8gtx

Crystal Structure of human Spindlin1-HBx complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 59.6 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spindlin-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 50–262	未记录	HBx × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；16%(w/v) PEG 8000, 0.04M Potassium phosphate dibasic, 20% (v/v) Glycerol	分辨率 1.80 Å R-free 0.197

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8GTX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2NS2 Crystal Structure of Spindlin1 提交 2006-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–262（237 aa）片段：residues 1-237 (26-262) 链 B 26–262（237 aa）片段：residues 1-237 (26-262)	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；288 K；Ammonium Sulfate, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.20 Å R-free 0.260
4H75 Crystal structure of human Spindlin1 in complex with a histone H3K4(me3) peptide 提交 2012-09-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–262（236 aa）片段：UNP residues 27-262	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 3 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；289 K；0.1 M CHES, pH 9.5, 2.1 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.10 Å R-free 0.218
4MZF Crystal structure of human Spindlin1 bound to histone H3(K4me3-R8me2a) peptide 提交 2013-09-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 50–262（213 aa）片段：UNP residues 50-262	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；20% PEG 8000, 20% PEG 400, 0.1M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K	分辨率 2.10 Å R-free 0.255
4MZG Crystal structure of human Spindlin1 bound to histone H3K4me3 peptide 提交 2013-09-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 50–262（213 aa）片段：UNP residues 50-262	未记录	MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；37.5% MPD_P1K_P3350, 0.1M bicine/Trizma, pH 8.5, 0.06M MgCl2/CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K	分辨率 1.70 Å R-free 0.207
4MZG Crystal structure of human Spindlin1 bound to histone H3K4me3 peptide 提交 2013-09-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 50–262（213 aa）片段：UNP residues 50-262	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；37.5% MPD_P1K_P3350, 0.1M bicine/Trizma, pH 8.5, 0.06M MgCl2/CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K	分辨率 1.70 Å R-free 0.207
4MZH Crystal structure of human Spindlin1 bound to histone H3(K4me3-R8me2s) peptide 提交 2013-09-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 50–262（213 aa）片段：UNP residues 50-262	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；20% PEG 8000, 20% PEG 400, 0.1M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K	分辨率 2.20 Å R-free 0.247
5JSG Crystal structure of Spindlin1 bound to compound EML405 提交 2016-05-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 50–262（213 aa）片段：Spin/Ssty Repeats, UNP residues 50-262	未记录	6P9 [2-(phenylamino)-1,4-phenylene]bis({4-[2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl]piperidin-1-yl}methanone) × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M MgCl2, 0.1M HepesNa, 20% PEG 10000	分辨率 2.50 Å R-free 0.245
5JSG Crystal structure of Spindlin1 bound to compound EML405 提交 2016-05-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 50–262（213 aa）片段：Spin/Ssty Repeats, UNP residues 50-262	未记录	6P9 [2-(phenylamino)-1,4-phenylene]bis({4-[2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl]piperidin-1-yl}methanone) × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M MgCl2, 0.1M HepesNa, 20% PEG 10000	分辨率 2.50 Å R-free 0.245
5JSJ Crystal structure of Spindlin1 bound to compound EML631 提交 2016-05-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 50–262（213 aa）片段：Spin/Ssty Repeats, UNP residues 50-262	未记录	6PD [4-(2-pyrrolidin-1-ylethyl)piperidin-1-yl]-[4-[4-(2-pyrrolidin-1-ylethyl)piperidin-1-yl]carbonyl-3-[[4-(pyrrolidin-1-ylmethoxy)phenyl]amino]phenyl]methanone × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M MgCl2, 0.1M HepesNa, 25% PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.249
5JSJ Crystal structure of Spindlin1 bound to compound EML631 提交 2016-05-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 50–262（213 aa）片段：Spin/Ssty Repeats, UNP residues 50-262	未记录	6PD [4-(2-pyrrolidin-1-ylethyl)piperidin-1-yl]-[4-[4-(2-pyrrolidin-1-ylethyl)piperidin-1-yl]carbonyl-3-[[4-(pyrrolidin-1-ylmethoxy)phenyl]amino]phenyl]methanone × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M MgCl2, 0.1M HepesNa, 25% PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.249
5Y5W Crystal structure of human Spindlin1 in complex with a histone H4K20(me3) peptide 提交 2017-08-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 51–262（212 aa）片段：UNP residues 51-262	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；1.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris	分辨率 3.30 Å R-free 0.308
5Y5W Crystal structure of human Spindlin1 in complex with a histone H4K20(me3) peptide 提交 2017-08-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 51–262（212 aa）片段：UNP residues 51-262	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；1.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris	分辨率 3.30 Å R-free 0.308
5Y5W Crystal structure of human Spindlin1 in complex with a histone H4K20(me3) peptide 提交 2017-08-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 51–262（212 aa）片段：UNP residues 51-262	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；1.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris	分辨率 3.30 Å R-free 0.308
5Y5W Crystal structure of human Spindlin1 in complex with a histone H4K20(me3) peptide 提交 2017-08-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 51–262（212 aa）片段：UNP residues 51-262	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；1.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris	分辨率 3.30 Å R-free 0.308
6I8B Crystal structure of Spindlin1 in complex with the inhibitor VinSpinIn 提交 2018-11-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 49–262（214 aa）	未记录	H7T 2-[4-[2-[[2-[3-[2-azanyl-5-(cyclopropylmethoxy)-3,3-dimethyl-indol-6-yl]oxypropyl]-1,3-dihydroisoindol-5-yl]oxy]ethyl]-1,2,3-triazol-1-yl]-1-[4-(2-pyrrolidin-1-ylethyl)piperidin-1-yl]ethanone × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 GLY GLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；55% MPD and 0.1 M SPG buffer pH 5.5	分辨率 1.76 Å R-free 0.254
