8hcj

Structure of GH43 family enzyme, Xylan 1, 4 Beta- xylosidase from pseudopedobacter saltans

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 175.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hcj
沉积日期 deposition_date	2022-11-01
结构标题 title	Structure of GH43 family enzyme, Xylan 1, 4 Beta- xylosidase from pseudopedobacter saltans
关键词 keywords	GH43 family, Xylan, Xylosidase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.68 Å
零角强度 I(0) i0	2070780000.00
分子量 molecular_weight	388630.0 kDa
排除体积 excluded_volume	487810 Å³
包络体积 envelope_volume	647190 Å³
水化壳体积 shell_volume	100540 Å³
包络直径 envelope_diameter	186.1 Å
壳层 Rg shell_rg	57.31 Å
包络 Rg envelope_rg	51.46 Å
形状 Rg shape_rg	52.67 Å
总 Rg total_rg	52.85 Å
总原子数 total_atoms	27446
残基数 n_residues	3461
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	175.6 Å
Rg (实空间) rg_real	52.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0710e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9960e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2071000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8729
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	58.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.336
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.452
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	130500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.861; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.769

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Xylan 1,4-beta-xylosidase
分子量 formula_weight	50813.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.37
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,H,A,B,G,C,F
原子数 atom_count	28771

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMQNPIIQTMYTADPAPMVYNNRLYVYTTHDEDQSTWFNMNDWKVYSTNDMVNWTDHGTILKYSDFAWAKGDAWAAQCVEKNGKFYLYVPVVSKVNNKGAIGVAVGDSPLGPFYDVLGKPLVQSEWGDIDPTVFIDDDGQAHMYWGNPKLKYVKLNEDMISYSGDIIEVPMTEESFGKRDGNPERPTKYEEGPWLYKRKDLYYLFWPGGPLPEFIGYSTSKSAKGPWKYGGIVMPAEGKSFTNHPGVIDFRGKTYFFYHNGALPGGSGFTRSVCVQELNFNKDGTIPQMKMTEGITKGIAALNPYQLTQAETISWSEHVKAFQNDKVGVFVRALQNGAYTSVKNVDFGDIGASAFSARVGTTHNGGVTMEIRMGSQEGPIAGTVKVPLTGGDDRWEIINVKLDRKITGIQDVYFVFKGKASSNIMYFDYWKFSK

来源 Source

来源生物 organism	Pseudopedobacter saltans DSM 12145
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	762903
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1325

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.340 Å
晶胞边长 b length_b	89.662 Å
晶胞边长 c length_c	138.437 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	102.73 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.98 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	98.24 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.566 Å
最低分辨率 resolution_low	134.290 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1634
R_free r_free	0.2091

fit	/app/data/saxs_computation/hc/8hcj/8hcj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hc/8hcj/8hcj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hc/8hcj/8hcj.dat

Structure of GH43 family enzyme, Xylan 1, 4 Beta- xylosidase from pseudopedobacter saltans

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction