SAXSdb — 8gz7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-hemolysin component B

Staphylococcus aureus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Gamma-hemolysin component A × 4 （P0A074）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HLGB_STAAU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–271； UniProt 41–325 作者链 C； PDB构建体 1–271； UniProt 41–325 作者链 E； PDB构建体 1–271； UniProt 41–325 作者链 G； PDB构建体 1–271； UniProt 41–325

Gamma-hemolysin component A

Staphylococcus aureus

UniProt P0A074

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Gamma-hemolysin component B × 4 （P0A077）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HLGA_STAAU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–265； UniProt 32–309 作者链 D； PDB构建体 1–265； UniProt 32–309 作者链 F； PDB构建体 1–265； UniProt 32–309 作者链 H； PDB构建体 1–265； UniProt 32–309

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gz7
沉积日期 deposition_date	2022-09-26
结构标题 title	Octahedral supramolecular assembly of the bicomponent gamma-hemolysin octameric pore complexes from Staphylococcus aureus Newman.
关键词 keywords	Super assembly, Pore-forming toxin, cryo-EM, lipid membrane, S. aureus, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8gz7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8gz7__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8gz7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.36 Å
Rg（电子密度）	41.58 Å
总 Rg	42.04 Å
原子数	17468
残基数	2136
排除体积	309150 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8gz7__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Gamma-hemolysin component B
分子量 formula_weight	31305.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	17474

KVTLYKTTATADSDKFKISQILTFNFIKDKSYDKDTLVLKATGNINSGFVKPNPNDYDFSKLYWGAKYNVSISSQSNDSVNVVDYAPKNQNEEFQVQNTLGYTFGGNTAFSETINYKQESYRTTLSRNTNYKNVGWGVEAHKIMNNGWGPYGRDSFHPTYGNELFLAGRQSSAYAGQNFIAQHQMPLLSRSNFNPEFLSVLSHRQDGAKKSKITVTYQREMDLYQIRWNGFYWAGANYKNFKTRTFKSTYEIDWENHKVKLLDTKETENNK

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Gamma-hemolysin component A
分子量 formula_weight	30563.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

KIEDIGQGAEIIKRTQDITSKRLAITQNIQFDFVKDKKYNKDALVVKMQGFISSRTTYSDLKKYPYIKRMIWPFQYNISLKTKDSNVDLINYLPKNKIDSADVSQKLGYNIGSFNYSKTISYNQKNYVTEVESQNSKGVKWGVKANSFVTPNGQVSAYDQYLFAQDPTGPAARDYFVPDNQLPPLIQSGFNPSFITTLSHERGKGDKSEFEITYGRNMDATYAYVTRHRLAVDRKHDAFKNRNVTVKYEVNWKTHEVKIKSITPK

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	8gz7B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	240 — Leukocidin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leukocidin/porin MspA

结构域编号 domain_id	8gz7D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	240 — Leukocidin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leukocidin/porin MspA

结构域编号 domain_id	8gz7F01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	240 — Leukocidin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leukocidin/porin MspA

结构域编号 domain_id	8gz7H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	240 — Leukocidin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leukocidin/porin MspA

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	11634

Octahedral supramolecular assembly of the bicomponent gamma-hemolysin octameric pore complexes from Staphylococcus aureus Newman.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-hemolysin component B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Gamma-hemolysin component A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8gz7__assembly_1__model_1

8gz7__assembly_1__model_1 | I(q)

8gz7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Octahedral supramolecular assembly of the bicomponent gamma-hemolysin octameric pore complexes from Staphylococcus aureus Newman.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-hemolysin component B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Gamma-hemolysin component A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8gz7__assembly_1__model_1

8gz7__assembly_1__model_1 | I(q)

8gz7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)