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8gkh

Structure of the Spizellomyces punctatus Fanzor (SpuFz) in complex with omega RNA and target DNA

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 122.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltodextrin-binding protein (Fragment),OrfB_Zn_ribbon domain-containing protein

Spizellomyces punctatus

UniProt A0A0F8NYV9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 P； UniProt 1–369 未记录 ;DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*AP*TP*A)-3') ; × 1 DNA (35-MER) × 1 RNA (78-MER) × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8GKH Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
28QN MBP-maltose bound to distal DARPin (AHIR dodecamer scaffold system) 提交 2026-02-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–374（374 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
5T6R Nmd3 is a structural mimic of eIF5A, and activates the cpGTPase Lsg1 during 60S ribosome biogenesis: 60S-Nmd3 Complex 提交 2016-09-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：45-meric
链 V 1–383（383 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 86 K POTASSIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6GFJ Structure of RIP2 CARD domain fused to crystallisable MBP tag 提交 2018-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–371（371 aa）
链 B 1–371（371 aa）
链 C 1–371（371 aa）
链 D 1–371（371 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.25 M NaNO3, and 22% (w/v) PEG 3350
分辨率 3.30 Å R-free 0.266
6XDS Crystal structure of MBP-TREM2 Ig domain fusion with fragment, 2-((4-bromophenyl)amino)ethan-1-ol 提交 2020-06-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–368（367 aa）
未记录 V5S 2-[(4-bromophenyl)amino]ethan-1-ol × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；100 mM BisTris pH 5.5, 100 mM ammonium acetate, 15% PEG4000, 15% glycerol
分辨率 1.47 Å R-free 0.208

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A0F8NYV9_METMZ
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 P； PDB构建体 18–386； UniProt 1–369

Maltodextrin-binding protein (Fragment),OrfB_Zn_ribbon domain-containing protein

Spizellomyces punctatus

UniProt A0A0L0H5U9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 P； UniProt 2–638 未记录 ;DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*AP*TP*A)-3') ; × 1 DNA (35-MER) × 1 RNA (78-MER) × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8GKH Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9CEU Spizellomyces punctatus Fanzor (SpuFz) State 1 提交 2024-06-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 P 2–638（637 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.29 Å
9CEV Spizellomyces punctatus Fanzor (SpuFz) State 2 提交 2024-06-27 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 P 2–638（637 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.26 Å
9CEW Spizellomyces punctatus Fanzor (SpuFz) State 3 提交 2024-06-27 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：hexameric
链 P 2–638（637 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.88 Å
9CEX Spizellomyces punctatus Fanzor (SpuFz) State 4 提交 2024-06-27 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：hexameric
链 P 2–638（637 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.27 Å
9CEY Spizellomyces punctatus Fanzor (SpuFz) State 5 提交 2024-06-27 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 P 2–638（637 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.22 Å
9CEZ Spizellomyces punctatus Fanzor (SpuFz) State 6 提交 2024-06-27 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 P 2–638（637 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.41 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A0L0H5U9_SPIPD
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 P； PDB构建体 396–1032； UniProt 2–638

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8gkh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8gkh
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8gkh
沉积日期 deposition_date2023-03-19
结构标题 titleStructure of the Spizellomyces punctatus Fanzor (SpuFz) in complex with omega RNA and target DNA
关键词 keywordsFanzor, Eukaryotic, RNA-guided, nuclease, Gene editing, RNA BINDING PROTEIN, RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.45 Å
零角强度 I(0) i0298347000.00
分子量 molecular_weight110100.0 kDa
排除体积 excluded_volume125490 ų
包络体积 envelope_volume177200 ų
水化壳体积 shell_volume45596 ų
包络直径 envelope_diameter130.9 Å
壳层 Rg shell_rg39.16 Å
包络 Rg envelope_rg32.96 Å
形状 Rg shape_rg32.38 Å
总 Rg total_rg33.05 Å
总原子数 total_atoms7567
残基数 n_residues725
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax122.3 Å
Rg (实空间) rg_real33.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.14 Å
I(0) (实空间) i0_real2.9830e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.0850e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal298300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8390
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary39.0 Å
偏度 Skewness skewness0.509
峰度 Kurtosis kurtosis0.095
角度范围 angular_range— – 0.2350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha32720000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.680; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.888; Smooth: 0.974
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)