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8gcy

Co-crystal structure of CBL-B in complex with N-Aryl isoindolin-1-one inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B

Homo sapiens

UniProt Q13191

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 38–427 未记录 ZN ZINC ION × 2 Z3N 2-{3-[(1s,3R)-3-methyl-1-(4-methyl-4H-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl}-6-{[(3S)-3-methylpiperidin-1-yl]methyl}-4-(trifluoromethyl)-2,3-dihydro-1H-isoindol-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M Imidazole, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5 0.09 M Sodium nitrate, 0.09 M Sodium phosphate dibasic, 0.09M Ammonium sulfate 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG1000; 12.5% w/v PEG 3350 分辨率 1.81 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

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其他 PDB 相对当前条目 8GCY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2AK5 beta PIX-SH3 complexed with a Cbl-b peptide 提交 2005-08-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 904–911（8 aa） 片段：residues 904-911
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；291 K；PEG 3000, SODIUM CITRATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K, pH 6.50
分辨率 1.85 Å R-free 0.269
2BZ8 N-terminal Sh3 domain of CIN85 bound to Cbl-b peptide 提交 2005-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 902–912（11 aa） 片段：POLYPROLINE RICH REGION RESIDUES 902-912
未记录 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.8 M NA CITRATE, 0.1 M BIS-TRIS PH 7.5, 0.2 M NACL
分辨率 2.00 Å R-free 0.271
2DO6 Solution structure of RSGI RUH-065, a UBA domain from human cDNA 提交 2006-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 931–970（40 aa） 片段：UBA domain
链 B 931–970（40 aa） 片段：UBA domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 AMBIENT
NMR样品组成 1.1mM UBA domain U-15N,13C, 20mM d-Tris-HCl buffer (pH 7.0), 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.0mM UBA domain U-15N,13C, 1.0mM UBA domain, 20mM d-Tris-HCl buffer (pH 7.0), 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2J6F N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) BOUND TO CBL-B PEPTIDE 提交 2006-09-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 902–912（11 aa） 片段：PEPTIDE, RESIDUES 902-912
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；20% PEG3000, 0.1M ACETATE PH 5.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.218
2JNH Solution Structure of the UBA Domain from Cbl-b 提交 2007-01-24 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 926–971（46 aa） 片段：UBA domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] entity, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.01 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2LDR Solution structure of Helix-RING domain of Cbl-b in the Tyr363 phosphorylated form 提交 2011-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 351–426（76 aa） 片段：Helix-RING domain, residues 345-426
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 ambient
NMR样品组成 20mM MES-1, 2mM DTT-2, 150mM sodium chloride-3, 0.4mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein-4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2OOA crystal structure of the UBA domain from Cbl-b ubiquitin ligase 提交 2007-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 924–973（50 aa） 片段：UBA domain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；1.2M sodium/potassium phosphate, 12% glycerol, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.56 Å R-free 0.240
2OOA crystal structure of the UBA domain from Cbl-b ubiquitin ligase 提交 2007-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 924–973（50 aa） 片段：UBA domain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；1.2M sodium/potassium phosphate, 12% glycerol, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.56 Å R-free 0.240
2OOB crystal structure of the UBA domain from Cbl-b ubiquitin ligase in complex with ubiquitin 提交 2007-01-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 924–973（50 aa） 片段：UBA domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.2M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, 20% PEG6000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.256
3PFV Crystal structure of Cbl-b TKB domain in complex with EGFR pY1069 peptide 提交 2010-10-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 38–344（307 aa） 片段：N-terminal TKB domain (UNP residues 38-344)
未记录 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；30% PEG 3350, 0.3M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.27 Å R-free 0.262
3PFV Crystal structure of Cbl-b TKB domain in complex with EGFR pY1069 peptide 提交 2010-10-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 38–344（307 aa） 片段：N-terminal TKB domain (UNP residues 38-344)
未记录 NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；30% PEG 3350, 0.3M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.27 Å R-free 0.262
