← 返回搜索
8hlq

Mutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to Niraparib (MK-4827)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 105.5 Å Quality: EXCELLENT
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Poly [ADP-ribose] polymerase 2

Homo sapiens

UniProt Q9UGN5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 230–581 突变：T349S,L351R,S353G,P354L GOL GLYCEROL × 1 3JD 2-{4-[(3S)-piperidin-3-yl]phenyl}-2H-indazole-7-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 分辨率 2.70 Å R-free 0.282
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 230–581 突变：T349S,L351R,S353G,P354L GOL GLYCEROL × 2 3JD 2-{4-[(3S)-piperidin-3-yl]phenyl}-2H-indazole-7-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 分辨率 2.70 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8HLQ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3KCZ Human poly(ADP-ribose) polymerase 2, catalytic fragment in complex with an inhibitor 3-aminobenzamide 提交 2009-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 235–579（345 aa） 片段：Catalytic domain
未记录 3AB 3-aminobenzamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277 K；22% PEG 3350, 0.1M Tris-HCl, 0.01M 3-aminobenzamide, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.00 Å R-free 0.237
3KCZ Human poly(ADP-ribose) polymerase 2, catalytic fragment in complex with an inhibitor 3-aminobenzamide 提交 2009-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 235–579（345 aa） 片段：Catalytic domain
未记录 3AB 3-aminobenzamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277 K；22% PEG 3350, 0.1M Tris-HCl, 0.01M 3-aminobenzamide, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.00 Å R-free 0.237
3KJD Human poly(ADP-ribose) polymerase 2, catalytic fragment in complex with an inhibitor ABT-888 提交 2009-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 235–579（345 aa） 片段：catalytic domain
未记录 78P (2R)-2-(7-carbamoyl-1H-benzimidazol-2-yl)-2-methylpyrrolidinium × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；25% PEG 3350, 0.1M Tris, 0.25M NaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.95 Å R-free 0.232
3KJD Human poly(ADP-ribose) polymerase 2, catalytic fragment in complex with an inhibitor ABT-888 提交 2009-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 235–579（345 aa） 片段：catalytic domain
未记录 78P (2R)-2-(7-carbamoyl-1H-benzimidazol-2-yl)-2-methylpyrrolidinium × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；25% PEG 3350, 0.1M Tris, 0.25M NaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.95 Å R-free 0.232
4PJV Structure of PARP2 catalytic domain bound to inhibitor BMN 673 提交 2014-05-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 235–579（345 aa） 片段：PARP2 HELICAL AND CATALYTIC DOMAINS (UNP residues 235-579)
未记录 2YQ (8S,9R)-5-fluoro-8-(4-fluorophenyl)-9-(1-methyl-1H-1,2,4-triazol-5-yl)-2,7,8,9-tetrahydro-3H-pyrido[4,3,2-de]phthalazin-3-one × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；(W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 333 mM SODIUM CHLORIDE.
分辨率 2.50 Å R-free 0.287
4PJV Structure of PARP2 catalytic domain bound to inhibitor BMN 673 提交 2014-05-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 235–579（345 aa） 片段：PARP2 HELICAL AND CATALYTIC DOMAINS (UNP residues 235-579)
未记录 2YQ (8S,9R)-5-fluoro-8-(4-fluorophenyl)-9-(1-methyl-1H-1,2,4-triazol-5-yl)-2,7,8,9-tetrahydro-3H-pyrido[4,3,2-de]phthalazin-3-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；(W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 333 mM SODIUM CHLORIDE.
