8hcr

;Cryo-EM structure of the Mycobacterium tuberculosis cytochrome bcc:aa3 supercomplex and a novel inhibitor targeting subunit cytochrome cI ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 241.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hcr
沉积日期 deposition_date	2022-11-02
结构标题 title	;Cryo-EM structure of the Mycobacterium tuberculosis cytochrome bcc:aa3 supercomplex and a novel inhibitor targeting subunit cytochrome cI ;
关键词 keywords	Cytochrome bcc:aa3 oxidase, Mycobacterium tuberculosis, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	66.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	66.84 Å
零角强度 I(0) i0	3644780000.00
分子量 molecular_weight	548820.0 kDa
排除体积 excluded_volume	701330 Å³
包络体积 envelope_volume	1045500 Å³
水化壳体积 shell_volume	133540 Å³
包络直径 envelope_diameter	219.0 Å
壳层 Rg shell_rg	63.68 Å
包络 Rg envelope_rg	65.39 Å
形状 Rg shape_rg	66.87 Å
总 Rg total_rg	66.65 Å
总原子数 total_atoms	38845
残基数 n_residues	4961
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	241.5 Å
Rg (实空间) rg_real	66.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6460e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6480e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	65.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3638000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8264
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	70.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.485
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.443
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0180
最高正则化参数 α highest_alpha	346300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.653; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.959; Smooth: 0.821

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit
分子量 formula_weight	46976.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,M
原子数 atom_count	38845

MSRADDDAVGVPPTCGGRSDEEERRIVPGPNPQDGAKDGAKATAVPREPDEAALAAMSNQELLALGGKLDGVRIAYKEPRWPVEGTKAEKRAERSVAVWLLLGGVFGLALLLIFLFWPWEFKAADGESDFIYSLTTPLYGLTFGLSILSIAIGAVLYQKRFIPEEISIQERHDGASREIDRKTVVANLTDAFEGSTIRRRKLIGLSFGVGMGAFGLGTLVAFAGGLIKNPWKPVVPTAEGKKAVLWTSGWTPRYQGETIYLARATGTEDGPPFIKMRPEDMDAGGMETVFPWRESDGDGTTVESHHKLQEIAMGIRNPVMLIRIKPSDLGRVVKRKGQESFNFGEFFAFTKVCSHLGCPSSLYEQQSYRILCPCHQSQFDALHFAKPIFGPAARALAQLPITIDTDGYLVANGDFVEPVGPAFWERTTT

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	33892
宿主生物 host_organism	Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG

Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit
分子量 formula_weight	63926.0 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,N

MSPKLSPPNIGEVLARQAEDIDTRYHPSAALRRQLNKVFPTHWSFLLGEIALYSFVVLLITGVYLTLFFDPSMVDVTYNGVYQPLRGVEMSRAYQSALDISFEVRGGLFVRQIHHWAALMFAAAIMVHLARIFFTGAFRRPRETNWVIGSLLLILAMFEGYFGYSLPDDLLSGLGLRAALSSITLGMPVIGTWLHWALFGGDFPGTILIPRLYALHILLLPGIILALIGLHLALVWFQKHTQFPGPGRTEHNVVGVRVMPVFAFKSGAFFAAIVGVLGLMGGLLQINPIWNLGPYKPSQVSAGSQPDFYMMWTEGLARIWPPWEFYFWHHTIPAPVWVAVIMGLVFVLLPAYPFLEKRFTGDYAHHNLLQRPRDVPVRTAIGAMAIAFYMVLTLAAMNDIIALKFHISLNATTWIGRIGMVILPPFVYFITYRWCIGLQRSDRSVLEHGVETGIIKRLPHGAYIELHQPLGPVDEHGHPIPLQYQGAPLPKRMNKLGSAGSPGSGSFLFADSAAEDAALREAGHAAEQRALAALREHQDSIMGSPDGEHGGGGENLYFQDYKDDDDKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	33892
宿主生物 host_organism	Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG

Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
分子量 formula_weight	29170.4 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,O

MTKLGFTRSGGSKSGRTRRRLRRRLSGGVLLLIALTIAGGLAAVLTPTPQVAVADESSSALLRTGKQLFDTSCVSCHGANLQGVPDHGPSLIGVGEAAVYFQVSTGRMPAMRGEAQAPRKDPIFDEAQIDAIGAYVQANGGGPTVVRNPDGSIATQSLRGNDLGRGGDLFRLNCASCHNFTGKGGALSSGKYAPDLAPANEQQILTAMLTGPQNMPKFSNRQLSFEAKKDIIAYVKVATEARQPGGYLLGGFGPAPEGMAMWIIGMVAAIGLALWIGARS

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	33892
宿主生物 host_organism	Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG

Entity 4 polymer

描述 description	CYTOCHROME AA3 SUBUNIT CtaC
分子量 formula_weight	40535.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,Q

