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8g8z

Cryo-EM structure of 3DVA component 1 of Escherichia coli que-PEC (paused elongation complex) RNA Polymerase plus preQ1 ligand

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 154.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

Escherichia coli

UniProt A0A5B9AW69

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物数一致 链 G； UniProt 1–234 链 H； UniProt 1–234 未记录 DNA (39-MER) × 1 DNA (31-MER) × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A1X3IVJ5） RNA (48-MER) × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （C3SIA7） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A369F490） PRF 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out in a chamber with the temperature set to 4 C. 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8G8Z Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8G00 Cryo-EM structure of 3DVA component 0 of Escherichia coli que-PEC (paused elongation complex) RNA Polymerase minus preQ1 ligand 提交 2023-01-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 G 1–235（235 aa）
链 H 1–239（239 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION WAS CARRIED OUT IN A CHAMBER WITH THE TEMPERATURE SET TO 4 DEGREES CELSIUS.
分辨率 3.40 Å
8G1S Cryo-EM structure of 3DVA component 1 of Escherichia coli que-PEC (paused elongation complex) RNA Polymerase minus preQ1 ligand 提交 2023-02-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 G 1–235（235 aa）
链 H 1–235（235 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM TRIS-HCl, pH 7.5; 100 mM potassium chloride, 1mM
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out in a chamber with the temperature set to 4 C.
分辨率 3.70 Å
8G2W Cryo-EM structure of 3DVA component 2 of Escherichia coli que-PEC (paused elongation complex) RNA Polymerase minus preQ1 ligand 提交 2023-02-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 G 1–234（234 aa）
链 H 1–234（234 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION WAS CARRIED OUT IN A CHAMBER WITH THE TEMPERATURE SET TO 4 DEGREES CELSIUS.
分辨率 3.70 Å
8G4W Cryo-EM consensus structure of Escherichia coli que-PEC (paused elongation complex) RNA Polymerase plus preQ1 ligand 提交 2023-02-10 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 G 1–234（234 aa）
链 H 1–234（234 aa）
未记录 PRF 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION WAS CARRIED OUT IN A CHAMBER WITH THE TEMPERATURE SET TO 4 DEGREES CELSIUS.
分辨率 3.80 Å
8G7E Cryo-EM structure of 3DVA component 0 of Escherichia coli que-PEC (paused elongation complex) RNA Polymerase plus preQ1 ligand 提交 2023-02-16 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 G 1–234（234 aa）
链 H 1–234（234 aa）
未记录 PRF 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION WAS CARRIED OUT IN A CHAMBER WITH THE TEMPERATURE SET TO 4 DEGREES CELSIUS.
分辨率 3.90 Å
8PBL E. coli RNA polymerase elongation complex stalled at thymine dimer lesion 提交 2023-06-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 D 1–235（235 aa）
链 E 1–235（235 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.87 Å
8T00 Reconstituted E. coli RNA polymerase post-termination complex on negatively-supercoiled DNA: closed duplex DNA (rPTCc) 提交 2023-05-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 G 4–237（234 aa）
链 H 4–237（234 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.69 Å
9N07 Mfd-bound E.coli RNA polymerase elongation complex + ADP-BeF3 - L1 state 提交 2025-01-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 G 4–237（234 aa）
链 H 4–237（234 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.48 Å
9N11 Mfd-bound E.coli RNA polymerase elongation complex + ADP-BeF3 - L1.5 state 提交 2025-01-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 G 4–237（234 aa）
链 H 4–237（234 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.29 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A5B9AW69_ECOLX
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 G； PDB构建体 1–234； UniProt 1–234 作者链 H； PDB构建体 1–234； UniProt 1–234

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

Escherichia coli

UniProt A0A1X3IVJ5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物数一致 链 K； UniProt 1–80 未记录 DNA (39-MER) × 1 DNA (31-MER) × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A0A5B9AW69） RNA (48-MER) × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （C3SIA7） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A369F490） PRF 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out in a chamber with the temperature set to 4 C. 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8G8Z Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6VZ7 Escherichia coli transcription-translation complex C1 (TTC-C1) containing a 27 nt long mRNA spacer, NusG, and fMet-tRNAs at P-site and E-site 提交 2020-02-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：65-meric
链 AF 2–84（83 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
8G1S Cryo-EM structure of 3DVA component 1 of Escherichia coli que-PEC (paused elongation complex) RNA Polymerase minus preQ1 ligand 提交 2023-02-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 K 1–80（80 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM TRIS-HCl, pH 7.5; 100 mM potassium chloride, 1mM
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out in a chamber with the temperature set to 4 C.
分辨率 3.70 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A1X3IVJ5_ECOLX
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 K； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Escherichia coli

