SAXSdb — 8gra

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type VI secretion system spike protein Paar

Bacteroides fragilis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Bacterodales T6SS protein TssD (Hcp) × 6 （A0A081TQ32） Type VI secretion system spike protein VgrG × 3 （A0A3E5IG38）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A3E5IG32_BACFG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–222； UniProt 1–222 作者链 J1； PDB构建体 1–222； UniProt 1–222 作者链 J2； PDB构建体 1–222； UniProt 1–222

Bacterodales T6SS protein TssD (Hcp)

Bacteroides fragilis

UniProt A0A081TQ32

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Type VI secretion system spike protein Paar × 3 （A0A3E5IG32） Type VI secretion system spike protein VgrG × 3 （A0A3E5IG38）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A081TQ32_BACFG
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–129； UniProt 1–129 作者链 B； PDB构建体 1–129； UniProt 1–129 作者链 C； PDB构建体 1–129； UniProt 1–129 作者链 D； PDB构建体 1–129； UniProt 1–129 作者链 E； PDB构建体 1–129； UniProt 1–129 作者链 F； PDB构建体 1–129； UniProt 1–129

Type VI secretion system spike protein VgrG

Bacteroides fragilis

UniProt A0A3E5IG38

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Type VI secretion system spike protein Paar × 3 （A0A3E5IG32） Bacterodales T6SS protein TssD (Hcp) × 6 （A0A081TQ32）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A3E5IG38_BACFG
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–616； UniProt 1–616 作者链 H； PDB构建体 1–616； UniProt 1–616 作者链 I； PDB构建体 1–616； UniProt 1–616

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gra
沉积日期 deposition_date	2022-09-01
结构标题 title	Structure of Type VI secretion system cargo delivery vehicle Hcp-VgrG-PAAR
关键词 keywords	Type VI Secretion System, VgrG, Hcp5, PAAR, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8gra__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8gra__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8gra__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	57.29 Å
Rg（电子密度）	58.52 Å
总 Rg	58.56 Å
原子数	20306
残基数	2613
排除体积	359020 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8gra__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Type VI secretion system spike protein Paar
分子量 formula_weight	23725.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,J1,J2
原子数 atom_count	20306

MKQIVTINLNHICPMVTGVTPHIGGPIIGPGCPGVMVNGVPISVMGDMCVCCGPPDTIVQGEPGILVNGKPIVLQGCMTAHGGIIPAGVPGVTVSSASPIEPITMNHVSPKRNRFLAAISGNNLQEAIENQNALQKKMLEEEPMIFNVHWEKEDIHIAESHINKKVTVNADTIGFKDGETVKFVITPEAIDTANGEQVEDIELTGTVNNNHVTVEWIVELKK

来源 Source

来源生物 organism	Bacteroides fragilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	817
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Bacterodales T6SS protein TssD (Hcp)
分子量 formula_weight	14505.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A,F,E,D,C

MAFRATLSFAGKEFDVLDCTYSLKRDVDSKGRPSSNIYGGQIRLHVESTDDTSILENMTNQFKPHSGSIVFKKGDEEAKMKELTWENGYITEFTENIDIVGSQPMTITFVVSAQVIKIGGAQFEQNWPK

来源 Source

来源生物 organism	Bacteroides fragilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	817
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Type VI secretion system spike protein VgrG
分子量 formula_weight	67969.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,H,G

MASTNLDAVSVEIKVAGKVCDYVTMELFQSVSTHHRFKIKVNYRPDKPSVWAIGPDVIFKQLGEKVSIIMTHHESGEKTEFHGLISDIHVEGFDGNQGFVILEGGSPTILLDRDPAMDCYVEQNLNTIVSDILDKSGVKMNVTNNPKHTDIIPYVARYKETSYGFLSRLLRSYGEWFYYNGETLQIGDPEIDTESRAGYDVDLTGVSINATIRSLNHSTYEFDPVNDKFYYDYSGTPKGATLGSRSAEKCSEPIFPTEAKLPSIRPAYSAMDLEHYGDAGFHRNYSQLSQIKASSRYCGIRLGELVVTRVPESFPGVKITDLGRYRITEITHTVNYKGQYSNTFCGVPGGTPIMPWGDAVMPVAYPEMARVVSNDDPKNQGRVKVQFMWQEVDGGESYWMRVQSPDAGKSEQVAKNRGFVFIPEPGDLVMVGFEQGNPDRPYVTGSLFYKANSEGAATDNTVKSMRTRSGHTLEFKDDEGGDWGITLRDINGNVIHLNSKDKNIDITAPETITLTAKNVCINTEENVQITAKKNIDMTVEADINSSAKGNLLLQADKDVLTAAKGNVGIEAKSDINMVGKNIAVEGNSKITLNGGQTQVAGQQTTIQGAANKIEIM

来源 Source

来源生物 organism	Bacteroides fragilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	817
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	354265

Structure of Type VI secretion system cargo delivery vehicle Hcp-VgrG-PAAR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type VI secretion system spike protein Paar

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Bacterodales T6SS protein TssD (Hcp)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Type VI secretion system spike protein VgrG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8gra__assembly_1__model_1

8gra__assembly_1__model_1 | I(q)

8gra__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Structure of Type VI secretion system cargo delivery vehicle Hcp-VgrG-PAAR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type VI secretion system spike protein Paar

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Bacterodales T6SS protein TssD (Hcp)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Type VI secretion system spike protein VgrG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8gra__assembly_1__model_1

8gra__assembly_1__model_1 | I(q)

8gra__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)