8ftu

Crystal structure of the SNARE Use1 bound to Dsl1 complex subunits Sec39 and Dsl1, Revised Use1 structure

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 215.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ftu
沉积日期 deposition_date	2023-01-13
结构标题 title	Crystal structure of the SNARE Use1 bound to Dsl1 complex subunits Sec39 and Dsl1, Revised Use1 structure
关键词 keywords	membrane trafficking, SNARE protein, COPI, vesicle, multisubunit tethering complex, Dsl1 complex, CATCHR complex, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	71.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	72.54 Å
零角强度 I(0) i0	179341000.00
分子量 molecular_weight	117010.0 kDa
排除体积 excluded_volume	148490 Å³
包络体积 envelope_volume	255180 Å³
水化壳体积 shell_volume	33634 Å³
包络直径 envelope_diameter	238.5 Å
壳层 Rg shell_rg	55.42 Å
包络 Rg envelope_rg	69.55 Å
形状 Rg shape_rg	72.51 Å
总 Rg total_rg	72.20 Å
总原子数 total_atoms	8254
残基数 n_residues	1012
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	215.4 Å
Rg (实空间) rg_real	72.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.02 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7920e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7030e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	68.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	177800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6066
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.419
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.996
角度范围 angular_range	— – 0.1100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0019
最高正则化参数 α highest_alpha	4948000.0000
实空间数据点数 n_real_points	23
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.250; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.136; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Protein transport protein SEC39
分子量 formula_weight	79860.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8254

MKHHHHHHHGAAGTSLYKKAGLVPRGSMNPQLYLCASVFITRGDVKSVSEIYQGLQSDAERLQYLKLLCVMWPELDAPTNISFVLKDIELNGMDESSVLVSLIQEDSSLTAISEMDVNTISKRVNALASYVEETLIGFNIHIRETHMLEDFIRARTLVVNSLSKDALCSLELLANSTSKSLVSWLDGILKPLDHLNRRLDTKLSIFQFENLSAQDAVSEMWKLPVKEVSVVRSMMKYEVEPYLKFQGSYTPFYEVIFNPDNFPLDSINNFQIYKYLSSQPTPLDTKFNETKWNILYSNGKNLASIPLPNLVFELESLIKSFGDDSQIFSGISLNEWLVNLKFMNAMDIKDLKSLKKLQNEDSVVQTSYFSIITQNMFQGHIDIKTVQNVVEFIESSTLFDKLTNELQTSILLESLLKLGKFDILEQFVSTSGVKIQDKVIIQHFWRFFNIASNGSLSDPDMKNANRTLNLLSNKETHSNLYDILTIVDRLSHYSLSFKRGMPFKPAHISEFKANPMEIVEKLLDLNPKLRKNIEVTFDILKELYTALQVTPSDKDFTKEYSKLLSEHINNLLANGDFKFAFDQAINLIERPDAAEHWVTIFQVGKYIDPNWLDAEIPTEIIYLQLGIVSKLLHICPEKEYEVITSQWSGLELELSTRNLISDKYSLENTQRSNDNFMSDVSTNVGNFLSGKFQWNIGGA

来源 Source

来源生物 organism	Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284590
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 polymer

描述 description	Vesicle transport protein USE1
分子量 formula_weight	13260.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGSMTTDLDTLSDQLRKNYYRDLSLFQDDEDPFYHYLISTKLATNLNTVRKLAIKDNLDDPSSDAIDRYQKNFSRLEESVSSISFSKASKLQQKYDAYQESQKKRRYSVDFDA

来源 Source

来源生物 organism	Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284590
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 3 polymer

描述 description	Protein transport protein DSL1
分子量 formula_weight	36014.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGSENIYTTLKFESMMQQRVIQIRSIPEEEYHELVSVQGDGDGPIQVSVFVQSAAKVFTEFEQGCDTIGRSKVESIYLYKFNLLQTAFFAMVSEKVNDWTQLYKDVRYLYTENPKLLQLMELNSRRLDLNLNLIKKTIYKLVNDQLQELKDNERTPDWDITISSLLPYLKKTALPTLYKLEDNTILVALIRYIVHDLVIDNILHWRVISEKSSENLSEFIMLLLSGLEIPRLNLIETYRHSREKLGILSKILTAHLKDILEMFYEGEFFLFETDEIVQWIILLFADTPTRRDCIDEIRRVREEATD

来源 Source

来源生物 organism	Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284590
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

▶

7. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	240.790 Å
晶胞边长 b length_b	87.846 Å
晶胞边长 c length_c	161.431 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.61 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	5.730 Å
最低分辨率 resolution_low	29.600 Å
R 因子 r_factor	0.2782
R_work r_work	0.2759
R_free r_free	0.2980

fit	/app/data/saxs_computation/ft/8ftu/8ftu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ft/8ftu/8ftu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ft/8ftu/8ftu.dat

Crystal structure of the SNARE Use1 bound to Dsl1 complex subunits Sec39 and Dsl1, Revised Use1 structure

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)