SAXSdb — 8ftu

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein transport protein SEC39

Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Vesicle transport protein USE1 × 1 （Q6CL08） Protein transport protein DSL1 × 1 （Q6CUS2）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6CWC7_KLULA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 28–699； UniProt 1–672

Vesicle transport protein USE1

Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140

UniProt Q6CL08

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Protein transport protein SEC39 × 1 （Q6CWC7） Protein transport protein DSL1 × 1 （Q6CUS2）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6CL08_KLULA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–113； UniProt 1–110

Protein transport protein DSL1

Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140

UniProt Q6CUS2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Protein transport protein SEC39 × 1 （Q6CWC7） Vesicle transport protein USE1 × 1 （Q6CL08）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6CUS2_KLULA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 4–38； UniProt 332–366 作者链 C； PDB构建体 44–306； UniProt 424–686

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ftu
沉积日期 deposition_date	2023-01-13
结构标题 title	Crystal structure of the SNARE Use1 bound to Dsl1 complex subunits Sec39 and Dsl1, Revised Use1 structure
关键词 keywords	membrane trafficking, SNARE protein, COPI, vesicle, multisubunit tethering complex, Dsl1 complex, CATCHR complex, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8ftu__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8ftu__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8ftu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	71.61 Å
Rg（电子密度）	72.54 Å
总 Rg	72.20 Å
原子数	8254
残基数	1012
排除体积	148490 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8ftu__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein transport protein SEC39
分子量 formula_weight	79860.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8254

MKHHHHHHHGAAGTSLYKKAGLVPRGSMNPQLYLCASVFITRGDVKSVSEIYQGLQSDAERLQYLKLLCVMWPELDAPTNISFVLKDIELNGMDESSVLVSLIQEDSSLTAISEMDVNTISKRVNALASYVEETLIGFNIHIRETHMLEDFIRARTLVVNSLSKDALCSLELLANSTSKSLVSWLDGILKPLDHLNRRLDTKLSIFQFENLSAQDAVSEMWKLPVKEVSVVRSMMKYEVEPYLKFQGSYTPFYEVIFNPDNFPLDSINNFQIYKYLSSQPTPLDTKFNETKWNILYSNGKNLASIPLPNLVFELESLIKSFGDDSQIFSGISLNEWLVNLKFMNAMDIKDLKSLKKLQNEDSVVQTSYFSIITQNMFQGHIDIKTVQNVVEFIESSTLFDKLTNELQTSILLESLLKLGKFDILEQFVSTSGVKIQDKVIIQHFWRFFNIASNGSLSDPDMKNANRTLNLLSNKETHSNLYDILTIVDRLSHYSLSFKRGMPFKPAHISEFKANPMEIVEKLLDLNPKLRKNIEVTFDILKELYTALQVTPSDKDFTKEYSKLLSEHINNLLANGDFKFAFDQAINLIERPDAAEHWVTIFQVGKYIDPNWLDAEIPTEIIYLQLGIVSKLLHICPEKEYEVITSQWSGLELELSTRNLISDKYSLENTQRSNDNFMSDVSTNVGNFLSGKFQWNIGGA

来源 Source

来源生物 organism	Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284590
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Vesicle transport protein USE1
分子量 formula_weight	13260.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGSMTTDLDTLSDQLRKNYYRDLSLFQDDEDPFYHYLISTKLATNLNTVRKLAIKDNLDDPSSDAIDRYQKNFSRLEESVSSISFSKASKLQQKYDAYQESQKKRRYSVDFDA

来源 Source

来源生物 organism	Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284590
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein transport protein DSL1
分子量 formula_weight	36014.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGSENIYTTLKFESMMQQRVIQIRSIPEEEYHELVSVQGDGDGPIQVSVFVQSAAKVFTEFEQGCDTIGRSKVESIYLYKFNLLQTAFFAMVSEKVNDWTQLYKDVRYLYTENPKLLQLMELNSRRLDLNLNLIKKTIYKLVNDQLQELKDNERTPDWDITISSLLPYLKKTALPTLYKLEDNTILVALIRYIVHDLVIDNILHWRVISEKSSENLSEFIMLLLSGLEIPRLNLIETYRHSREKLGILSKILTAHLKDILEMFYEGEFFLFETDEIVQWIILLFADTPTRRDCIDEIRRVREEATD

来源 Source

来源生物 organism	Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284590
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

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晶胞边长 a length_a	240.790 Å
晶胞边长 b length_b	87.846 Å
晶胞边长 c length_c	161.431 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.61 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	5.730 Å
最低分辨率 resolution_low	29.600 Å
R 因子 r_factor	0.2782
R_work r_work	0.2759
R_free r_free	0.2980

Crystal structure of the SNARE Use1 bound to Dsl1 complex subunits Sec39 and Dsl1, Revised Use1 structure

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein transport protein SEC39

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Vesicle transport protein USE1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein transport protein DSL1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8ftu__assembly_1__model_1

8ftu__assembly_1__model_1 | I(q)

8ftu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (2)

Crystal structure of the SNARE Use1 bound to Dsl1 complex subunits Sec39 and Dsl1, Revised Use1 structure

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein transport protein SEC39

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Vesicle transport protein USE1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein transport protein DSL1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8ftu__assembly_1__model_1

8ftu__assembly_1__model_1 | I(q)

8ftu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (2)