SAXSdb — 8h63

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Internalin A

Listeria monocytogenes serovar 1/2a

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 36–496	未记录	VHH10 × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.085 M HEPES sodium pH 7.0; 8.5% Isopropanol; 20% PEG 4,000	分辨率 1.53 Å R-free 0.190

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8H63	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8H62 Crystal structure of Internalin A from Listeria monocytogenes with human E-cadherin EC12 提交 2022-10-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–496（461 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M Ammonium acetate 45% MPD	分辨率 1.91 Å R-free 0.210
8H64 Crystal structure of Internalin A from Listeria monocytogenes with nanobody VHH24 bound 提交 2022-10-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–496（461 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M Amonium citrate tribasic pH 7.0; 14% PEG 4,000	分辨率 2.35 Å R-free 0.227
8H64 Crystal structure of Internalin A from Listeria monocytogenes with nanobody VHH24 bound 提交 2022-10-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 36–496（461 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M Amonium citrate tribasic pH 7.0; 14% PEG 4,000	分辨率 2.35 Å R-free 0.227
8H64 Crystal structure of Internalin A from Listeria monocytogenes with nanobody VHH24 bound 提交 2022-10-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 36–496（461 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M Amonium citrate tribasic pH 7.0; 14% PEG 4,000	分辨率 2.35 Å R-free 0.227
8H64 Crystal structure of Internalin A from Listeria monocytogenes with nanobody VHH24 bound 提交 2022-10-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 36–496（461 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M Amonium citrate tribasic pH 7.0; 14% PEG 4,000	分辨率 2.35 Å R-free 0.227

共 2 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	INLA_LISMO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–462； UniProt 36–496

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8h63
沉积日期 deposition_date	2022-10-15
结构标题 title	Crystal structure of Internalin A from Listeria monocytogenes with nanobody VHH10 bound
关键词 keywords	;Internalin A Cadherin Bacterial invasion nanobody Surface plasmon resonance Isothermal titration calorimetry, CELL INVASION, CELL INVASION-IMMUNE SYSTEM complex ;; CELL INVASION/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.70 Å
零角强度 I(0) i0	63119000.00
分子量 molecular_weight	62765.0 kDa
排除体积 excluded_volume	78748 Å³
包络体积 envelope_volume	96552 Å³
水化壳体积 shell_volume	29264 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.2 Å
壳层 Rg shell_rg	34.38 Å
包络 Rg envelope_rg	28.77 Å
形状 Rg shape_rg	28.69 Å
总 Rg total_rg	29.25 Å
总原子数 total_atoms	4410
残基数 n_residues	581
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.3 Å
Rg (实空间) rg_real	29.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.00 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3120e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.7020e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	63120000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8482
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.482
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.105
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.776; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.811; Smooth: 0.883

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Internalin A
分子量 formula_weight	49914.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5311

SATITQDTPINQIFTDTALAEKMKTVLGKTNVTDTVSQTDLDQVTTLQADRLGIKSIDGVEYLNNLTQINFSNNQLTDITPLKNLTKLVDILMNNNQIADITPLANLTNLTGLTLFNNQITDIDPLKNLTNLNRLELSSNTISDISALSGLTSLQQLSFGNQVTDLKPLANLTTLERLDISSNKVSDISVLAKLTNLESLIATNNQISDITPLGILTNLDELSLNGNQLKDIGTLASLTNLTDLDLANNQISNLAPLSGLTKLTELKLGANQISNISPLAGLTALTNLELNENQLEDISPISNLKNLTYLTLYFNNISDISPVSSLTKLQRLFFYNNKVSDVSSLANLTNINWLSAGHNQISDLTPLANLTRITQLGLNDQAWTNAPVNYKANVSIPNTVKNVTGALIAPATISDGGSYTEPDITWNLPSYTNEVSYTFSQPVTIGKGTTTFSGTVTQPLKA

来源 Source

来源生物 organism	Listeria monocytogenes serovar 1/2a
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	169963
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	VHH10
分子量 formula_weight	12732.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ELQLVESGGGLVQAGGSLTVSCAASGSAFSVNVMGWSRQAPGKERELVAGITRRGNTYYADTVKGRFTISRDNAKNTLYLQMNSLKPEDTAMYYCAALADIATMGPNDYWGQGTQVTVSG

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ISOPROPYL ALCOHOL
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	763

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	151.581 Å
晶胞边长 b length_b	52.420 Å
晶胞边长 c length_c	103.060 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	128.65 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.530 Å
最低分辨率 resolution_low	31.550 Å
R 因子 r_factor	0.1617
R_work r_work	0.1610
R_free r_free	0.1902

fit	/app/data/saxs_computation/h6/8h63/8h63.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h6/8h63/8h63.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h6/8h63/8h63.dat

Crystal structure of Internalin A from Listeria monocytogenes with nanobody VHH10 bound

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Internalin A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)