分辨率 2.50 Å R-free 0.287
4TVJ HUMAN ARTD2 (PARP2) - CATALYTIC DOMAIN IN COMPLEX WITH OLAPARIB 提交 2014-06-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：Monomeric
链 A 235–579（345 aa）
未记录 09L 4-(3-{[4-(cyclopropylcarbonyl)piperazin-1-yl]carbonyl}-4-fluorobenzyl)phthalazin-1(2H)-one × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；25% PEG3350, 0.1M Tris
分辨率 2.10 Å R-free 0.231
4TVJ HUMAN ARTD2 (PARP2) - CATALYTIC DOMAIN IN COMPLEX WITH OLAPARIB 提交 2014-06-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：Monomeric
链 B 235–579（345 aa）
未记录 09L 4-(3-{[4-(cyclopropylcarbonyl)piperazin-1-yl]carbonyl}-4-fluorobenzyl)phthalazin-1(2H)-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；25% PEG3350, 0.1M Tris
分辨率 2.10 Å R-free 0.231
4ZZX Structure of PARP2 catalytic domain bound to an isoindolinone inhibitor 提交 2015-04-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 223–583（361 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, UNP RESIDUES 223-583
未记录 FSU 2-(3-methoxypropyl)-3-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindole-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 277 K；25% PEG4000, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M TRIS PH 8.5, 277K
分辨率 1.65 Å R-free 0.244
4ZZX Structure of PARP2 catalytic domain bound to an isoindolinone inhibitor 提交 2015-04-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 223–583（361 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, UNP RESIDUES 223-583
未记录 FSU 2-(3-methoxypropyl)-3-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindole-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 277 K；25% PEG4000, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M TRIS PH 8.5, 277K
分辨率 1.65 Å R-free 0.244
4ZZY Structure of human PARP2 catalytic domain bound to an isoindolinone inhibitor 提交 2015-04-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 223–583（361 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, UNP RESIDUES 223-583
未记录 D7N 2-[1-(4,4-Difluorocyclohexyl)-piperidin-4-yl]-6-fluoro-3-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindole-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 25% PEG4000, 0.2M MAGNESIUM CLORIDE, 0.1 M TRIS PH 8.5
分辨率 2.20 Å R-free 0.280
5D5K Crystal Structure NLS from human PARP-2 complexed with Importin alpha delta IBB 提交 2015-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–78（78 aa） 片段：unp residues 1-78
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295 K；0.6-0.7M sodium citrate, 0.1M sodium citrate buffer pH 5.6, and 7-10mM DTT
分辨率 1.90 Å R-free 0.171
5DSY Crystal structure of constitutively active PARP-2 提交 2015-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 348–583（236 aa） 片段：unp residues 348-583
未记录 UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；2.55-2.65 M NaCl and 0.1 M Tris
分辨率 2.70 Å R-free 0.248
5DSY Crystal structure of constitutively active PARP-2 提交 2015-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 348–583（236 aa） 片段：unp residues 348-583
未记录 UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；2.55-2.65 M NaCl and 0.1 M Tris
分辨率 2.70 Å R-free 0.248
5DSY Crystal structure of constitutively active PARP-2 提交 2015-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 348–583（236 aa） 片段：unp residues 348-583
未记录 UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；2.55-2.65 M NaCl and 0.1 M Tris
分辨率 2.70 Å R-free 0.248
5DSY Crystal structure of constitutively active PARP-2 提交 2015-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 348–583（236 aa） 片段：unp residues 348-583
未记录 UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；2.55-2.65 M NaCl and 0.1 M Tris
分辨率 2.70 Å R-free 0.248
6F1K Structure of ARTD2/PARP2 WGR domain bound to double strand DNA without 5'phosphate 提交 2017-11-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 90–218（129 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；277 K；PEG MME 5000 0.1 M Na-acetate ethylene glyco
分辨率 2.20 Å R-free 0.250
6F5B Structure of ARTD2/PARP2 WGR domain bound to double stranded DNA with 5'phosphate 提交 2017-12-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric
链 A 90–218（129 aa）
链 B 90–218（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277 K；12 % v/v Polypropylene glycol 400 0.1 M Na-acetate 3 % 2 propanol
分辨率 2.80 Å R-free 0.274
6F5F Structure of ARTD2/PARP2 WGR domain bound to double strand DNA with 5 nucleotide overhang and 5'phosphate 提交 2017-12-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 90–218（129 aa）
链 C 90–218（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Na-formate 20 % PEG 3350 20 % glycerol
分辨率 2.98 Å R-free 0.275
6F5F Structure of ARTD2/PARP2 WGR domain bound to double strand DNA with 5 nucleotide overhang and 5'phosphate 提交 2017-12-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 90–218（129 aa）
链 D 90–218（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Na-formate 20 % PEG 3350 20 % glycerol
分辨率 2.98 Å R-free 0.275
6TX3 HPF1 bound to catalytic fragment of PARP2 提交 2020-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 230–253（24 aa）
链 B 348–583（236 aa）
未记录 UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M MES pH 6, 25% v/v pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)
分辨率 2.96 Å R-free 0.260
6USJ Structure of two nucleosomes bridged by human PARP2 提交 2019-10-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric
链 U 1–570（570 aa）
链 V 1–570（570 aa）
突变：Q112R, F113D 突变：Q112R, F113D 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Buffer was pH-adjusted and filtered through a 0.22 um filter.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot time 2s, blot force 0
分辨率 10.50 Å
6X0L Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin 提交 2020-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 P 1–570（570 aa）
链 R 1–570（570 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6X0M Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin 提交 2020-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 P 1–570（570 aa）
链 p 1–570（570 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
6X0N Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin 提交 2020-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：23-meric
链 P 1–570（570 aa）
链 R 1–570（570 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 10.00 Å
7AEO Human ARTD2 in complex with DNA oligonucleotides 提交 2020-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric
链 A 90–583（494 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Sample was crystallized in 0.1 M MES pH 6.5 and 1 M ammonium sulfate. Cryo solution was a mixture of 10% (v/v) glycerol, 10% (v/v) diethylene glycol, and 10% (v/v) 2-propanol with the crystallization conditions
分辨率 2.80 Å R-free 0.271
7R59 PARP2 catalytic domain in complex with OUL245 提交 2022-02-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 235–583（349 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 I5F [1,2,4]triazolo[3,4-b][1,3]benzothiazol-6-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100 mM Tris pH 9.5 and 20% PEG 3350
分辨率 2.00 Å R-free 0.238
8HE8 Human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2022-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 231–581（351 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 1WI 1-[[4-fluoranyl-3-(3-oxidanylidene-4-pentan-3-yl-piperazin-1-yl)carbonyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.3-8.5
分辨率 3.05 Å R-free 0.256
8HE8 Human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2022-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 231–581（351 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 1WI 1-[[4-fluoranyl-3-(3-oxidanylidene-4-pentan-3-yl-piperazin-1-yl)carbonyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.3-8.5
分辨率 3.05 Å R-free 0.256
8HE8 Human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2022-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 231–581（351 aa）
未记录 1WI 1-[[4-fluoranyl-3-(3-oxidanylidene-4-pentan-3-yl-piperazin-1-yl)carbonyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.3-8.5
分辨率 3.05 Å R-free 0.256
8HKN Mutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to approved drug Fluzoparib 提交 2022-11-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 230–581（352 aa）
突变：T349S,L351R,S353G,P354L GOL GLYCEROL × 1 25I Fluzoparib × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.261
8HKN Mutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to approved drug Fluzoparib 提交 2022-11-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 230–581（352 aa）
突变：T349S,L351R,S353G,P354L GOL GLYCEROL × 1 25I Fluzoparib × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.261
8HKO Mutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to Rucaparib 提交 2022-11-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 230–581（352 aa）
突变：T349S,L351R,S353G,P354L GOL GLYCEROL × 5 RPB Rucaparib × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5
分辨率 2.10 Å R-free 0.211
8HKO Mutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to Rucaparib 提交 2022-11-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 230–581（352 aa）
突变：T349S,L351R,S353G,P354L GOL GLYCEROL × 1 RPB Rucaparib × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5
分辨率 2.10 Å R-free 0.211
8HKS Mutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to Pamiparib(BGB-290) 提交 2022-11-28 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 230–581（352 aa）
突变：T349S,L351R,S353G,P354L GOL GLYCEROL × 2 DS9 (2R)-14-fluoro-2-methyl-6,9,10,19-tetrazapentacyclo[14.2.1.02,6.08,18.012,17]nonadeca-1(18),8,12(17),13,15-pentaen-11-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5
分辨率 2.80 Å R-free 0.238
8HKS Mutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to Pamiparib(BGB-290) 提交 2022-11-28 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 230–581（352 aa）
突变：T349S,L351R,S353G,P354L GOL GLYCEROL × 5 DS9 (2R)-14-fluoro-2-methyl-6,9,10,19-tetrazapentacyclo[14.2.1.02,6.08,18.012,17]nonadeca-1(18),8,12(17),13,15-pentaen-11-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5
分辨率 2.80 Å R-free 0.238
8HKS Mutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to Pamiparib(BGB-290) 提交 2022-11-28 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 230–581（352 aa）
突变：T349S,L351R,S353G,P354L GOL GLYCEROL × 2 DS9 (2R)-14-fluoro-2-methyl-6,9,10,19-tetrazapentacyclo[14.2.1.02,6.08,18.012,17]nonadeca-1(18),8,12(17),13,15-pentaen-11-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5
