8fs6

;Structure of S. cerevisiae Rad24-RFC loading the 9-1-1 clamp onto a 10-nt gapped DNA in step 4 (partially closed 9-1-1 and stably bound chamber DNA) ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 133.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fs6
沉积日期 deposition_date	2023-01-09
结构标题 title	;Structure of S. cerevisiae Rad24-RFC loading the 9-1-1 clamp onto a 10-nt gapped DNA in step 4 (partially closed 9-1-1 and stably bound chamber DNA) ;
关键词 keywords	;DNA damage repair, Rad24-RFC, 9-1-1 clamp, DNA clamp, alternative clamp loader, DNA damage signaling, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex, CELL CYCLE-DNA complex ;; CELL CYCLE/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.93 Å
零角强度 I(0) i0	1558320000.00
分子量 molecular_weight	318120.0 kDa
排除体积 excluded_volume	394620 Å³
包络体积 envelope_volume	533300 Å³
水化壳体积 shell_volume	97192 Å³
包络直径 envelope_diameter	134.3 Å
壳层 Rg shell_rg	52.83 Å
包络 Rg envelope_rg	42.01 Å
形状 Rg shape_rg	42.96 Å
总 Rg total_rg	43.25 Å
总原子数 total_atoms	22246
残基数 n_residues	2679
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.5 Å
Rg (实空间) rg_real	43.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5580e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3380e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1559000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8930
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	55.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.055
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.551
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	327300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.955; Smooth: 0.919

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (14)

Entity 1 polymer

描述 description	Checkpoint protein RAD24
分子量 formula_weight	62792.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	22246

MDSTNLNKRPLLQYSLSSLGSQITKWSSSRPTSPVRKARSTENDFLSKQDTSSILPSINDDGGEQWYEKFKPNCLEQVAIHKRKLKDVQEALDAMFLPNAKHRILLLSGPSGCSKSTVIKELSKILVPKYRQNSNGTSFRSTPNEHKVTEFRGDCIVNDLPQMESFSEFLKGARYLVMSNLSLILIEDLPNVFHIDTRRRFQQLILQWLYSSEPLLPPLVICITECEIPENDNNYRKFGIDYTFSAETIMNKEILMHPRLKRIKFNPINSTLLKKHLKFICVQNMKMLKEKNKWNKRQEVIDYIAQETGDIRSAITTLQFWATSSGSLPISTRESTISYFHAIGKVIHGSHSTNNDNEMINNLFENSNNLLSKEDFKLGILENYNTFNKGEFSISDASSIVDCLSECDNMNGLPESNEYGLREVRKTFRNISKQGHNHGTVYFPREWKVRKLQNSFKVQAEDWLNVSLYKYNAVHSFRNITLEFGYYAPLIRKCQSYKKKYILYYLKNLPSGSSGPKQTMDKFSDIMKVENGIDVVDRIGGPIEA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 2 polymer

描述 description	Replication factor C subunit 4
分子量 formula_weight	36201.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSKTLSLQLPWVEKYRPQVLSDIVGNKETIDRLQQIAKDGNMPHMIISGMPGIGKTTSVHCLAHELLGRSYADGVLELNASDDRGIDVVRNQIKHFAQKKLHLPPGKHKIVILDEADSMTAGAQQALRRTMELYSNSTRFAFACNQSNKIIEPLQSRCAILRYSKLSDEDVLKRLLQIIKLEDVKYTNDGLEAIIFTAEGDMRQAINNLQSTVAGHGLVNADNVFKIVDSPHPLIVKKMLLASNLEDSIQILRTDLWKKGYSSIDIVTTSFRVTKNLAQVKESVRLEMIKEIGLTHMRILEGVGTYLQLASMLAKIHKLNNKA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 3 polymer

描述 description	Replication factor C subunit 3
分子量 formula_weight	37841.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSTSTEKRSKENLPWVEKYRPETLDEVYGQNEVITTVRKFVDEGKLPHLLFYGPPGTGKTSTIVALAREIYGKNYSNMVLELNASDDRGIDVVRNQIKDFASTRQIFSKGFKLIILDEADAMTNAAQNALRRVIERYTKNTRFCVLANYAHKLTPALLSRCTRFRFQPLPQEAIERRIANVLVHEKLKLSPNAEKALIELSNGDMRRVLNVLQSCKATLDNPDEDEISDDVIYECCGAPRPSDLKAVLKSILEDDWGTAHYTLNKVRSAKGLALIDLIEGIVKILEDYELQNEETRVHLLTKLADIEYSISKGGNDQIQGSAVIGAIKASFENETV

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 4 polymer

描述 description	Replication factor C subunit 2
分子量 formula_weight	39794.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MFEGFGPNKKRKISKLAAEQSLAQQPWVEKYRPKNLDEVTAQDHAVTVLKKTLKSANLPHMLFYGPPGTGKTSTILALTKELYGPDLMKSRILELNASDERGISIVREKVKNFARLTVSKPSKHDLENYPCPPYKIIILDEADSMTADAQSALRRTMETYSGVTRFCLICNYVTRIIDPLASRCSKFRFKALDASNAIDRLRFISEQENVKCDDGVLERILDISAGDLRRGITLLQSASKGAQYLGDGKNITSTQVEELAGVVPHDILIEIVEKVKSGDFDEIKKYVNTFMKSGWSAASVVNQLHEYYITNDNFDTNFKNQISWLLFTTDSRLNNGTNEHIQLLNLLVKISQL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 5 polymer

