8fc7

Cryo-EM structure of the human TRPV4 - RhoA in complex with GSK2798745

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 197.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4

Homo sapiens

UniProt Q9HBA0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–871 链 B; UniProt 1–871 链 C; UniProt 1–871 链 D; UniProt 1–871 未记录 Transforming protein RhoA × 4 (P61586) XPW 1-({(5S,7S)-3-[5-(2-hydroxypropan-2-yl)pyrazin-2-yl]-7-methyl-2-oxo-1-oxa-3-azaspiro[4.5]decan-7-yl}methyl)-1H-benzimidazole-6-carbonitrile × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 18 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRPV4_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–871; UniProt 1–871 作者链 B; PDB构建体 1–871; UniProt 1–871 作者链 C; PDB构建体 1–871; UniProt 1–871 作者链 D; PDB构建体 1–871; UniProt 1–871

Transforming protein RhoA

Homo sapiens

UniProt P61586

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–193 链 F; UniProt 1–193 链 G; UniProt 1–193 链 H; UniProt 1–193 未记录 Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4 × 4 (Q9HBA0) XPW 1-({(5S,7S)-3-[5-(2-hydroxypropan-2-yl)pyrazin-2-yl]-7-methyl-2-oxo-1-oxa-3-azaspiro[4.5]decan-7-yl}methyl)-1H-benzimidazole-6-carbonitrile × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 129 个其他 PDB 条目、165 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RHOA_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–193; UniProt 1–193 作者链 F; PDB构建体 1–193; UniProt 1–193 作者链 G; PDB构建体 1–193; UniProt 1–193 作者链 H; PDB构建体 1–193; UniProt 1–193

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8fc7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8fc7
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8fc7
沉积日期 deposition_date2022-12-01
结构标题 titleCryo-EM structure of the human TRPV4 - RhoA in complex with GSK2798745
关键词 keywordsTRPV4, RhoA, GSK2798745, MEMBRANE PROTEIN, MEMBRANE PROTEIN-Hydrolase complex; MEMBRANE PROTEIN/Hydrolase
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier56.64
回转半径 Rg (电子) rg_electron55.74
零角强度 I(0) i01727260000.00
分子量 molecular_weight363550.0 kDa
排除体积 excluded_volume460840 ų
包络体积 envelope_volume689830 ų
水化壳体积 shell_volume102520 ų
包络直径 envelope_diameter204.3
壳层 Rg shell_rg60.21
包络 Rg envelope_rg54.01
形状 Rg shape_rg55.74
总 Rg total_rg55.88
总原子数 total_atoms50628
残基数 n_residues3284
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax197.7
Rg (实空间) rg_real56.41
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.06
I(0) (实空间) i0_real1.7270e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.6050e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal56.82
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1728000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8629
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary77.7
偏度 Skewness skewness0.137
峰度 Kurtosis kurtosis-0.308
角度范围 angular_range— – 0.1400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha78570000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.755; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.958

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id8fc7E01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id8fc7F01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id8fc7G01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id8fc7H01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)