分辨率 2.80 Å R-free 0.238
8HKS Mutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to Pamiparib(BGB-290) 提交 2022-11-28 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 230–581（352 aa）
突变：T349S,L351R,S353G,P354L GOL GLYCEROL × 3 DS9 (2R)-14-fluoro-2-methyl-6,9,10,19-tetrazapentacyclo[14.2.1.02,6.08,18.012,17]nonadeca-1(18),8,12(17),13,15-pentaen-11-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5
分辨率 2.80 Å R-free 0.238
8HLJ Mutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to Olaparib (AZD2281) 提交 2022-11-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 230–581（352 aa）
突变：T349S,L351R,S353G,P354L 09L 4-(3-{[4-(cyclopropylcarbonyl)piperazin-1-yl]carbonyl}-4-fluorobenzyl)phthalazin-1(2H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296.5 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5
分辨率 2.24 Å R-free 0.247
8HLJ Mutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to Olaparib (AZD2281) 提交 2022-11-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 230–581（352 aa）
突变：T349S,L351R,S353G,P354L 09L 4-(3-{[4-(cyclopropylcarbonyl)piperazin-1-yl]carbonyl}-4-fluorobenzyl)phthalazin-1(2H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296.5 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5
分辨率 2.24 Å R-free 0.247
8JNY Mutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to a pyrazolopyrimidine carboxamide inhibitor 提交 2023-06-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 230–581（352 aa）
突变：T349S,L351R,S353G,P354L ERV 6-methylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5
分辨率 3.20 Å R-free 0.268
8JNY Mutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to a pyrazolopyrimidine carboxamide inhibitor 提交 2023-06-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 230–581（352 aa）
突变：T349S,L351R,S353G,P354L ERV 6-methylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5
分辨率 3.20 Å R-free 0.268
9IM8 Mutated ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to a pyrimidine 2,4-diketone derivative inhibitor 提交 2024-07-02 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 230–581（352 aa）
突变：T349S,L351R,S353G,P354L GOL GLYCEROL × 1 A1D9M 5-ethyl-1-[[3-[(3~{R})-4-ethyl-3-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]carbonyl-4-fluoranyl-phenyl]methyl]pyrimidine-2,4-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5
分辨率 2.10 Å R-free 0.241
9IM8 Mutated ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to a pyrimidine 2,4-diketone derivative inhibitor 提交 2024-07-02 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 230–581（352 aa）
突变：T349S,L351R,S353G,P354L A1D9M 5-ethyl-1-[[3-[(3~{R})-4-ethyl-3-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]carbonyl-4-fluoranyl-phenyl]methyl]pyrimidine-2,4-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5
分辨率 2.10 Å R-free 0.241
9ZQ9 Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 1 提交 2025-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric
链 P 90–212（123 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9ZQA Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 2 提交 2025-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric
链 P 90–212（123 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.28 Å
9ZQB Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 1 提交 2025-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric
链 P 90–583（494 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.10 Å
9ZQC Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 2 提交 2025-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric
链 P 90–583（494 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.37 Å

共 29 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PARP2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–353； UniProt 230–581 作者链 B； PDB构建体 2–353； UniProt 230–581

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8hlq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8hlq
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8hlq
沉积日期 deposition_date2022-11-30
结构标题 titleMutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to Niraparib (MK-4827)
关键词 keywordsDNA ADP-ribosyltransferase 2, PARP2, Niraparib, MK-4827, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.29 Å
零角强度 I(0) i0102003000.00
分子量 molecular_weight80743.0 kDa
排除体积 excluded_volume101330 ų
包络体积 envelope_volume133860 ų
水化壳体积 shell_volume34626 ų
包络直径 envelope_diameter113.1 Å
壳层 Rg shell_rg39.15 Å
包络 Rg envelope_rg31.79 Å
形状 Rg shape_rg32.28 Å
总 Rg total_rg32.93 Å
总原子数 total_atoms5670
残基数 n_residues706
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax105.5 Å
Rg (实空间) rg_real33.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0200e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6000e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal102000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9002
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.0 Å
偏度 Skewness skewness0.267
峰度 Kurtosis kurtosis-0.647
角度范围 angular_range— – 0.2400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha14310000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.942; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.913
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)