MTPRGPGRLQRLSQCRPQRGSGGPARGLRQLALAAMLGALAVTVSGCSWSEALGIGWPEGITPEAHLNRELWIGAVIASLAVGVIVWGLIFWSAVFHRKKNTDTELPRQFGYNMPLELVLTVIPFLIISVLFYFTVVVQEKMLQIAKDPEVVIDITSFQWNWKFGYQRVNFKDGTLTYDGADPERKRAMVSKPEGKDKYGEELVGPVRGLNTEDRTYLNFDKVETLGTSTEIPVLVLPSGKRIEFQMASADVIHAFWVPEFLFKRDVMPNPVANNSVNVFQIEEIIKTGAFVGHCAEMCGTYHSMMNFEVRVVTPNDFKAYLQQRIDGKTNAEALRAINQPPLAVTTHPFDTRRGELAPQPVG

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	33892
宿主生物 host_organism	Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG

Entity 5 polymer

描述 description	Probable cytochrome c oxidase subunit 1
分子量 formula_weight	63722.3 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.9
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,R

MTAEAPPLGELEAIRPYPARTGPKGSLVYKLITTTDHKMIGIMYCVACISFFFIGGLLALLMRTELAAPGLQFLSNEQFNQLFTMHGTIMLLFYATPIVFGFANLVLPLQIGAPDVAFPRLNAFSFWLFVFGATIGAAGFITPGGAADFGWTAYTPLTDAIHSPGAGGDLWIMGLIVAGLGTILGAVNMITTVVCMRAPGMTMFRMPIFTWNIMVTSILILIAFPLLTAALFGLAADRHLGAHIYDAANGGVLLWQHLFWFFGHPEVYIIALPFFGIVSEIFPVFSRKPIFGYTTLVYATLSIAALSVAVWAHHMFATGAVLLPFFSFMTYLIAVPTGIKFFNWIGTMWKGQLTFETPMLFSVGFMVTFLLGGLTGVLLASPPLDFHVTDSYFVVAHFHYVLFGTIVFATFAGIYFWFPKMTGRLLDERLGKLHFWLTFIGFHTTFLVQHWLGDEGMPRRYADYLPTDGFQGLNVVSTIGAFILGASMFPFVWNVFKSWRYGEVVTVDDPWGYGNSLEWATSCPPPRHNFTELPRIRSERPAFELHYPHMVERLRAEAHVGRHHDEPAMVTSS

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	33892
宿主生物 host_organism	Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG

Entity 6 polymer

描述 description	Probable cytochrome c oxidase subunit 3
分子量 formula_weight	22435.0 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.9
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,S

MTSAVGTSGTAITSRVHSLNRPNMVSVGTIVWLSSELMFFAGLFAFYFSARAQAGGNWPPPPTELNLYQAVPVTLVLIASSFTCQMGVFAAERGDIFGLRRWYVITFLMGLFFVLGQAYEYRNLMSHGTSIPSSAYGSVFYLATGFHGLHVTGGLIAFIFLLVRTGMSKFTPAQATASIVVSYYWHFVDIVWIALFTVIYFIR

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	33892
宿主生物 host_organism	Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG

Entity 7 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase polypeptide 4
分子量 formula_weight	14874.1 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.9
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,T

MHIEARLFEFVAAFFVVTAVLYGVLTSMFATGGVEWAGTTALALTGGMALIVATFFRFVARRLDSRPEDYEGAEISDGAGELGFFSPHSWWPIMVALSGSVAAVGIALWLPWLIAAGVAFILASAAGLVFEYYVGPEKH

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	33892
宿主生物 host_organism	Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG

Entity 8 polymer

描述 description	CYTOCHROME AA3 SUBUNIT CtaJ
分子量 formula_weight	8408.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,U

MSAMEIHLFFVGIPLLLVVVLSVLIWSRKGPHPATYKLSEPWTHPPILWAATDVVGSAHGGHGHDASEFTVGGGASGTW

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	33892
宿主生物 host_organism	Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG

Entity 9 polymer

描述 description	DUF5130 domain-containing protein
分子量 formula_weight	15982.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,V

MARGDVATIEHAELPPGWVLTTSGRISGVTEPGELSVHYPFPIADLVALDDALTYSSRACQVRFAIYLGDLGRDTAARAREILGKVPTPDNAVLLAVSPNQCAIEVVYGSQVRGRGAESAAPLGVAAASSAFEQGELVDGLISAIRVLSAGIAPG

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	33892
宿主生物 host_organism	Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG

Entity 10 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 11 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 12 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 13 non-polymer

描述 description	HEME-A
分子量 formula_weight	852.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	100

fit	/app/data/saxs_computation/hc/8hcr/8hcr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hc/8hcr/8hcr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hc/8hcr/8hcr.dat

;Cryo-EM structure of the Mycobacterium tuberculosis cytochrome bcc:aa3 supercomplex and a novel inhibitor targeting subunit cytochrome cI ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)