描述 description	Replication factor C subunit 5
分子量 formula_weight	39993.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MSLWVDKYRPKSLNALSHNEELTNFLKSLSDQPRDLPHLLLYGPNGTGKKTRCMALLESIFGPGVYRLKIDVRQFVTASNRKLELNVVSSPYHLEITPSDMGNNDRIVIQELLKEVAQMEQVDFQDSKDGLAHRYKCVIINEANSLTKDAQAALRRTMEKYSKNIRLIMVCDSMSPIIAPIKSRCLLIRCPAPSDSEISTILSDVVTNERIQLETKDILKRIAQASNGNLRVSLLMLESMALNNELALKSSSPIIKPDWIIVIHKLTRKIVKERSVNSLIECRAVLYDLLAHCIPANIILKELTFSLLDVETLNTTNKSSIIEYSSVFDERLSLGNKAIFHLEGFIAKVMCCLD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 6 polymer

描述 description	DNA damage checkpoint control protein MEC3
分子量 formula_weight	53207.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MKLKLIVNGCEAPDDYKLLRTTINTVASLRKTAILRFNSERLTIISTPKSSLNSSNNGTILRGDTGQLWCTIPHDVFRLYTVISARELNTITMECNCDSLLSVFKRYDRVMNQGSSSNMTIKLQSMPEWNTNNGTLSGGTAGGVDTTSKPNPICALGITFEEIVHTSGPNDAIVMNGGVDEHNGLPTTVGTGNLLASNKVIMHSFKVPVKLLFRAQDTRIQEPMINYIQLMMYKLPPISGEFGSAFHGFIRRVERYSNVNHIHLMGVKKKEHGNEGDDVELKIIVNELDWHLEICWNGPLDSVIQRQEGLTDNPSQNQHIDTDGRQEEGSLPIIEADKPMSSLYTNTRDREMEENIRYDEDLLRIEDSSIADTRGNIYTADTSGDTEFNDISVMVEKAEQESSSTHEVIIRCKDWKVCSKLYAAFEEVVLAISHDESCVFHCSLDRGSLEDSEDVEKPRERGQIIYYIARSKGL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 7 polymer

描述 description	DNA damage checkpoint control protein RAD17
分子量 formula_weight	45637.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MRINSELANKFSASTVHLEHITTALSCLTPFGSKDDVLIFIDADGLSFVRENNHVIKIQLLLSRELFMSYSYRNETEDHMKLCVKINHILDSVSVMNRNSDDIVECTLSYDGHGSPFVLIFEDSFISERVEYSTYLIKDFDTNGLELDRERISFEAIIKGEALHSALKDLKEIGCKECYVYAKTEANDENVFALISKSQLGFSKIKLPSNRSILEKLQVFDGDSTTVIDGFAVIGFFDFTSFDKIRKSTKIASKVLFRMDVHGVLSVNILSQTDDVIITDTTRPSNNRPGSIRQLQLPKDYPGIVIEVCMLEKESIDEAAQTEIELLMETNELGNRNSFKKSTIRKRYGTDKGNETSNDNLLQLNGKKIKLPSEEENNKNRESEDEENHCKYPTKDIPIFF

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 8 polymer

描述 description	DDC1 isoform 1
分子量 formula_weight	69787.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MSFKATITESGKQNIWFRAIYVLSTIQDDIKITVTTNELIAWSMNETDTTLCQVRFQKSFFEEYEFKPHEIVFGENGVQVIEDTYGNSHKLYSFRVNGRHLTTISRKPDGDGIKSFTIAVNNTSTCPESLANRLIVVIEMDSLIVKEYCPQFQPIKYDPIIINLKYKRRFLDVFGTAASDRNPQEPLDPKLLDVFTNTERELTSALFNEEVESDIRKRNQLTAADEINYICCNSTLLKNFLDNCNVNVTDEVKLEINVHRLSITAFTKAVYGKNNDLLRNALSMSNTISTLDLEHYCLFTTIEDEKQDKRSHSKRREHMKSIIFKLKDFKNFITIGPSWKTTQDGNDNISLWFCHPGDPILMQMQKPGVKLELVEVTDSNINDDILEGKFIKTAISGSKEEAGLKDNKESCESPLKSKTALKRENLPHSVAGTRNSPLKVSYLTPDNGSTVAKTYRNNTARKLFVEEQSQSTNYEQDKRFRQASSVHMNMNREQSFDIGTTHEVACPRNESNSLKRSIADICNETEDPTQQSTFAKRADTTVTWGKALPAADDEVSCSNIDRKGMLKKEKLKHMQGLLNSQNDTSNHKKQDNKEMEDGLGLTQVEKPRGIFD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 9 polymer

描述 description	Template strand
分子量 formula_weight	15389.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

CGGTATAGGCGATACGAATCTTTTTTTTTTCCGTATAGCCGTAGCGAGCC

Entity 10 polymer

描述 description	Primer strand 1
分子量 formula_weight	6464.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

GGCTCGCTACGGCTATACGGA

Entity 11 polymer

描述 description	Primer strand 2
分子量 formula_weight	6084.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	K

GATTCGTATCGCCTATACCG

Entity 12 non-polymer

描述 description	PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 13 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 14 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	8fs6E01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8fs6E02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	8fs6E03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	272 — Zinc Finger, Delta Prime; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

▶

7. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	191448

fit	/app/data/saxs_computation/fs/8fs6/8fs6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fs/8fs6/8fs6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fs/8fs6/8fs6.dat

;Structure of S. cerevisiae Rad24-RFC loading the 9-1-1 clamp onto a 10-nt gapped DNA in step 4 (partially closed 9-1-1 and stably bound chamber DNA) ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (14)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)