8gju

;Crystal structure of human methylmalonyl-CoA mutase (MMUT) in complex with methylmalonic acidemia type A protein (MMAA), coenzyme A, and GDP ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 148.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gju
沉积日期 deposition_date	2023-03-16
结构标题 title	;Crystal structure of human methylmalonyl-CoA mutase (MMUT) in complex with methylmalonic acidemia type A protein (MMAA), coenzyme A, and GDP ;
关键词 keywords	;protein-protein complex, isomerase, GTPase, G-protein, cobalamin, vitamin B12, transport, organometallic cofactor, Isomerase-Hydrolase complex ;; Isomerase/Hydrolase
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.05 Å
零角强度 I(0) i0	2714140000.00
分子量 molecular_weight	434590.0 kDa
排除体积 excluded_volume	543330 Å³
包络体积 envelope_volume	738110 Å³
水化壳体积 shell_volume	118710 Å³
包络直径 envelope_diameter	156.2 Å
壳层 Rg shell_rg	59.07 Å
包络 Rg envelope_rg	47.23 Å
形状 Rg shape_rg	48.08 Å
总 Rg total_rg	48.28 Å
总原子数 total_atoms	30517
残基数 n_residues	4056
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	148.9 Å
Rg (实空间) rg_real	48.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7140e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3470e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2716000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8856
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	65.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.041
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.486
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	461100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.899; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.947; Smooth: 0.864

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Methylmalonic aciduria type A protein, mitochondrial
分子量 formula_weight	38718.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F,A,B
原子数 atom_count	30530

SMKDHTEGLSDKEQRFVDKLYTGLIQGQRACLAEAITLVESTHSRKKELAQVLLQKVLLYHREQEQSNKGKPLAFRVGLSGPPGAGKSTFIEYFGKMLTERGHKLSVLAVDPSSCTSGGSLLGDKTRMTELSRDMNAYIRPSPTRGTLGGVTRTTNEAILLCEGAGYDIILIETVGVGQSEFAVADMVDMFVLLLPPAGGDELQGIKRGIIEMADLVAVTKSDGDLIVPARRIQAEYVSALKLLRKRSQVWKPKVIRISARSGEGISEMWDKMKDFQDLMLASGELTAKRRKQQKVWMWNLIQESVLEHFRTHPTVREQIPLLEQKVLIGALSPGLAADFLLKAFKSRD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Methylmalonyl-CoA mutase, mitochondrial
分子量 formula_weight	83010.0 kDa
EC 编号 ec_number	5.4.99.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K,L,H

MSPHYLRQVKESSGSRLIQQRLLHQQQPLHPEWAALAKKQLKGKNPEDLIWHTPEGISIKPLYSKRDTMDLPEELPGVKPFTRGPYPTMYTFRPWTIRQYAGFSTVEESNKFYKDNIKAGQQGLSVAFDLATHRGYDSDNPRVRGDVGMAGVAIDTVEDTKILFDGIPLEKMSVSMTMNGAVIPVLANFIVTGEEQGVPKEKLTGTIQNDILKEFMVRNTYIFPPEPSMKIIADIFEYTAKHMPKFNSISISGYHMQEAGADAILELAYTLADGLEYSRTGLQAGLTIDEFAPRLSFFWGIGMNFYMEIAKMRAGRRLWAHLIEKMFQPKNSKSLLLRAHCQTSGWSLTEQDPYNNIVRTAIEAMAAVFGGTQSLHTNSFDEALGLPTVKSARIARNTQIIIQEESGIPKVADPWGGSYMMECLTNDVYDAALKLINEIEEMGGMAKAVAEGIPKLRIEECAARRQARIDSGSEVIVGVNKYQLEKEDTVEVLAIDNTSVRNRQIEKLKKIKSSRDQALAERCLAALTECAASGDGNILALAVDASRARCTVGEITDALKKVFGEHKANDRMVSGAYRQEFGESKEITSAIKRVHKFMEREGRRPRLLVAKMGQDGHDRGAKVIATGFADLGFDVDIGPLFQTPREVAQQAVDADVHAVGVSTLAAGHKTLVPELIKELNSLGRPDILVMCGGVIPPQDYEFLFEVGVSNVFGPGTRIPKAAVQVLDDIEKCLEKKQQSVAENLYFQS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	COENZYME A
分子量 formula_weight	767.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	95.806 Å
晶胞边长 b length_b	221.872 Å
晶胞边长 c length_c	121.824 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.53 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.790 Å
最低分辨率 resolution_low	80.620 Å
R 因子 r_factor	0.2315
R_work r_work	0.2291
R_free r_free	0.2761

fit	/app/data/saxs_computation/gj/8gju/8gju.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gj/8gju/8gju.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gj/8gju/8gju.dat

;Crystal structure of human methylmalonyl-CoA mutase (MMUT) in complex with methylmalonic acidemia type A protein (MMAA), coenzyme A, and GDP ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)