8g25

Crystal Structure of Cathepsin-G and Neutrophil Elastase Inhibited by S. aureus EapH2 at pH 7.5

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 145.2 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cathepsin-G

物种未注明

UniProt P08311

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 21–243 片段:C-terminal truncation (UNP residues 21-243) Neutrophil elastase × 1 (P08246) MAP domain-containing protein × 1 (A0A0H3JUK5) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;0.1 M HEPES, 0.2 M lithium sulfate, 26% w/v PEG3350 分辨率 1.80 Å R-free 0.283
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 21–243 片段:C-terminal truncation (UNP residues 21-243) Neutrophil elastase × 1 (P08246) MAP domain-containing protein × 1 (A0A0H3JUK5) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;0.1 M HEPES, 0.2 M lithium sulfate, 26% w/v PEG3350 分辨率 1.80 Å R-free 0.283
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 21–243 片段:C-terminal truncation (UNP residues 21-243) Neutrophil elastase × 1 (P08246) MAP domain-containing protein × 1 (A0A0H3JUK5) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;0.1 M HEPES, 0.2 M lithium sulfate, 26% w/v PEG3350 分辨率 1.80 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CATG_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–223; UniProt 21–243 作者链 F; PDB构建体 1–223; UniProt 21–243 作者链 I; PDB构建体 1–223; UniProt 21–243

Neutrophil elastase

物种未注明

UniProt P08246

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 30–247 未记录 Cathepsin-G × 1 (P08311) MAP domain-containing protein × 1 (A0A0H3JUK5) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;0.1 M HEPES, 0.2 M lithium sulfate, 26% w/v PEG3350 分辨率 1.80 Å R-free 0.283
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 30–247 未记录 Cathepsin-G × 1 (P08311) MAP domain-containing protein × 1 (A0A0H3JUK5) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;0.1 M HEPES, 0.2 M lithium sulfate, 26% w/v PEG3350 分辨率 1.80 Å R-free 0.283
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 30–247 未记录 Cathepsin-G × 1 (P08311) MAP domain-containing protein × 1 (A0A0H3JUK5) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;0.1 M HEPES, 0.2 M lithium sulfate, 26% w/v PEG3350 分辨率 1.80 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 37 个其他 PDB 条目、68 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ELNE_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–218; UniProt 30–247 作者链 E; PDB构建体 1–218; UniProt 30–247 作者链 H; PDB构建体 1–218; UniProt 30–247

MAP domain-containing protein

Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50

UniProt A0A0H3JUK5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 31–144 未记录 Cathepsin-G × 1 (P08311) Neutrophil elastase × 1 (P08246) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;0.1 M HEPES, 0.2 M lithium sulfate, 26% w/v PEG3350 分辨率 1.80 Å R-free 0.283
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 31–144 未记录 Cathepsin-G × 1 (P08311) Neutrophil elastase × 1 (P08246) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;0.1 M HEPES, 0.2 M lithium sulfate, 26% w/v PEG3350 分辨率 1.80 Å R-free 0.283
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 31–144 未记录 Cathepsin-G × 1 (P08311) Neutrophil elastase × 1 (P08246) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;0.1 M HEPES, 0.2 M lithium sulfate, 26% w/v PEG3350 分辨率 1.80 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A0H3JUK5_STAAM
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 4–117; UniProt 31–144 作者链 D; PDB构建体 4–117; UniProt 31–144 作者链 G; PDB构建体 4–117; UniProt 31–144

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8g25

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8g25
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8g25
沉积日期 deposition_date2023-02-03
结构标题 titleCrystal Structure of Cathepsin-G and Neutrophil Elastase Inhibited by S. aureus EapH2 at pH 7.5
关键词 keywordsProtease Inhibitor, Immune Evasion, Neutrophil, S. aureus, HYDROLASE-INHIBITOR complex; HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier43.33
回转半径 Rg (电子) rg_electron43.33
零角强度 I(0) i0515954000.00
分子量 molecular_weight180850.0 kDa
排除体积 excluded_volume224830 ų
包络体积 envelope_volume310440 ų
水化壳体积 shell_volume60978 ų
包络直径 envelope_diameter150.4
壳层 Rg shell_rg46.81
包络 Rg envelope_rg42.66
形状 Rg shape_rg43.32
总 Rg total_rg43.52
总原子数 total_atoms12702
残基数 n_residues1632
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax145.2
Rg (实空间) rg_real44.96
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.63
I(0) (实空间) i0_real5.1570e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.7590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal43.33
I(0) (倒空间) i0_reciprocal515900000.0000
解质量估计 total_estimate0.6561
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary56.5
偏度 Skewness skewness0.463
峰度 Kurtosis kurtosis-0.093
角度范围 angular_range— – 0.1800 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.5240
最高正则化参数 α highest_alpha73520000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.822; Stabil: 0.896; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.434

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)