6I8B Crystal structure of Spindlin1 in complex with the inhibitor VinSpinIn 提交 2018-11-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 49–262（214 aa）	未记录	H7T 2-[4-[2-[[2-[3-[2-azanyl-5-(cyclopropylmethoxy)-3,3-dimethyl-indol-6-yl]oxypropyl]-1,3-dihydroisoindol-5-yl]oxy]ethyl]-1,2,3-triazol-1-yl]-1-[4-(2-pyrrolidin-1-ylethyl)piperidin-1-yl]ethanone × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 GLY GLYCINE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；55% MPD and 0.1 M SPG buffer pH 5.5	分辨率 1.76 Å R-free 0.254
6I8L Crystal structure of Spindlin1 in complex with the inhibitor TD001851a 提交 2018-11-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 49–262（214 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 H7Q 5'-(cyclopropylmethoxy)-6'-[3-(1,3-dihydroisoindol-2-yl)propoxy]spiro[cyclopentane-1,3'-indole]-2'-amine × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；55% MPD and 0.1 M SPG buffer	分辨率 1.58 Å R-free 0.207
6I8Y Crystal structure of Spindlin1 in complex with the Methyltransferase inhibitor A366 提交 2018-11-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 49–262（214 aa）	未记录	2OD 5'-methoxy-6'-[3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy]spiro[cyclobutane-1,3'-indol]-2'-amine × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris pH=6.5,0.2M CaCl2, 45% MPD	分辨率 1.52 Å R-free 0.205
6QPL Crystal structure of Spindlin1 in complex with the inhibitor MS31 提交 2019-02-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 49–262（214 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 JC5 [3-(aminomethyl)-5-[3-(1,3-dihydroisoindol-2-yl)propoxy]-4-methoxy-phenyl]methanamine × 1 GLY GLYCINE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；60% MPD and 0.1 M SPG buffer pH 6.0	分辨率 1.60 Å R-free 0.208
7BQZ Crystal Structure of Spindlin1 bound to H3(K4me3-K9me3) peptide 提交 2020-03-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 45–262（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；2.8M sodium acetate, pH7.0	分辨率 3.10 Å R-free 0.264
7BQZ Crystal Structure of Spindlin1 bound to H3(K4me3-K9me3) peptide 提交 2020-03-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 45–262（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；2.8M sodium acetate, pH7.0	分辨率 3.10 Å R-free 0.264
7BQZ Crystal Structure of Spindlin1 bound to H3(K4me3-K9me3) peptide 提交 2020-03-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 45–262（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；2.8M sodium acetate, pH7.0	分辨率 3.10 Å R-free 0.264
7BQZ Crystal Structure of Spindlin1 bound to H3(K4me3-K9me3) peptide 提交 2020-03-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 45–262（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；2.8M sodium acetate, pH7.0	分辨率 3.10 Å R-free 0.264
7BU9 Crystal Structure of Spindlin1-H3(K4me3-K9me2) complex 提交 2020-04-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 45–262（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；3.6M sodium formate, 3% DMSO	分辨率 3.50 Å R-free 0.264
7BU9 Crystal Structure of Spindlin1-H3(K4me3-K9me2) complex 提交 2020-04-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 45–262（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；3.6M sodium formate, 3% DMSO	分辨率 3.50 Å R-free 0.264
7BU9 Crystal Structure of Spindlin1-H3(K4me3-K9me2) complex 提交 2020-04-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 45–262（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；3.6M sodium formate, 3% DMSO	分辨率 3.50 Å R-free 0.264
7BU9 Crystal Structure of Spindlin1-H3(K4me3-K9me2) complex 提交 2020-04-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 45–262（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；3.6M sodium formate, 3% DMSO	分辨率 3.50 Å R-free 0.264
7CNA Crystal structure of Spindlin1/C11orf84 complex bound to histone H3K4me3K9me3 peptide 提交 2020-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 51–262（212 aa）链 D 51–262（212 aa）	未记录	BEN BENZAMIDINE × 6 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 35% PEG3350, 5% glycerol, 2% Benzamidine hydrochloride	分辨率 1.60 Å R-free 0.201
7E9M Crystal Structure of Spindlin1 bound to SPINDOC Docpep3 提交 2021-03-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–262（262 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；291 K；0.2M magnesium acetate, 0.1M Sodium cacodylate pH 6.5, 20% PEG 8000	分辨率 2.50 Å R-free 0.253
7E9M Crystal Structure of Spindlin1 bound to SPINDOC Docpep3 提交 2021-03-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–262（262 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；291 K；0.2M magnesium acetate, 0.1M Sodium cacodylate pH 6.5, 20% PEG 8000	分辨率 2.50 Å R-free 0.253
7EA1 Crystal Structure of Spindlin1 bound to SPINDOC Docpep2 提交 2021-03-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 50–262（213 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；291 K；0.1M Sodium chloride, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 1.5M Ammonium sulfate	分辨率 2.70 Å R-free 0.286
7EA1 Crystal Structure of Spindlin1 bound to SPINDOC Docpep2 提交 2021-03-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 50–262（213 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；291 K；0.1M Sodium chloride, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 1.5M Ammonium sulfate	分辨率 2.70 Å R-free 0.286
7OCB Crystal structure of Spindlin1 in complex with the inhibitor XY49-92B 提交 2021-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 49–262（214 aa）	未记录	V88 7-[3-(1,3-dihydroisoindol-2-yl)propoxy]-2N-[2-(dimethylamino)ethyl]-6-methoxy-4N-(1-propan-2-ylpiperidin-4-yl)quinazoline-2,4-diamine × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 GLY GLYCINE × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；55-60 % MPD and 0.1 M SPG buffer pH 5.5-6.0	分辨率 1.42 Å R-free 0.206
9T2Z Spindlin 1 with crystallization epitope mutations H127D:L128D:T131R 提交 2025-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 49–262（214 aa）	突变：H127D:L128D:T131R	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.2M ammonium sulfate 25% PEG3350 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 1.87 Å R-free 0.288

