8gqe

Crystal structure of the W285A mutant of UVR8 in complex with RUP2

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 86.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gqe
沉积日期 deposition_date	2022-08-30
结构标题 title	Crystal structure of the W285A mutant of UVR8 in complex with RUP2
关键词 keywords	SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.39 Å
零角强度 I(0) i0	110233000.00
分子量 molecular_weight	79243.0 kDa
排除体积 excluded_volume	97674 Å³
包络体积 envelope_volume	114230 Å³
水化壳体积 shell_volume	35348 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.4 Å
壳层 Rg shell_rg	34.51 Å
包络 Rg envelope_rg	26.55 Å
形状 Rg shape_rg	26.37 Å
总 Rg total_rg	27.22 Å
总原子数 total_atoms	5578
残基数 n_residues	734
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.4 Å
Rg (实空间) rg_real	26.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1020e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4030e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	110200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7090
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.341
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.327
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	36190000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.882; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.199; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.973

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	WD repeat-containing protein RUP2
分子量 formula_weight	40236.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6064

MARYEWDLSLSTVVSSSSSSASDVIGAIEFDPTDNIVATAGISRKIRFYGLPSLLRNNAVSGTGVSFVDQATACEYYICTPAKLSSLRWRPGSGGRVIGSGDYDGVVMEYDLEKRTPVFERDEHGGRRVWSVDYTRHGGASTVGASGSDDGTMQVWDPRCPPEESVGVVRPAGICRSAVCCVEFDPSGGPAVAVGCADRKGYVYDIRKLVDPALTLQGHTKTVSYVRFLDGGTVVTAGTDGCLKLWSVEDGRVIRTYEGHVNNRNFVGLSVWRNGALFGCGSENNRVFVYDRRWGKPVWVDGFEPVGMNSGSDKRFVSSVCWRQSGVDQCTLVAGGSDGVLQVYVGKRLEDYKDHDGDYKDHDIDYKDD

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Ultraviolet-B receptor UVR8
分子量 formula_weight	47269.2 kDa
突变 mutation	W285A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAPPRKVLIISAGASHSVALLSGDIVCSWGRGEDGQLGHGDAEDRPSPTQLSALDGHQIVSVTCGADHTVAYSQSGMEVYSWGWGDFGRLGHGNSSDLFTPLPIKALHGIRIKQIACGDSHCLAVTMEGEVQSWGRNQNGQLGLGDTEDSLVPQKIQAFEGIRIKMVAAGAEHTAAVTEDGDLYGWGWGRYGNLGLGDRTDRLVPERVTSTGGEKMSMVACGWRHTISVSYSGALYTYGWSKYGQLGHGDLEDHLIPHKLEALSNSFISQISGGARHTMALTSDGKLYGWGWNKFGQVGVGNNLDQCSPVQVRFPDDQKVVQVSCGWRHTLAVTERNNVFAWGRGTNGQLGIGESVDRNFPKIIEALSVDGASGQHIESSNIDPSSGKSWVSPAERYAVVPDETGLTDGSSLESAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	450

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8gqeB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	173.393 Å
晶胞边长 b length_b	173.393 Å
晶胞边长 c length_c	76.737 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 4
空间群编号 int_tables_number	79
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	34.010 Å
R 因子 r_factor	0.1747
R_work r_work	0.1733
R_free r_free	0.2003

fit	/app/data/saxs_computation/gq/8gqe/8gqe.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gq/8gqe/8gqe.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gq/8gqe/8gqe.dat

Crystal structure of the W285A mutant of UVR8 in complex with RUP2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)