UniProt C3SIA7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物数一致 链 I； UniProt 2–1341 未记录 DNA (39-MER) × 1 DNA (31-MER) × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A0A5B9AW69） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A1X3IVJ5） RNA (48-MER) × 1 ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A369F490） PRF 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out in a chamber with the temperature set to 4 C. 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8G8Z Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8G2W Cryo-EM structure of 3DVA component 2 of Escherichia coli que-PEC (paused elongation complex) RNA Polymerase minus preQ1 ligand 提交 2023-02-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 I 2–1341（1340 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION WAS CARRIED OUT IN A CHAMBER WITH THE TEMPERATURE SET TO 4 DEGREES CELSIUS.
分辨率 3.70 Å
8G4W Cryo-EM consensus structure of Escherichia coli que-PEC (paused elongation complex) RNA Polymerase plus preQ1 ligand 提交 2023-02-10 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 I 2–1341（1340 aa）
未记录 PRF 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION WAS CARRIED OUT IN A CHAMBER WITH THE TEMPERATURE SET TO 4 DEGREES CELSIUS.
分辨率 3.80 Å
8T00 Reconstituted E. coli RNA polymerase post-termination complex on negatively-supercoiled DNA: closed duplex DNA (rPTCc) 提交 2023-05-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 I 2–1341（1340 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.69 Å
8T0L E. coli Sw2/Snf2 ATPase RapA bound to both ADP-AlF3 and reconstituted E. coli RNA polymerase post-termination complex on negatively-supercoiled DNA 提交 2023-06-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 I 2–1341（1340 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.62 Å
9DR1 E. coli RNA polymerase consensus volume with a bound fluoride riboswitch in the ligand-bound state 提交 2024-09-24 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 I 2–1341（1340 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；5 mM Tris-HCl, pH 7.5, 100 mM KCl, 1 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9M7Y Cryo-EM structure of gp79-dependent RNAP promoter open complex 提交 2025-03-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 A 1–1342（1342 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9M7Z Cryo-EM structure of gp79 bound RNAP core enzyme 提交 2025-03-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–1342（1342 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.50 Å
9N07 Mfd-bound E.coli RNA polymerase elongation complex + ADP-BeF3 - L1 state 提交 2025-01-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 I 2–1341（1340 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.48 Å
9N11 Mfd-bound E.coli RNA polymerase elongation complex + ADP-BeF3 - L1.5 state 提交 2025-01-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 I 2–1341（1340 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.29 Å
9W3D Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase in complex with EP1 提交 2025-07-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–1342（1342 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
9W3E Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase in complex with PP1 提交 2025-07-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–1342（1342 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9W3G Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase in complex with VP1 提交 2025-07-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 C 1–1342（1342 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C3SIA7_ECOLX
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 I； PDB构建体 1–1340； UniProt 2–1341

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

Escherichia coli

UniProt A0A369F490

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物数一致 链 J； UniProt 16–1373 未记录 DNA (39-MER) × 1 DNA (31-MER) × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A0A5B9AW69） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A1X3IVJ5） RNA (48-MER) × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （C3SIA7） PRF 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out in a chamber with the temperature set to 4 C. 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8G8Z Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6N4C EM structure of the DNA wrapping in bacterial open transcription initiation complex 提交 2018-11-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 D 15–1376（1362 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
分辨率 17.00 Å
8T00 Reconstituted E. coli RNA polymerase post-termination complex on negatively-supercoiled DNA: closed duplex DNA (rPTCc) 提交 2023-05-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 J 16–1373（1358 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.69 Å
8T0L E. coli Sw2/Snf2 ATPase RapA bound to both ADP-AlF3 and reconstituted E. coli RNA polymerase post-termination complex on negatively-supercoiled DNA 提交 2023-06-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 J 16–1373（1358 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.62 Å
9DR1 E. coli RNA polymerase consensus volume with a bound fluoride riboswitch in the ligand-bound state 提交 2024-09-24 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 J 16–1373（1358 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；5 mM Tris-HCl, pH 7.5, 100 mM KCl, 1 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9N11 Mfd-bound E.coli RNA polymerase elongation complex + ADP-BeF3 - L1.5 state 提交 2025-01-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 J 16–1373（1358 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.29 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A369F490_ECOLX
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 J； PDB构建体 1–1358； UniProt 16–1373

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8g8z

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8g8z
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8g8z
沉积日期 deposition_date2023-02-20
结构标题 titleCryo-EM structure of 3DVA component 1 of Escherichia coli que-PEC (paused elongation complex) RNA Polymerase plus preQ1 ligand
关键词 keywordsPolymerase, RNAP, riboswitch, aptamer, PreQ1, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier48.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron47.95 Å
零角强度 I(0) i02388600000.00
分子量 molecular_weight383630.0 kDa
排除体积 excluded_volume470890 ų
包络体积 envelope_volume683080 ų
水化壳体积 shell_volume112460 ų
包络直径 envelope_diameter163.4 Å
壳层 Rg shell_rg56.24 Å
包络 Rg envelope_rg47.65 Å
形状 Rg shape_rg47.96 Å
总 Rg total_rg48.19 Å
总原子数 total_atoms26822
残基数 n_residues3266
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax154.3 Å
Rg (实空间) rg_real48.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real2.3890e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9880e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal48.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2389000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8779
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary60.8 Å
偏度 Skewness skewness0.209
峰度 Kurtosis kurtosis-0.365
角度范围 angular_range— – 0.1650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha353400000.0000
实空间数据点数 n_real_points34
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.870; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.958; Smooth: 0.839
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)