8fcb

Cryo-EM structure of the human TRPV4 - RhoA in complex with GSK1016790A

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 192.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4

Homo sapiens

UniProt Q9HBA0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–871 链 B; UniProt 1–871 链 C; UniProt 1–871 链 D; UniProt 1–871 未记录 Transforming protein RhoA × 4 (P61586) XQ3 N-[(2S)-1-{4-[N-(2,4-dichlorobenzene-1-sulfonyl)-L-seryl]piperazin-1-yl}-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]-1-benzothiophene-2-carboxamide × 4 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.52 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 18 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRPV4_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–871; UniProt 1–871 作者链 B; PDB构建体 1–871; UniProt 1–871 作者链 C; PDB构建体 1–871; UniProt 1–871 作者链 D; PDB构建体 1–871; UniProt 1–871

Transforming protein RhoA

Homo sapiens

UniProt P61586

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–193 链 F; UniProt 1–193 链 G; UniProt 1–193 链 H; UniProt 1–193 未记录 Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4 × 4 (Q9HBA0) XQ3 N-[(2S)-1-{4-[N-(2,4-dichlorobenzene-1-sulfonyl)-L-seryl]piperazin-1-yl}-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]-1-benzothiophene-2-carboxamide × 4 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.52 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 129 个其他 PDB 条目、165 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RHOA_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–193; UniProt 1–193 作者链 F; PDB构建体 1–193; UniProt 1–193 作者链 G; PDB构建体 1–193; UniProt 1–193 作者链 H; PDB构建体 1–193; UniProt 1–193

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8fcb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8fcb
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8fcb
沉积日期 deposition_date2022-12-01
结构标题 titleCryo-EM structure of the human TRPV4 - RhoA in complex with GSK1016790A
关键词 keywordsTRPV4, RhoA, GSK1016790A, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier56.14
回转半径 Rg (电子) rg_electron54.94
零角强度 I(0) i01672080000.00
分子量 molecular_weight358100.0 kDa
排除体积 excluded_volume454150 ų
包络体积 envelope_volume686340 ų
水化壳体积 shell_volume103630 ų
包络直径 envelope_diameter203.4
壳层 Rg shell_rg59.38
包络 Rg envelope_rg53.33
形状 Rg shape_rg54.95
总 Rg total_rg55.04
总原子数 total_atoms45156
残基数 n_residues3228
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax192.5
Rg (实空间) rg_real55.93
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.07
I(0) (实空间) i0_real1.6720e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4760e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal56.30
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1673000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6483
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary75.6
偏度 Skewness skewness0.159
峰度 Kurtosis kurtosis-0.291
角度范围 angular_range— – 0.1400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha82770000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.798; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.041; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.920

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id8fcbE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id8fcbF01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id8fcbG01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id8fcbH01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)