SAXSdb — 8gmo

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mature major capsid protein

Tequatrovirus T4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 980	Mature capsid vertex protein × 50 （P19896）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 98	Mature capsid vertex protein × 5 （P19896）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 98	Mature capsid vertex protein × 5 （P19896）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAPSH_BPT4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 0； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 1； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 2； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 3； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 4； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 5； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 6； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 7； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 8； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 9； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 AA； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 AB； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 AC； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 AD； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 AE； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 AF； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 AG； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 AH； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 AI； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 AJ； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 AK； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 AL； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 AM； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 AN； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 AO； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 AP； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 AQ； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 AR； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 AS； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 AT； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 AU； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 AV； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 AW； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 AX； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 AY； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 AZ； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 Aa； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 Ab； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 Ac； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 Ad； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 Ae； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 Af； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 Ag； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 Ah； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 Ai； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 Aj； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 Ak； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 Al； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 Am； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 G； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 H； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 J； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 K； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 L； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 M； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 N； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 O； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 P； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 Q； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 R； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 S； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 T； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 U； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 V； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 W； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 X； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 Y； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 Z； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 b； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 c； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 d； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 e； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 f； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 g； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 h； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 i； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 j； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 k； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 l； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 m； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 n； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 o； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 p； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 q； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 r； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 s； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 t； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 u； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 v； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 w； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 x； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 y； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521 作者链 z； PDB构建体 1–465； UniProt 66–521

Mature capsid vertex protein

Tequatrovirus T4

UniProt P19896

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 980	Mature major capsid protein × 930 （P04535）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 98	Mature major capsid protein × 93 （P04535）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 98	Mature major capsid protein × 93 （P04535）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAPSP_BPT4
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–415； UniProt 11–425 作者链 B； PDB构建体 1–415； UniProt 11–425 作者链 C； PDB构建体 1–415； UniProt 11–425 作者链 D； PDB构建体 1–415； UniProt 11–425 作者链 a； PDB构建体 1–415； UniProt 11–425

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gmo
沉积日期 deposition_date	2023-03-26
结构标题 title	Bacteriophage T4 capsid shell containing 9DE insertions into the gp23* major capsid protein subunits
关键词 keywords	Bacteriophage T4, capsid shell, phage display, decorated capsid, phage head, VIRUS LIKE PARTICLE; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8gmo__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8gmo__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8gmo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	465.80 Å
总 Rg	465.80 Å
原子数	3413790
残基数	452940
排除体积	60462000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8gmo__assembly_1__model_1`	980-meric （980）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`8gmo__assembly_2__model_1`	98-meric （98）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`8gmo__assembly_3__model_1`	98-meric （98）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Mature major capsid protein
分子量 formula_weight	49790.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	93

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,AA,AB,AC,AD,AE,AF,AG,AH,AI,AJ,AK,AL,AM,AN,AO,AP,AQ,AR,AS,AT,AU,AV,AW,AX,AY,AZ,Aa,Ab,Ac,Ad,Ae,Af,Ag,Ah,Ai,Aj,Ak,Al,Am,G,H,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n,o,p,q,r,s,t,u,v,w,x,y,z ;
原子数 atom_count	341379

AEIGGDHGYNATNIAAGQTSGAVTQIGPAVMGMVRRAIPNLIAFDICGVQPMNSPTGQVFALRAVYGKDPVAAGAKEAFHPMYGPDAMFSGQGAAKKFPALAASTQTTVGDIYTHFFQETGTVYLQASVQVTIDAGDEDEDEDEDATDAAKLDAEIKKQMEAGALVEIAEGMATSIAELQEGFNGSTDNPWNEMGFRIDKQVIEAKSRQLKAAYSIELAQDLRAVHGMDADAELSGILATEIMLEINREVVDWINYSAQVGKSGMTLTPGSKAGVFDFQDPIDIRGARWAGESFKALLFQIDKEAVEIARQTGRGEGNFIIASRNVVNVLASVDTGISYAAQGLATGFSTDTTKSVFAGVLGGKYRVYIDQYAKQDYFTVGYKGPNEMDAGIYYAPYVALTPLRGSDPKNFQPVMGFKTRYGIGINPFAESAAQAPASRIQSGMPSILNSLGKNAYFRRVYVKGI

来源 Source

来源生物 organism	Tequatrovirus T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10665
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Mature capsid vertex protein
分子量 formula_weight	45594.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,a

STTTNSNSIGRPNLVALTRATTKLIYSDIVATQRTNQPVAAFYGIKYLNPDNEFTFKTGATYAGEAGYVDREQITELTEESKLTLNKGDLFKYNNIVYKVLEDTPFATIEESDLELALQIAIVLLKVRLFSDAASTSKFESSDSEIADARFQINKWQTAVKSRKLKTGITVELAQDLEANGFDAPNFLEDLLATEMADEINKDILQSLITVSKRYKVTGITDSGFIDLSYASAPEAGRSLYRMVCEMVSHIQKESTYTATFCVASARAAAILAASGWLKHKPEDDKYLSQNAYGFLANGLPLYCDTNSPLDYVIVGVVENIGEKEIVGSIFYAPYTEGLDLDDPEHVGAFKVVVDPESLQPSIGLLVRYALSANPYTVAKDEKEARIIDGGDMDKMAGRSDLSVLLGVKLPKIII

来源 Source

来源生物 organism	Tequatrovirus T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10665
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	70340

Bacteriophage T4 capsid shell containing 9DE insertions into the gp23* major capsid protein subunits

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mature major capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Mature capsid vertex protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8gmo__assembly_1__model_1

8gmo__assembly_1__model_1 | I(q)

8gmo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Bacteriophage T4 capsid shell containing 9DE insertions into the gp23* major capsid protein subunits

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mature major capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mature capsid vertex protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8gmo__assembly_1__model_1

8gmo__assembly_1__model_1 | I(q)

8gmo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)