SAXSdb — 8gre

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Citrate synthase

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–460 链 B； UniProt 1–460	未记录	F-box protein UCC1 × 1 E3 ubiquitin ligase complex SCF subunit × 1 （A0A6A5Q435） GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；200 mM Na acetate, 100 mM Na citrate pH 5.5, 10% (w/v) PEG 4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8GRE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8GR8 Crystal structure of peroxisomal citrate synthase (Cit2) from Saccharomycescerevisiae 提交 2022-09-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–460（460 aa）链 B 1–460（460 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 6 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；90 mM KCl, 90 mM HEPES pH 7.5, 13.5% (w/v) PEG 6000	分辨率 2.39 Å R-free 0.228
8GR9 Crystal structure of peroxisomal citrate synthase (Cit2) from Saccharomyces cerevisiae in complex with oxaloacetate and coenzyme-A 提交 2022-09-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–460（460 aa）链 B 1–460（460 aa）	未记录	COA COENZYME A × 1 GOL GLYCEROL × 3 K POTASSIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3 OAA OXALOACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；80 mM KCl, 80 mM HEPES pH 7.5, 12% (w/v) PEG 6000	分辨率 1.48 Å R-free 0.198
8GRF Crystal structure of F-box protein in the ternary complex with adaptor protein Skp1(DL) and its substrate 提交 2022-09-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–460（460 aa）链 B 1–460（460 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；70 mM Na citrate pH 5.5, 10.5% (w/v) PEG 6000	分辨率 2.53 Å R-free 0.248

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A6A5Q445_YEASX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–460； UniProt 1–460 作者链 B； PDB构建体 1–460； UniProt 1–460

E3 ubiquitin ligase complex SCF subunit

Saccharomyces cerevisiae

UniProt A0A6A5Q435

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–194	未记录	Citrate synthase × 2 （A0A6A5Q445） F-box protein UCC1 × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；200 mM Na acetate, 100 mM Na citrate pH 5.5, 10% (w/v) PEG 4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8GRE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7PMK S. cerevisiae replisome-SCF(Dia2) complex bound to double-stranded DNA (conformation I) 提交 2021-09-02	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 K 1–194（194 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual plunger	分辨率 3.20 Å
8GRF Crystal structure of F-box protein in the ternary complex with adaptor protein Skp1(DL) and its substrate 提交 2022-09-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–194（194 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；70 mM Na citrate pH 5.5, 10.5% (w/v) PEG 6000	分辨率 2.53 Å R-free 0.248

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A6A5Q435_YEASX
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–194； UniProt 1–194

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gre
沉积日期 deposition_date	2022-09-01
结构标题 title	F-box protein in complex with skp1(FL) and substrate
关键词 keywords	F-box protein, glyoxylate cycle, E3 ubiquitin ligase, LIGASE, TRANSFERASE-LIGASE complex; TRANSFERASE/LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.85 Å
零角强度 I(0) i0	319590000.00
分子量 molecular_weight	148650.0 kDa
排除体积 excluded_volume	187740 Å³
包络体积 envelope_volume	238630 Å³
水化壳体积 shell_volume	55943 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.0 Å
壳层 Rg shell_rg	42.30 Å
包络 Rg envelope_rg	34.82 Å
形状 Rg shape_rg	34.83 Å
总 Rg total_rg	35.43 Å
总原子数 total_atoms	10505
残基数 n_residues	1308
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.8 Å
Rg (实空间) rg_real	35.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1960e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8170e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	319600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8950
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	41.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.274
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.452
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	76440000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.921

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Citrate synthase
分子量 formula_weight	51476.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10749

MTVPYLNSNRNVASYLQSNSSQEKTLKERFSEIYPIHAQDVRQFVKEHGKTKISDVLLEQVYGGMRGIPGSVWEGSVLDPEDGIRFRGRTIADIQKDLPKAKGSSQPLPEALFWLLLTGEVPTQAQVENLSADLMSRSELPSHVVQLLDNLPKDLHPMAQFSIAVTALESESKFAKAYAQGISKQDYWSYTFEDSLDLLGKLPVIAAKIYRNVFKDGKMGEVDPNADYAKNLVNLIGSKDEDFVDLMRLYLTIHSDHEGGNVSAHTSHLVGSALSSPYLSLASGLNGLAGPLHGRANQEVLEWLFALKEEVNDDYSKDTIEKYLWDTLNSGRVIPGYGHAVLRKTDPRYMAQRKFAMDHFPDYELFKLVSSIYEVAPGVLTEHGKTKNPWPNVDAHSGVLLQYYGLKESSFYTVLFGVSRAFGILAQLITDRAIGASIERPKSYSTEKYKELVKNIESKL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	F-box protein UCC1
分子量 formula_weight	42828.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MNQSDSSLMDLPLEIHLSLLEYVPNELRAVNKYFYVLHNHSYKEKSLAWIAEDNYIWAVVKHSLCLYVKSLDPLRQHAREIIQETKEPGFNVPLCMTKYIADSWYIVYNALQYPGKIINMGWDKYTKSQDLNGSDSTSNFNSRPKERTLMQSLTALPVNFWSRKKDEPTPVNVWFYVKNAHVARYIPKIITEIGICNYGPKQIVASAGYINELITSEGIYCVNLGHLPRLYDEQIFEGTGTTHLPLELKAIDRTDSDVCINSDLVLLGYDFIPYQISKPWLLFRIEPVNSIEAIFNYSECSFSYQFAWSLACLQSEEKISFPRDTIIGHGLPYKPSKLIRIFVYKHPEQKQDLGQEIALPNWNTPYLRR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	E3 ubiquitin ligase complex SCF subunit
分子量 formula_weight	22357.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MVTSNVVLVSGEGERFTVDKKIAERSLLLKNYLNDMHDSNLQNNSDSESDSDSETNHKSKDNNNGDDDDEDDDEIVMPVPNVRSSVLQKVIEWAEHHRDSNFPDEDDDDSRKSAPVDSWDREFLKVDQEMLYEIILAANYLNIKPLLDAGCKVVAEMIRGRSPEEIRRTFNIVNDFTPEEEAAIRRENEWAEDR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	244

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	77.589 Å
晶胞边长 b length_b	150.942 Å
晶胞边长 c length_c	160.286 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	37.710 Å
R 因子 r_factor	0.2071
R_work r_work	0.2065
R_free r_free	0.2323

fit	/app/data/saxs_computation/gr/8gre/8gre.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gr/8gre/8gre.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gr/8gre/8gre.dat

F-box protein in complex with skp1(FL) and substrate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Citrate synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

E3 ubiquitin ligase complex SCF subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)