3VGO Crystal structure of the N-terminal fragment of Cbl-b 提交 2011-08-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 39–426（388 aa） 片段：N-terminal fragment, UNP residues 39-426
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；25% PEG 3350, 0.1M bicine, 0.8M KNO3, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.10 Å R-free 0.328
3VGO Crystal structure of the N-terminal fragment of Cbl-b 提交 2011-08-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 39–426（388 aa） 片段：N-terminal fragment, UNP residues 39-426
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；25% PEG 3350, 0.1M bicine, 0.8M KNO3, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.10 Å R-free 0.328
3VGO Crystal structure of the N-terminal fragment of Cbl-b 提交 2011-08-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 39–426（388 aa） 片段：N-terminal fragment, UNP residues 39-426
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；25% PEG 3350, 0.1M bicine, 0.8M KNO3, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.10 Å R-free 0.328
3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 36–427（392 aa） 片段：RESIDUES 36-427
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE
分辨率 2.21 Å R-free 0.211
3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 36–427（392 aa） 片段：RESIDUES 36-427
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE
分辨率 2.21 Å R-free 0.211
3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 36–427（392 aa） 片段：RESIDUES 36-427
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE
分辨率 2.21 Å R-free 0.211
3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 M 36–427（392 aa） 片段：RESIDUES 36-427
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE
分辨率 2.21 Å R-free 0.211
8QNG Crystal structure of the E3 ubiquitin ligase Cbl-b with an allosteric inhibitor (benzodiazepine HTS hit compound 1) 提交 2023-09-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–427（392 aa）
未记录 W89 2-(morpholin-4-ylmethyl)-~{N}-[(3~{S})-2-oxidanylidene-5-phenyl-1,3-dihydro-1,4-benzodiazepin-3-yl]benzamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；9 % PEG8000, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 7.5
分辨率 2.20 Å R-free 0.295
8QNH Crystal structure of the E3 ubiquitin ligase Cbl-b with an allosteric inhibitor (WO2020264398 Ex23) 提交 2023-09-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–427（392 aa）
未记录 Z3N 2-{3-[(1s,3R)-3-methyl-1-(4-methyl-4H-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl}-6-{[(3S)-3-methylpiperidin-1-yl]methyl}-4-(trifluoromethyl)-2,3-dihydro-1H-isoindol-1-one × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；9 % PEG8000, 5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 8
分辨率 2.00 Å R-free 0.248
8QNI Crystal structure of the E3 ubiquitin ligase Cbl-b with an allosteric inhibitor (benzodiazepine compound 25) 提交 2023-09-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–427（392 aa）
未记录 W7R 2-[[(2~{S})-2-methylmorpholin-4-yl]methyl]-~{N}-[(3~{S})-2-oxidanylidene-5-phenyl-1,3-dihydropyrido[3,4-e][1,4]diazepin-3-yl]benzamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；11 % PEG8000, 5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCPT pH 8.0
分辨率 2.48 Å R-free 0.286
8QTG Crystal structure of CBL-b in complex with an allosteric inhibitor (compound 9) 提交 2023-10-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–427（392 aa）
未记录 WUQ 3-[3-[3-methyl-1-(4-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl]-5-(trifluoromethyl)-1~{H}-pyridin-2-one × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；8-11 % PEG8000, 5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 8
分辨率 1.42 Å R-free 0.243
8QTH Crystal structure of CBL-b in complex with an allosteric inhibitor (compound 8) 提交 2023-10-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–427（392 aa）
未记录 WX0 1-methyl-5-[3-[3-methyl-1-(4-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl]-3-(trifluoromethyl)-7H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-one × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；8-11 % PEG8000, 2.5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 8
分辨率 2.20 Å R-free 0.260
8QTJ Crystal structure of Cbl-b in complex with an allosteric inhibitor (compound 30) 提交 2023-10-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–427（392 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 WUI 3-[3-[3-methyl-1-(4-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl]-1-[(1~{R})-1-(1-methylpyrazol-4-yl)ethyl]-5-(trifluoromethyl)pyridin-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；8-11 % PEG8000, 2.5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 8
分辨率 1.52 Å R-free 0.232
