8gvb

The complex between public TCR TD08 and HLA-A24 bound to HIV-1 Nef138-8 peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 130.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC class I antigen

Homo sapiens

UniProt F6IQZ4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 25–298 未记录 TD08 TCR alpha chain × 1 TD08 TCR beta chain × 1 Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) 8-mer peptide from Protein Nef × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;0.06 M divalent ions (MgCl2, CaCl2), 0.1 M Tris (pH 8.5), 0.1 M Bicine (pH 8.5) 分辨率 3.20 Å R-free 0.321

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 F6IQZ4_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 2–275; UniProt 25–298

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 21–119 未记录 TD08 TCR alpha chain × 1 TD08 TCR beta chain × 1 MHC class I antigen × 1 (F6IQZ4) 8-mer peptide from Protein Nef × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;0.06 M divalent ions (MgCl2, CaCl2), 0.1 M Tris (pH 8.5), 0.1 M Bicine (pH 8.5) 分辨率 3.20 Å R-free 0.321

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1998 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 2–100; UniProt 21–119

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8gvb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8gvb
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8gvb
沉积日期 deposition_date2022-09-14
结构标题 titleThe complex between public TCR TD08 and HLA-A24 bound to HIV-1 Nef138-8 peptide
关键词 keywordsComplex structure, Public TCRs, T cell immunity, Nef138-8 epitope, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.82
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.98
零角强度 I(0) i0138094000.00
分子量 molecular_weight91521.0 kDa
排除体积 excluded_volume113160 ų
包络体积 envelope_volume155100 ų
水化壳体积 shell_volume38200 ų
包络直径 envelope_diameter138.3
壳层 Rg shell_rg38.85
包络 Rg envelope_rg37.41
形状 Rg shape_rg36.95
总 Rg total_rg37.19
总原子数 total_atoms6462
残基数 n_residues798
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax130.8
Rg (实空间) rg_real37.39
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.38
I(0) (实空间) i0_real1.3810e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6610e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.03
I(0) (倒空间) i0_reciprocal138000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7726
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.5
偏度 Skewness skewness0.690
峰度 Kurtosis kurtosis-0.031
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha21000000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.628; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.524; Smooth: 0.633

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id8gvbA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8gvbH01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id8gvbH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)