8fay

Human MUTYH adenine glycosylase bound to DNA containing a transition state analog (1N) paired with d(8-oxo-G)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 94.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fay
沉积日期 deposition_date	2022-11-29
结构标题 title	Human MUTYH adenine glycosylase bound to DNA containing a transition state analog (1N) paired with d(8-oxo-G)
关键词 keywords	Protein-DNA complex, DNA repair, Base Excision Repair, HYDROLASE, HYDROLASE-DNA complex; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.71 Å
零角强度 I(0) i0	200695000.00
分子量 molecular_weight	100900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	121040 Å³
包络体积 envelope_volume	157620 Å³
水化壳体积 shell_volume	41310 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.6 Å
壳层 Rg shell_rg	39.21 Å
包络 Rg envelope_rg	30.21 Å
形状 Rg shape_rg	30.73 Å
总 Rg total_rg	31.31 Å
总原子数 total_atoms	13409
残基数 n_residues	824
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.4 Å
Rg (实空间) rg_real	30.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0070e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	200700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9124
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.109
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.691
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	52300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.963; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.969

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Adenine DNA glycosylase
分子量 formula_weight	50677.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.31
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	13951

GHMACDGLARQPEEVVLQASVSSYHLFRDVAEVTAFRGSLLSWYDQEKRDLPWRRRAEDEMDLDRRAYAVWVSEVMLQQTQVATVINYYTGWMQKWPTLQDLASASLEEVNQLWAGLGYYSRGRRLQEGARKVVEELGGHMPRTAETLQQLLPGVGRYTAGAIASIAFGQATGVVDGNVARVLCRVRAIGADPSSTLVSQQLWGLAQQLVDPARPGDFNQAAMELGATVCTPQRPLCSQCPVESLCRARQRVEQEQLLASGSLSGSPDVEECAPNTGQCHLCLPPSEPWDQTLGVVNFPRKASRKPPREESSATCVLEQPGALGAQILLVQRPNSGLLAGLWEFPSVTWEPSEQLQRKALLQELQRWAGPLPATHLRHLGEVVHTFSHIKLTYQVYGLALEGQTPVTTVPPGARWLTQEEFHTAAVSTAMKKVFRVYQGQQPGTCMGSKRSQVSSPCSR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APAPGPAPCP(8OG)PTPGPGPAP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	3423.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,E

AAGACGTGGAC

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPTPCPCPAP(NRI)PGPTPCPT)-3') ;
分子量 formula_weight	3190.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,F

TGTCCAXGTCT

Entity 4 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	463

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	87.686 Å
晶胞边长 b length_b	116.422 Å
晶胞边长 c length_c	118.378 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.910 Å
最低分辨率 resolution_low	60.280 Å
R 因子 r_factor	0.1812
R_work r_work	0.1805
R_free r_free	0.2087

fit	/app/data/saxs_computation/fa/8fay/8fay.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fa/8fay/8fay.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fa/8fay/8fay.dat

Human MUTYH adenine glycosylase bound to DNA containing a transition state analog (1N) paired with d(8-oxo-G)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)