531 作者链 D； PDB构建体 1–531； UniProt 1–531 作者链 E； PDB构建体 1–531； UniProt 1–531 作者链 F； PDB构建体 1–531； UniProt 1–531 作者链 G； PDB构建体 1–531； UniProt 1–531 作者链 H； PDB构建体 1–531； UniProt 1–531

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8f5t
沉积日期 deposition_date	2022-11-15
结构标题 title	Rabbit muscle pyruvate kinase in complex with sodium and magnesium
关键词 keywords	glycolysis, metabolic kinase, central metabolism, CYTOSOLIC PROTEIN; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	66.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	67.29 Å
零角强度 I(0) i0	2937590000.00
分子量 molecular_weight	456330.0 kDa
排除体积 excluded_volume	571580 Å³
包络体积 envelope_volume	819700 Å³
水化壳体积 shell_volume	103160 Å³
包络直径 envelope_diameter	235.6 Å
壳层 Rg shell_rg	64.81 Å
包络 Rg envelope_rg	65.60 Å
形状 Rg shape_rg	67.31 Å
总 Rg total_rg	67.21 Å
总原子数 total_atoms	31965
残基数 n_residues	4153
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	207.9 Å
Rg (实空间) rg_real	67.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9370e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.0810e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	65.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2931000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5955
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	52.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.399
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.642
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0005
最高正则化参数 α highest_alpha	145900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.917; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.013; Positv: 1.000; Valcen: 0.945; Smooth: 0.003

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Pyruvate kinase PKM
分子量 formula_weight	58114.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.40,2.7.11.1,2.7.10.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	33531

MSKSHSEAGSAFIQTQQLHAAMADTFLEHMCRLDIDSAPITARNTGIICTIGPASRSVETLKEMIKSGMNVARMNFSHGTHEYHAETIKNVRTATESFASDPILYRPVAVALDTKGPEIRTGLIKGSGTAEVELKKGATLKITLDNAYMEKCDENILWLDYKNICKVVDVGSKVYVDDGLISLQVKQKGPDFLVTEVENGGFLGSKKGVNLPGAAVDLPAVSEKDIQDLKFGVEQDVDMVFASFIRKAADVHEVRKILGEKGKNIKIISKIENHEGVRRFDEILEASDGIMVARGDLGIEIPAEKVFLAQKMIIGRCNRAGKPVICATQMLESMIKKPRPTRAEGSDVANAVLDGADCIMLSGETAKGDYPLEAVRMQHLIAREAEAAMFHRKLFEELARASSHSTDLMEAMAMGSVEASYKCLAAALIVLTESGRSAHQVARYRPRAPIIAVTRNHQTARQAHLYRGIFPVVCKDPVQEAWAEDVDLRVNLAMNVGKARGFFKKGDVVIVLTGWRPGSGFTNTMRVVPVP

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1566

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	8f5tA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Pyruvate kinase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	8f5tB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Pyruvate kinase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	8f5tC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	33 — M1 Pyruvate Kinase; Domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PK beta-barrel domain-like

结构域编号 domain_id	8f5tC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Pyruvate kinase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	8f5tD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	33 — M1 Pyruvate Kinase; Domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PK beta-barrel domain-like

结构域编号 domain_id	8f5tD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Pyruvate kinase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	8f5tE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Pyruvate kinase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	8f5tF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Pyruvate kinase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	8f5tG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Pyruvate kinase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	8f5tH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Pyruvate kinase, C-terminal domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	142.453 Å
晶胞边长 b length_b	113.759 Å
晶胞边长 c length_c	169.144 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.05 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.410 Å
最低分辨率 resolution_low	47.160 Å
R 因子 r_factor	0.1872
R_work r_work	0.1848
R_free r_free	0.2318

fit	/app/data/saxs_computation/f5/8f5t/8f5t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f5/8f5t/8f5t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f5/8f5t/8f5t.dat

Rabbit muscle pyruvate kinase in complex with sodium and magnesium

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pyruvate kinase PKM

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction