8fg0

Crystal structure of the 3764 Fab in complex with the C-terminal PfCSP linker, PfCSP281-294.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 123.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Circumsporozoite protein

物种未注明

UniProt Q7K740

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 281–294 片段:residues 281-294 3764 Fab Heavy chain × 1 3764 Fab Light chain × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293.15 K;19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, 5% (v/v) glycerol, 0.095 M sodium citrate, pH 5.6 分辨率 2.36 Å R-free 0.237
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 Q; UniProt 281–294 片段:residues 281-294 3764 Fab Heavy chain × 1 3764 Fab Light chain × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293.15 K;19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, 5% (v/v) glycerol, 0.095 M sodium citrate, pH 5.6 分辨率 2.36 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 30 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CSP_PLAF7
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–14; UniProt 281–294 作者链 Q; PDB构建体 1–14; UniProt 281–294

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8fg0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8fg0
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8fg0
沉积日期 deposition_date2022-12-11
结构标题 titleCrystal structure of the 3764 Fab in complex with the C-terminal PfCSP linker, PfCSP281-294.
关键词 keywordsMalaria, Antibody, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.42
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.30
零角强度 I(0) i0145187000.00
分子量 molecular_weight94557.0 kDa
排除体积 excluded_volume117390 ų
包络体积 envelope_volume154880 ų
水化壳体积 shell_volume39150 ų
包络直径 envelope_diameter128.3
壳层 Rg shell_rg38.87
包络 Rg envelope_rg34.77
形状 Rg shape_rg35.30
总 Rg total_rg35.58
总原子数 total_atoms6663
残基数 n_residues861
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax123.1
Rg (实空间) rg_real35.68
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.13
I(0) (实空间) i0_real1.4520e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4950e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.52
I(0) (倒空间) i0_reciprocal145200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8411
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary41.0
偏度 Skewness skewness0.558
峰度 Kurtosis kurtosis-0.073
角度范围 angular_range— – 0.2250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha16870000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.780; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.899; Smooth: 0.691

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id8fg0A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8fg0A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8fg0B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8fg0B02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8fg0C01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8fg0C02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8fg0D01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8fg0D02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)