SAXSdb — 8hgq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flavodoxin

Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–170	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；0.4 M NaH2PO4/1.6 M K2HPO4; 0.1 M imidazole PH8.0; 0.2 M NaCl	分辨率 2.09 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8HGQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CZH COMPARISONS OF WILD TYPE AND MUTANT FLAVODOXINS FROM ANACYSTIS NIDULANS. STRUCTURAL DETERMINANTS OF THE REDOX POTENTIALS. 提交 1999-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：N58G	SO4 SULFATE ION × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；AMMONIUM SULPHATE, POTASSIUM PHOSPHATE, POTASSIUM CHLORIDE, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.86 Å R-free 0.209
1CZK COMPARISONS OF WILD TYPE AND MUTANT FLAVODOXINS FROM ANACYSTIS NIDULANS. STRUCTURAL DETERMINANTS OF THE REDOX POTENTIALS. 提交 1999-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：D100N	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；AMMONIUN SULPHATE, POTASSIUM PHOSPHATE, POTASSIUM CHLORIDE, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.200
1CZL COMPARISONS OF WILD TYPE AND MUTANT FLAVODOXINS FROM ANACYSTIS NIDULANS. STRUCTURAL DETERMINANTS OF THE REDOX POTENTIALS. 提交 1999-09-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；AMMONIUM SULPHATE, POTTASIUM PHOSPHATE, POTASSIUM CHLORIDE, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.218
1CZN REFINED STRUCTURES OF OXIDIZED FLAVODOXIN FROM ANACYSTIS NIDULANS 提交 1999-09-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；AMMONIUM SULFATE, POTASSIUM PHOSPHATE, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.210
1CZO COMPARISONS OF WILD TYPE AND MUTANT FLAVODOXINS FROM ANACYSTIS NIDULANS. STRUCTURAL DETERMINANTS OF THE REDOX POTENTIALS. 提交 1999-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：N58G	SO4 SULFATE ION × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；AMMONIUM SULPHATE, POTSSIUM PHOSPHATE, POTASSIM CHLORIDE, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.85 Å R-free 0.202
1CZR COMPARISONS OF WILD TYPE AND MUTANT FLAVODOXINS FROM ANACYSTIS NIDULANS. STRUCTURAL DETERMINANTS OF THE REDOX POTENTIALS. 提交 1999-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：D90N	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；AMMONIUNM SULPHATE, POTASSIUM PHOSPHATE, POTASSIUM CHLORIDE, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.193
1CZU REFINED STRUCTURES OF OXIDIZED FLAVODOXIN FROM ANACYSTIS NIDULANS 提交 1999-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；AMMONIUM SULFATE, POTASSIUM PHOSPHATE, POTASSIUM CHLORIDE, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.184
1D03 REFINED STRUCTURES OF OXIDIZED FLAVODOXIN FROM ANACYSTIS NIDULANS 提交 1999-09-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：N58G	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；AMMONIUM SULFATE, POTASSIUM PHOSPHATE, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.85 Å R-free 0.172
1D04 COMPARISONS OF WILD TYPE AND MUTANT FLAVODOXINS FROM ANACYSTIS NIDULANS. STRUCTURAL DETERMINANTS OF THE REDOX POTENTIALS. 提交 1999-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；AMMONIUM SULPHATE, POTASSIUM PHOSPHATE, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.85 Å R-free 0.207
1OFV FLAVODOXIN FROM ANACYSTIS NIDULANS: REFINEMENT OF TWO FORMS OF THE OXIDIZED PROTEIN 提交 1992-06-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å
6KIF Structure of cyanobacterial photosystem I-IsiA-flavodoxin supercomplex 提交 2019-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric	链 P 2–170（169 aa）链 X 2–170（169 aa）链 p 2–170（169 aa）	未记录	CLA CHLOROPHYLL A × 594 PQN PHYLLOQUINONE × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BCR BETA-CAROTENE × 144 LHG 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 45 LMU DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE × 12 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 6 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 24 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8HGR The apo-flavodoxin monomer from Synechococcus elongatus PCC 7942 提交 2022-11-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–170（169 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 M Magnesium chloride; 0.1 M Tris-HCl pH8.5; 30% PEG4000	分辨率 1.84 Å R-free 0.201

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FLAV_SYNE7
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–177； UniProt 2–170

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hgq
沉积日期 deposition_date	2022-11-15
结构标题 title	The apo-flavodoxin dimer from Synechococcus elongatus PCC 7942
关键词 keywords	FLAVODOXIN, phosphate BINDING, REDOX POTENTIAL, ELECTRON TRANSPORT, FMN BINDING; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.71 Å
零角强度 I(0) i0	7053240.00
分子量 molecular_weight	18949.0 kDa
排除体积 excluded_volume	23452 Å³
包络体积 envelope_volume	26123 Å³
水化壳体积 shell_volume	14636 Å³
包络直径 envelope_diameter	48.3 Å
壳层 Rg shell_rg	21.01 Å
包络 Rg envelope_rg	15.03 Å
形状 Rg shape_rg	14.70 Å
总 Rg total_rg	15.87 Å
总原子数 total_atoms	1339
残基数 n_residues	172
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	49.1 Å
Rg (实空间) rg_real	16.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0530e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.0230e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7053000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7782
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.042
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.466
角度范围 angular_range	— – 0.4900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1549000.0000
实空间数据点数 n_real_points	79
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.485; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.955

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Flavodoxin
分子量 formula_weight	20781.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1439

MENLYFQGAKIGLFYGTQTGVTQTIAESIQQEFGGESIVDLNDIANADASDLNAYDYLIIGCPTWNVGELQSDWEGIYDDLDSVNFQGKKVAYFGAGDQVGYSDNFQDAMGILEEKISSLGSQTVGYWPIEGYDFNESKAVRNNQFVGLAIDEDNQPDLTKNRIKTWVSQLKSEFGLALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805
通用名 common_name	Anacystis nidulans R2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1140
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	100

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.560 Å
晶胞边长 b length_b	49.560 Å
晶胞边长 c length_c	161.025 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.090 Å
最低分辨率 resolution_low	27.000 Å
R 因子 r_factor	0.1941
R_work r_work	0.1918
R_free r_free	0.2394

fit	/app/data/saxs_computation/hg/8hgq/8hgq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hg/8hgq/8hgq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hg/8hgq/8hgq.dat

The apo-flavodoxin dimer from Synechococcus elongatus PCC 7942

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flavodoxin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction