8hen

Crystal structure of CTSB in complex with 212-148

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 58.1 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cathepsin B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 77–333	未记录	GOL GLYCEROL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 L4F 2-[4-[[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-phenyl-1-[[(3~{S})-1-phenyl-5-(phenylsulfonyl)pentan-3-yl]amino]propan-2-yl]carbamoyl]piperazin-1-yl]ethyl 4-carbamimidamidobenzoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M NaAc pH 5.2, 28% w/v PEG 3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8HEN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CSB Crystal structure of cathepsin b inhibited with CA030 at 2.1 angstroms resolution: A basis for the design of specific epoxysuccinyl inhibitors 提交 1994-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 80–126（47 aa）链 B 129–333（205 aa）	未记录	EP0 N-[(3R)-4-ethoxy-3-hydroxy-4-oxobutanoyl]-L-isoleucyl-L-proline × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1CSB Crystal structure of cathepsin b inhibited with CA030 at 2.1 angstroms resolution: A basis for the design of specific epoxysuccinyl inhibitors 提交 1994-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 80–126（47 aa）链 E 129–333（205 aa）	未记录	EP0 N-[(3R)-4-ethoxy-3-hydroxy-4-oxobutanoyl]-L-isoleucyl-L-proline × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1GMY Cathepsin B complexed with dipeptidyl nitrile inhibitor 提交 2001-09-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 79–339（261 aa）片段：PROTEASE DOMAIN, RESIDUES 80-333	未记录	AEM 2-AMINOETHANIMIDIC ACID × 1 APD 3-METHYLPHENYLALANINE × 1 DFA DIPHENYLACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.90 Å R-free 0.199
1GMY Cathepsin B complexed with dipeptidyl nitrile inhibitor 提交 2001-09-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 79–339（261 aa）片段：PROTEASE DOMAIN, RESIDUES 80-333	未记录	AEM 2-AMINOETHANIMIDIC ACID × 1 APD 3-METHYLPHENYLALANINE × 1 DFA DIPHENYLACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.90 Å R-free 0.199
1GMY Cathepsin B complexed with dipeptidyl nitrile inhibitor 提交 2001-09-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 79–339（261 aa）片段：PROTEASE DOMAIN, RESIDUES 80-333	未记录	AEM 2-AMINOETHANIMIDIC ACID × 1 APD 3-METHYLPHENYLALANINE × 1 DFA DIPHENYLACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.90 Å R-free 0.199
1HUC THE REFINED 2.15 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN LIVER CATHEPSIN B: THE STRUCTURAL BASIS FOR ITS SPECIFICITY 提交 1993-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 80–126（47 aa）链 B 129–333（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1HUC THE REFINED 2.15 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN LIVER CATHEPSIN B: THE STRUCTURAL BASIS FOR ITS SPECIFICITY 提交 1993-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 80–126（47 aa）链 D 129–333（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1PBH CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN RECOMBINANT PROCATHEPSIN B AT 3.2 ANGSTROM RESOLUTION 提交 1997-02-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–333（316 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.3；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 30% PEG 6000, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES, PH 7.3	分辨率 3.20 Å R-free 0.252
2IPP Crystal Structure of the tetragonal form of human liver cathepsin B 提交 2006-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 80–126（47 aa）片段：light chain, residues 80-126 链 B 129–333（205 aa）片段：heavy chain, residues 129-333	未记录	PYS 2-PYRIDINETHIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.15 Å
2PBH CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PROCATHEPSIN B AT 3.3 ANGSTROM RESOLUTION 提交 1997-02-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–333（316 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2 M AMMONIUM SULFATE, 700 MM TRIS, PH 7.2	分辨率 3.30 Å R-free 0.269
3AI8 Cathepsin B in complex with the nitroxoline 提交 2010-05-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 78–333（256 aa）	未记录	HNQ 5-nitroquinolin-8-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3；293 K；0.1M citric acid, 21% PEG6000, pH 3.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.11 Å R-free 0.244
3AI8 Cathepsin B in complex with the nitroxoline 提交 2010-05-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 78–333（256 aa）	未记录	HNQ 5-nitroquinolin-8-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3；293 K；0.1M citric acid, 21% PEG6000, pH 3.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.11 Å R-free 0.244
3CBJ Chagasin-Cathepsin B complex 提交 2008-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 74–339（266 aa）	突变：C29A, H110A, S115A	PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；0.2 M ammonium dihydrogen phosphate, 20% PEG 3350, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.210
3CBJ Chagasin-Cathepsin B complex 提交 2008-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 74–339（266 aa）	突变：C29A, H110A, S115A	PO4 PHOSPHATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；0.2 M ammonium dihydrogen phosphate, 20% PEG 3350, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.210
3CBK chagasin-cathepsin B 提交 2008-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 74–339（266 aa）	突变：C29A, H110A, S115A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；291 K；0.14M ammonium fluoride, 14% PEG 3350, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.67 Å R-free 0.242
3K9M Cathepsin B in complex with stefin A 提交 2009-10-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 80–333（254 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M ammonium suphate, 24% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.61 Å R-free 0.250
3K9M Cathepsin B in complex with stefin A 提交 2009-10-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 80–333（254 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M ammonium suphate, 24% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.61 Å R-free 0.250
3PBH REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PROCATHEPSIN B AT 2.5 ANGSTROM RESOLUTION 提交 1997-02-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–333（316 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.72；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2 M AMMONIUM SULFATE, PH 5.72	分辨率 2.50 Å R-free 0.234
5MBL Cathepsin B in complex with DARPin 81 提交 2016-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 78–333（256 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；292 K；buffer: 50mM Tris/HCl, 300mM NaCl, 0.05% Tween-20 precipitant: 0.1M MES, 1.8M NH4SO4	分辨率 1.81 Å R-free 0.193
5MBM Cathepsin B in complex with DARPin 8h6 提交 2016-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 78–333（256 aa）片段：UNP residues 78-333	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；0,1 M Na-citrate 15% PEG6000	分辨率 2.76 Å R-free 0.281
5MBM Cathepsin B in complex with DARPin 8h6 提交 2016-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 78–333（256 aa）片段：UNP residues 78-333	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；0,1 M Na-citrate 15% PEG6000	分辨率 2.76 Å R-free 0.281
6AY2 Structure of CathB with covalently linked Compound 28 提交 2017-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 79–333（255 aa）	未记录	C1G N~1~-[(2S)-1-amino-5-(carbamoylamino)pentan-2-yl]-N'~1~-[(1R)-1-(thiophen-3-yl)ethyl]cyclobutane-1,1-dicarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；as published	分辨率 1.60 Å R-free 0.176
6AY2 Structure of CathB with covalently linked Compound 28 提交 2017-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 79–333（255 aa）	未记录	C1G N~1~-[(2S)-1-amino-5-(carbamoylamino)pentan-2-yl]-N'~1~-[(1R)-1-(thiophen-3-yl)ethyl]cyclobutane-1,1-dicarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；as published	分辨率 1.60 Å R-free 0.176
8B4T Human cathepsin B in complex with the carbamate inhibitor 7 提交 2022-09-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 79–333（255 aa）	突变：S115A	P9F (2S)-2-[[(2S)-2-[(4-chloranylphenoxy)carbonylamino]-3-cyclohexyl-propanoyl]amino]-3-phenyl-propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1 M Sodium Acetate pH 5.5, 20% PEG 2000 MME	分辨率 1.45 Å R-free 0.208
8B5F Human cathepsin B in complex with the carbamate inhibitor 31 提交 2022-09-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 79–333（255 aa）	突变：S115A	P9U (2S)-2-[[(2S)-2-[[3-chloranyl-4-[[3-phenyl-2-(phenylmethyl)propanoyl]amino]phenoxy]carbonylamino]-3-cyclohexyl-propanoyl]amino]-3-phenyl-propanoic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1 M Sodium Acetate pH 5.5, 30% PEG 5000 MME	分辨率 1.70 Å R-free 0.205
8HE9 Crystal structure of CTSB in complex with K777 提交 2022-11-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 79–333（255 aa）	未记录	0IW Nalpha-[(4-methylpiperazin-1-yl)carbonyl]-N-[(3S)-1-phenyl-5-(phenylsulfonyl)pentan-3-yl]-L-phenylalaninamide × 1 GOL GLYCEROL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；17.1 % v/v Polyethylene glycol 600, 50 mM MES pH 5.6, 8.6 % w/v Polyethylene glycol 4,000	分辨率 1.55 Å R-free 0.202
8HEI Crystal structure of CTSB in complex with E64d 提交 2022-11-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 77–333（257 aa）	未记录	E6D ethyl (3S)-3-hydroxy-4-({(2S)-4-methyl-1-[(3-methylbutyl)amino]-1-oxopentan-2-yl}amino)-4-oxobutanoate × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000	分辨率 1.55 Å R-free 0.173
9VA8 Crystal Structure of Human Cathepsin B with a L-peptide substrate 提交 2025-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 80–333（254 aa）	突变：S115A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；1.6 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 10% v/v 1,4-Dioxane	分辨率 1.50 Å R-free 0.209
9XHR Crystal Structure of Human Cathepsin B with a D-peptide substrate 提交 2025-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 79–333（255 aa）	突变：S115A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M bicine, 20% PEG 10K	分辨率 1.50 Å R-free 0.170

共 20 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CATB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–257； UniProt 77–333

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hen
沉积日期 deposition_date	2022-11-08
结构标题 title	Crystal structure of CTSB in complex with 212-148
关键词 keywords	inhibitor, antiviral, protease, ANTIVIRAL PROTEIN, ANTIVIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex; ANTIVIRAL PROTEIN/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.14 Å
零角强度 I(0) i0	15701500.00
分子量 molecular_weight	28685.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35240 Å³
包络体积 envelope_volume	38793 Å³
水化壳体积 shell_volume	18501 Å³
包络直径 envelope_diameter	58.5 Å
壳层 Rg shell_rg	23.77 Å
包络 Rg envelope_rg	17.50 Å
形状 Rg shape_rg	17.12 Å
总 Rg total_rg	18.13 Å
总原子数 total_atoms	2013
残基数 n_residues	255
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.1 Å
Rg (实空间) rg_real	18.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9480e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8111
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.149
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.384
角度范围 angular_range	— – 0.4400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3304000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.852; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cathepsin B
分子量 formula_weight	28200.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2157

DLKLPASFDAREQWPQCPTIKEIRDQGSCGSCWAFGAVEAISDRICIHTNAHVSVEVSAEDLLTCCGSMCGDGCNGGYPAEAWNFWTRKGLVSGGLYESHVGCRPYSIPPCEHHVNGSRPPCTGEGDTPKCSKICEPGYSPTYKQDKHYGYNSYSVSNSEKDIMAEIYKNGPVEGAFSVYSDFLLYKSGVYQHVTGEMMGGHAIRILGWGVENGTPYWLVANSWNTDWGDNGFFKILRGQDHCGIESEVVAGIPRTD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;2-[4-[[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-phenyl-1-[[(3~{S})-1-phenyl-5-(phenylsulfonyl)pentan-3-yl]amino]propan-2-yl]carbamoyl]piperazin-1-yl]ethyl 4-carbamimidamidobenzoate ;
分子量 formula_weight	767.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	139

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	31.477 Å
晶胞边长 b length_b	81.597 Å
晶胞边长 c length_c	94.687 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	37.470 Å
R 因子 r_factor	0.1901
R_work r_work	0.1854
R_free r_free	0.2315

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