8QTK Crystal structure of CBL-b in complex with an allosteric inhibitor (compound 31) 提交 2023-10-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–427（392 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 WX9 3-[3-[3-methyl-1-(4-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl]-1-[(1S)-1-(1-methylpyrazol-4-yl)ethyl]-5-(trifluoromethyl)pyridin-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；8-11 % PEG8000, 2.5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 8
分辨率 1.87 Å R-free 0.268
8VW4 Crystal structure of Cbl-b TKB bound to compound 26 提交 2024-01-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–343（308 aa） 片段：Cbl-PTB domain, residues 36-343
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AEG (7-methoxy-2-{2-[(1S,3S,4S)-3-(3-methoxy-2-methyl-5-nitrophenyl)-1-methyl-5-oxo-1,5-dihydroimidazo[1,5-a]pyridin-2(3H)-yl]-2-oxoethoxy}quinolin-8-yl)acetic acid × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M NaCitrate, 20% PEG3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.253
8VW4 Crystal structure of Cbl-b TKB bound to compound 26 提交 2024-01-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 36–343（308 aa） 片段：Cbl-PTB domain, residues 36-343
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AEG (7-methoxy-2-{2-[(1S,3S,4S)-3-(3-methoxy-2-methyl-5-nitrophenyl)-1-methyl-5-oxo-1,5-dihydroimidazo[1,5-a]pyridin-2(3H)-yl]-2-oxoethoxy}quinolin-8-yl)acetic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M NaCitrate, 20% PEG3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.253
8VW5 Crystal structure of Cbl-b TKB bound to compound 2 提交 2024-01-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–343（308 aa） 片段：Cbl-PTB domain, residues 36-343
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 A1AD4 [5-(2-{(2R,5S)-2-[2-(carboxymethoxy)-3-methoxy-5-nitrophenyl]-3,5-dimethyl-4-oxoimidazolidin-1-yl}-2-oxoethyl)-3,6-dimethoxy-9,9-dimethyl-9H-xanthen-4-yl]acetic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Ca(OAc)2, 0.1 M NaCacodylate pH 6.5, 18% PEG8000
分辨率 1.76 Å R-free 0.204
8VW5 Crystal structure of Cbl-b TKB bound to compound 2 提交 2024-01-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 36–343（308 aa） 片段：Cbl-PTB domain, residues 36-343
未记录 CA CALCIUM ION × 1 A1AD4 [5-(2-{(2R,5S)-2-[2-(carboxymethoxy)-3-methoxy-5-nitrophenyl]-3,5-dimethyl-4-oxoimidazolidin-1-yl}-2-oxoethyl)-3,6-dimethoxy-9,9-dimethyl-9H-xanthen-4-yl]acetic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Ca(OAc)2, 0.1 M NaCacodylate pH 6.5, 18% PEG8000
分辨率 1.76 Å R-free 0.204
9FQH E3 ligase Cbl-b in complex with a triazolone core inhibitor (compound 1) 提交 2024-06-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–427（392 aa）
未记录 A1IEW 8-[3-[3-methyl-1-(4-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl]-3-[[(3~{S})-3-methylpiperidin-1-yl]methyl]-5-(trifluoromethyl)-1$l^{4},7,8-triazabicyclo[4.3.0]nona-1(6),2,4-trien-9-one × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；9 % PEG8000, 5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 8
分辨率 1.79 Å R-free 0.249
9FQI E3 ligase Cbl-b in complex with a lactam scaffold inhibitor (compound 7) 提交 2024-06-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–427（392 aa）
未记录 A1IEV 8-[3-[(4~{R})-4-methyl-2-oxidanylidene-piperidin-4-yl]phenyl]-3-[[(3~{S})-3-methylpiperidin-1-yl]methyl]-5-(trifluoromethyl)-1$l^{4},7,8-triazabicyclo[4.3.0]nona-1(6),2,4-trien-9-one × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；11 % PEG8000, 0.05 M Mg Acetate, 5 % MPD, 0.05 M PCPT pH 8.0
分辨率 1.95 Å R-free 0.291
9FQJ E3 ligase Cbl-b in complex with a carbamate scaffold inhibitor (compound 12) 提交 2024-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–427（392 aa）
突变：EC:2.3.2.27 A1IE5 2-cyclopropyl-6-methyl-~{N}-[3-[(6~{S})-6-methyl-2-oxidanylidene-1,3-oxazinan-6-yl]phenyl]pyrimidine-4-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；11 % PEG8000, 0.05 M Mg Acetate, 5 % MPD, 0.05 M PCPT pH 8.0
分辨率 1.56 Å R-free 0.222
9FQJ E3 ligase Cbl-b in complex with a carbamate scaffold inhibitor (compound 12) 提交 2024-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 36–427（392 aa）
突变：EC:2.3.2.27 A1IE5 2-cyclopropyl-6-methyl-~{N}-[3-[(6~{S})-6-methyl-2-oxidanylidene-1,3-oxazinan-6-yl]phenyl]pyrimidine-4-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；11 % PEG8000, 0.05 M Mg Acetate, 5 % MPD, 0.05 M PCPT pH 8.0
分辨率 1.56 Å R-free 0.222

共 23 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CBLB_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–391； UniProt 38–427

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

暂无 SAXS 图

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

暂无 P(r) 图
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8gcy
沉积日期 deposition_date2023-03-03
结构标题 titleCo-crystal structure of CBL-B in complex with N-Aryl isoindolin-1-one inhibitor
关键词 keywordsE3 ligase, CBL-B, inhibitor, SGC, LIGASE, LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex; LIGASE/LIGASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (0)