共 19 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPIN1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–218； UniProt 50–262

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gtx
沉积日期 deposition_date	2022-09-09
结构标题 title	Crystal Structure of human Spindlin1-HBx complex
关键词 keywords	Tudor domain, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.24 Å
零角强度 I(0) i0	11476400.00
分子量 molecular_weight	25312.0 kDa
排除体积 excluded_volume	31755 Å³
包络体积 envelope_volume	37968 Å³
水化壳体积 shell_volume	17550 Å³
包络直径 envelope_diameter	59.9 Å
壳层 Rg shell_rg	24.37 Å
包络 Rg envelope_rg	18.58 Å
形状 Rg shape_rg	18.20 Å
总 Rg total_rg	19.35 Å
总原子数 total_atoms	1777
残基数 n_residues	220
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.6 Å
Rg (实空间) rg_real	19.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1480e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2130e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11480000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9112
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	58.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.074
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.604
角度范围 angular_range	— – 0.4050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2799000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.949; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Spindlin-1
分子量 formula_weight	24817.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2085

GPLGSRRNIVGCRIQHGWKEGNGPVTQWKGTVLDQVPVNPSLYLIKYDGFDCVYGLELNKDERVSALEVLPDRVATSRISDAHLADTMIGKAVEHMFETEDGSKDEWRGMVLARAPVMNTWFYITYEKDPVLYMYQLLDDYKEGDLRIMPDSNDSPPAEREPGEVVDSLVGKQVEYAKEDGSKRTGMVIHQVEAKPSVYFIKFDDDFHIYVYDLVKTS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HBx
分子量 formula_weight	2248.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

AARMCCKLDPARDVLCLRPI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	302

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	47.788 Å
晶胞边长 b length_b	67.096 Å
晶胞边长 c length_c	93.695 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	46.850 Å
R 因子 r_factor	0.1647
R_work r_work	0.1631
R_free r_free	0.1967

fit	/app/data/saxs_computation/gt/8gtx/8gtx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gt/8gtx/8gtx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gt/8gtx/8gtx.dat

Crystal Structure of human Spindlin1-HBx complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spindlin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)