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8g4o

Native GABA-A receptor from the mouse brain, alpha1-beta2-gamma2 subtype, in complex with didesethylflurazepam and endogenous GABA

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 139.1 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1

物种未注明

UniProt P62812

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 9 其他聚合物 7 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–455 链 C； UniProt 1–455 未记录 Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-2 × 2 （P63137） Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 × 1 （P22723） Heavy Chain of 8E3 Fab × 2 Light Chain of 8E3 Fab × 2 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 5 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 YNL (5M)-1-(2-aminoethyl)-7-chloro-5-(2-fluorophenyl)-1,3-dihydro-2H-1,4-benzodiazepin-2-one × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.06 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8G4O Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5OSA GLIC-GABAAR alpha1 chimera crystallized at pH4.6 提交 2017-08-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 250–338（89 aa）
链 A 417–455（39 aa）
链 B 250–338（89 aa）
链 B 417–455（39 aa）
链 C 250–338（89 aa）
链 C 417–455（39 aa）
链 D 250–338（89 aa）
链 D 417–455（39 aa）
链 E 250–338（89 aa）
链 E 417–455（39 aa）
未记录 ACT ACETATE ION × 8 CL CHLORIDE ION × 7 D12 DODECANE × 8 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；289.15 K；100 mM NaCl, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 12 % PEG 6000
分辨率 2.75 Å R-free 0.229
5OSB GLIC-GABAAR alpha1 chimera crystallized in complex with THDOC at pH4.5 提交 2017-08-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 250–338（89 aa）
链 A 417–455（39 aa）
链 B 250–338（89 aa）
链 B 417–455（39 aa）
链 C 250–338（89 aa）
链 C 417–455（39 aa）
链 D 250–338（89 aa）
链 D 417–455（39 aa）
链 E 250–338（89 aa）
链 E 417–455（39 aa）
未记录 A8Z Tetrahydrodeoxycorticosterone × 5 ACT ACETATE ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；289 K；12-16% PEG4000, 100mM NaCl, 100 mM Li2SO4, 100mM sodium acetate pH4-4.5
分辨率 3.80 Å R-free 0.290
5OSC GLIC-GABAAR alpha1 chimera crystallized in complex with pregnenolone sulfate at pH 4.5 提交 2017-08-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 417–455（39 aa）
链 B 417–455（39 aa）
链 C 417–455（39 aa）
链 D 417–455（39 aa）
链 E 417–455（39 aa）
未记录 ACT ACETATE ION × 8 CL CHLORIDE ION × 5 A8W Pregnenolone sulfate × 5 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；289 K；12-16% PEG 4000, 100 mM NaCl, 100 mM Li2S04, 100 mM sodium acetate pH 4-5
分辨率 3.10 Å R-free 0.246
8FOI Native GABA-A receptor from the mouse brain, alpha1-beta2-gamma2 subtype, in complex with GABA and allopregnanolone 提交 2022-12-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 1–455（455 aa）
链 C 1–455（455 aa）
未记录 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 D12 DODECANE × 17 OCT N-OCTANE × 17 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 5 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 Y4B allopregnanolone × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
8G4N Native GABA-A receptor from the mouse brain, alpha1-beta2-gamma2 subtype, in complex with GABA, Zolpidem, and endogenous neurosteroids 提交 2023-02-10 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 1–455（455 aa）
链 C 1–455（455 aa）
未记录 Y4B allopregnanolone × 2 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 D12 DODECANE × 17 OCT N-OCTANE × 17 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 5 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 R5R Zolpidem × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.67 Å
8G4X Native GABA-A receptor from the mouse brain, meta-alpha1-alpha3-beta2-gamma2 subtype, in complex with GABA and allopregnanolone 提交 2023-02-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 1–455（455 aa）
未记录 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 Y4B allopregnanolone × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.56 Å
8G5F Native GABA-A receptor from the mouse brain, ortho-alpha1-alpha3-beta2-gamma2 subtype, in complex with GABA and allopregnanolone 提交 2023-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 C 1–455（455 aa）
未记录 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 Y4B allopregnanolone × 2 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.64 Å
8G5G Native GABA-A receptor from the mouse brain, meta-alpha1-alpha3-beta2-gamma2 subtype, in complex with GABA, Zolpidem, and endogenous neurosteroid 提交 2023-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 1–455（455 aa）
未记录 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 Y4B allopregnanolone × 1 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 R5R Zolpidem × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
8G5H Native GABA-A receptor from the mouse brain, ortho-alpha1-alpha3-beta2-gamma2 subtype, in complex with GABA, Zolpidem, and endogenous neurosteroid 提交 2023-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 C 1–455（455 aa）
未记录 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 R5R Zolpidem × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 Y4B allopregnanolone × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.89 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBRA1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–455； UniProt 1–455 作者链 C； PDB构建体 1–455； UniProt 1–455

Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-2

物种未注明

UniProt P63137

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 9 其他聚合物 7 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–512 链 E； UniProt 1–512 未记录 Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 × 2 （P62812） Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 × 1 （P22723） Heavy Chain of 8E3 Fab × 2 Light Chain of 8E3 Fab × 2 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 5 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 YNL (5M)-1-(2-aminoethyl)-7-chloro-5-(2-fluorophenyl)-1,3-dihydro-2H-1,4-benzodiazepin-2-one × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.06 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8G4O Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8FOI Native GABA-A receptor from the mouse brain, alpha1-beta2-gamma2 subtype, in complex with GABA and allopregnanolone 提交 2022-12-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 B 1–512（512 aa）
链 E 1–512（512 aa）
未记录 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 D12 DODECANE × 17 OCT N-OCTANE × 17 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 5 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 Y4B allopregnanolone × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
8G4N Native GABA-A receptor from the mouse brain, alpha1-beta2-gamma2 subtype, in complex with GABA, Zolpidem, and endogenous neurosteroids 提交 2023-02-10 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 B 1–512（512 aa）
链 E 1–512（512 aa）
未记录 Y4B allopregnanolone × 2 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 D12 DODECANE × 17 OCT N-OCTANE × 17 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 5 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 R5R Zolpidem × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.67 Å
8G4X Native GABA-A receptor from the mouse brain, meta-alpha1-alpha3-beta2-gamma2 subtype, in complex with GABA and allopregnanolone 提交 2023-02-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 B 1–512（512 aa）
链 E 1–512（512 aa）
未记录 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 Y4B allopregnanolone × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.56 Å
8G5F Native GABA-A receptor from the mouse brain, ortho-alpha1-alpha3-beta2-gamma2 subtype, in complex with GABA and allopregnanolone 提交 2023-02-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 B 1–512（512 aa）
链 E 1–512（512 aa）
未记录 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 Y4B allopregnanolone × 2 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.64 Å
8G5G Native GABA-A receptor from the mouse brain, meta-alpha1-alpha3-beta2-gamma2 subtype, in complex with GABA, Zolpidem, and endogenous neurosteroid 提交 2023-02-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 B 1–512（512 aa）
链 E 1–512（512 aa）
未记录 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 Y4B allopregnanolone × 1 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 R5R Zolpidem × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
8G5H Native GABA-A receptor from the mouse brain, ortho-alpha1-alpha3-beta2-gamma2 subtype, in complex with GABA, Zolpidem, and endogenous neurosteroid 提交 2023-02-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 B 1–512（512 aa）
链 E 1–512（512 aa）
未记录 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 R5R Zolpidem × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 Y4B allopregnanolone × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.89 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBRB2_MOUSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–512； UniProt 1–512 作者链 E； PDB构建体 1–512； UniProt 1–512

Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2

物种未注明

UniProt P22723

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 9 其他聚合物 7 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 1–474 未记录 Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 × 2 （P62812） Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-2 × 2 （P63137） Heavy Chain of 8E3 Fab × 2 Light Chain of 8E3 Fab × 2 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 5 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 YNL (5M)-1-(2-aminoethyl)-7-chloro-5-(2-fluorophenyl)-1,3-dihydro-2H-1,4-benzodiazepin-2-one × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.06 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8G4O Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7CDB Structure of GABARAPL1 in complex with GABA(A) receptor gamma 2 提交 2020-06-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 406–423（18 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；289 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dehydrate pH 5.6, and 30% PEG 4000
分辨率 1.95 Å R-free 0.232
8FOI Native GABA-A receptor from the mouse brain, alpha1-beta2-gamma2 subtype, in complex with GABA and allopregnanolone 提交 2022-12-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 D 1–474（474 aa）
未记录 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 D12 DODECANE × 17 OCT N-OCTANE × 17 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 5 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 Y4B allopregnanolone × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
8G4N Native GABA-A receptor from the mouse brain, alpha1-beta2-gamma2 subtype, in complex with GABA, Zolpidem, and endogenous neurosteroids 提交 2023-02-10 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 D 1–474（474 aa）
未记录 Y4B allopregnanolone × 2 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 D12 DODECANE × 17 OCT N-OCTANE × 17 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 5 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 R5R Zolpidem × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.67 Å
8G4X Native GABA-A receptor from the mouse brain, meta-alpha1-alpha3-beta2-gamma2 subtype, in complex with GABA and allopregnanolone 提交 2023-02-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 D 1–474（474 aa）
未记录 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 Y4B allopregnanolone × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.56 Å
8G5F Native GABA-A receptor from the mouse brain, ortho-alpha1-alpha3-beta2-gamma2 subtype, in complex with GABA and allopregnanolone 提交 2023-02-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 D 1–474（474 aa）
未记录 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 Y4B allopregnanolone × 2 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.64 Å
8G5G Native GABA-A receptor from the mouse brain, meta-alpha1-alpha3-beta2-gamma2 subtype, in complex with GABA, Zolpidem, and endogenous neurosteroid 提交 2023-02-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 D 1–474（474 aa）
未记录 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 Y4B allopregnanolone × 1 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 R5R Zolpidem × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
8G5H Native GABA-A receptor from the mouse brain, ortho-alpha1-alpha3-beta2-gamma2 subtype, in complex with GABA, Zolpidem, and endogenous neurosteroid 提交 2023-02-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 D 1–474（474 aa）
未记录 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 R5R Zolpidem × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 Y4B allopregnanolone × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.89 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBRG2_MOUSE
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–474； UniProt 1–474

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8g4o

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8g4o
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8g4o
沉积日期 deposition_date2023-02-10
结构标题 titleNative GABA-A receptor from the mouse brain, alpha1-beta2-gamma2 subtype, in complex with didesethylflurazepam and endogenous GABA
关键词 keywordsligand-gated ion channel, cys-loop receptor, neurotransmitter receptor, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron42.32 Å
零角强度 I(0) i0825335000.00
分子量 molecular_weight246230.0 kDa
排除体积 excluded_volume311720 ų
包络体积 envelope_volume402060 ų
水化壳体积 shell_volume78277 ų
包络直径 envelope_diameter154.5 Å
壳层 Rg shell_rg48.21 Å
包络 Rg envelope_rg41.95 Å
形状 Rg shape_rg42.34 Å
总 Rg total_rg42.52 Å
总原子数 total_atoms17353
残基数 n_residues2084
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax139.1 Å
Rg (实空间) rg_real42.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.97 Å
I(0) (实空间) i0_real8.2530e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4560e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal825400000.0000
解质量估计 total_estimate0.6813
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary48.9 Å
偏度 Skewness skewness0.234
峰度 Kurtosis kurtosis-0.448
角度范围 angular_range— – 0.1850 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha96430000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.891; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.083; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.940
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)