8fe7

Crystal structure of human O-GlcNAc transferase (OGT) in complex with an exosite-binding peptide (SMG9) and UDP-GlcNAc

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG9 × 1 （Q9H0W8） URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG9 × 1 （Q9H0W8） URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG9 × 1 （Q9H0W8） URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG9 × 1 （Q9H0W8） URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OGT1_HUMAN
Isoform	O15294-3
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–723； UniProt 313–1031 作者链 C； PDB构建体 5–723； UniProt 313–1031 作者链 E； PDB构建体 5–723； UniProt 313–1031 作者链 G； PDB构建体 5–723； UniProt 313–1031

Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG9

物种未注明

UniProt Q9H0W8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit × 1 （O15294） URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit × 1 （O15294） URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit × 1 （O15294） URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit × 1 （O15294） URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SMG9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–12； UniProt 140–151 作者链 D； PDB构建体 1–12； UniProt 140–151 作者链 F； PDB构建体 1–12； UniProt 140–151 作者链 H； PDB构建体 1–12； UniProt 140–151

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fe7
沉积日期 deposition_date	2022-12-05
结构标题 title	Crystal structure of human O-GlcNAc transferase (OGT) in complex with an exosite-binding peptide (SMG9) and UDP-GlcNAc
关键词 keywords	O-GlcNAc transferase, exosite, protein-protein interaction, complex, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8fe7__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8fe7__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8fe7__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.53 Å
Rg（电子密度）	27.98 Å
总 Rg	28.69 Å
原子数	5697
残基数	716
排除体积	101380 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8fe7__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`8fe7__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`8fe7__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`8fe7__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit
分子量 formula_weight	80974.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.255
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	22788

GPGSCPTHADSLNNLANIKREQGNIEEAVRLYRKALEVFPEFAAAHSNLASVLQQQGKLQEALMHYKEAIRISPTFADAYSNMGNTLKEMQDVQGALQCYTRAIQINPAFADAHSNLASIHKDSGNIPEAIASYRTALKLKPDFPDAYCNLAHCLQIVCDWTDYDERMKKLVSIVADQLEKNRLPSVHPHHSMLYPLSHGFRKAIAERHGNLCLDKINVLHKPPYEHPKDLKLSDGRLRVGYVSSDFGNHPTSHLMQSIPGMHNPDKFEVFCYALSPDDGTNFRVKVMAEANHFIDLSQIPCNGKAADRIHQDGIHILVNMNGYTKGARNELFALRPAPIQAMWLGYPGTSGALFMDYIITDQETSPAEVAEQYSEKLAYMPHTFFIGDHANMFPHLKKKAVIDFKSNGHIYDNRIVLNGIDLKAFLDSLPDVKIVKMKCPDGGDNADSSNTALNMPVIPMNTIAEAVIEMINRGQIQITINGFSISNGLATTQINNKAATGEEVPRTIIVTTRSQYGLPEDAIVYCNFNQLYKIDPSTLQMWANILKRVPNSVLWLLRFPAVGEPNIQQYAQNMGLPQNRIIFSPVAPKEEHVRRGQLADVCLDTPLCNGHTTGMDVLWAGTPMVTMPGETLASRVAASQLTCLGCLELIAKNRQEYEDIAVKLGTDLEYLKKVRGKVWKQRISSPLFNTKQYTMELERLYLQMWEHYAAGNKPDHMIKPVE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG9
分子量 formula_weight	1472.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

QRPTQPVYQIQN

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE
分子量 formula_weight	607.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	8fe7A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11380 —

结构域编号 domain_id	8fe7A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	720 — Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	8fe7A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2000 — Glycogen Phosphorylase B;

结构域编号 domain_id	8fe7C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11380 —

结构域编号 domain_id	8fe7C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	720 — Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	8fe7C03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2000 — Glycogen Phosphorylase B;

结构域编号 domain_id	8fe7E01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11380 —

结构域编号 domain_id	8fe7E02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	720 — Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	8fe7E03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2000 — Glycogen Phosphorylase B;

结构域编号 domain_id	8fe7G01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11380 —

结构域编号 domain_id	8fe7G02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	720 — Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	8fe7G03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2000 — Glycogen Phosphorylase B;

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晶胞边长 a length_a	273.669 Å
晶胞边长 b length_b	273.669 Å
晶胞边长 c length_c	143.144 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 3 2 1
空间群编号 int_tables_number	150
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	2.980 Å
最低分辨率 resolution_low	118.500 Å
R 因子 r_factor	0.1867
R_work r_work	0.1862
R_free r_free	0.2174

Crystal structure of human O-GlcNAc transferase (OGT) in complex with an exosite-binding peptide (SMG9) and UDP-GlcNAc

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8fe7__assembly_2__model_1

8fe7__assembly_2__model_1 | I(q)

8fe7__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of human O-GlcNAc transferase (OGT) in complex with an exosite-binding peptide (SMG9) and UDP-GlcNAc

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8fe7__assembly_2__model_1

8fe7__assembly_2__model_1 | I(q)

8fe7__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)