← 返回搜索
8ht1

CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT MYLU-B-67 FOR 2.4 ANGSTROM, 52M 53Q 54Q 55P 56W DELETED

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 72.9 Å Quality: EXCELLENT
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ig-like domain-containing protein

Myotis lucifugus

UniProt G1PNR4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 22–301 突变：52M,53Q,54Q,55P,56W DELETED Beta-2-microglobulin × 1 （L5K3Y9） THR-PRO-GLN-SER-ALA-PRO-HIS-GLY-VAL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；300 K；0.1 M Calcium acetate hydrate 0.1 M Sodium cacodylate 12 % w/v PEG 8000 分辨率 2.40 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8HT1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8HSM CRYSTAL STRUCTURE OF BAT MHC CLASS I MYLU-B-67 提交 2022-12-20 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 22–301（280 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；300 K；0.2M Sodium fluoride,20%w/v Polyethylene glycol 3350,
分辨率 2.20 Å R-free 0.258
8HSO CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT MYLU-B-67 FOR 2.2 ANGSTROM, 52M 53Q 54Q 55P 56W DELETED 提交 2022-12-20 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 22–301（280 aa）
突变：52M,53Q,54Q,55P,56W DELETED 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；300 K；1.0 M Ammonium sulfate 0.1 M Sodium acetate pH 5.0
分辨率 2.10 Å R-free 0.272
8HSW CRYSTAL STRUCTURE OF BAT MHC CLASS I MYLU-B-67 FOR 2.1 ANGSTROM 提交 2022-12-20 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 22–301（280 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；300 K；1.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate 0.1 M Tris
分辨率 2.03 Å R-free 0.262
8HT9 CRYSTAL STRUCTURE OF BAT MHC CLASS I MYLU-B-67 FOR 2.2 ANGSTROM 提交 2022-12-20 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 22–301（280 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；300 K；0.2 M Ammonium sulfate 0.1 M Tris 12 % w/v PEG 8000
分辨率 2.20 Å R-free 0.253

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G1PNR4_MYOLU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–275； UniProt 22–301

Beta-2-microglobulin

Pteropus alecto

UniProt L5K3Y9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 187–278 未记录 Ig-like domain-containing protein × 1 （G1PNR4） THR-PRO-GLN-SER-ALA-PRO-HIS-GLY-VAL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；300 K；0.1 M Calcium acetate hydrate 0.1 M Sodium cacodylate 12 % w/v PEG 8000 分辨率 2.40 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8HT1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6J2D Crystal structure of bat (Pteropus Alecto) MHC class I Ptal-N*01:01 in complex with Hendra virus-derived peptide HeV1 提交 2019-01-01 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 187–278（92 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), and 25% (w/v) polyethylene glycol 3,350 at a concentration of 7.5 mg/mL.
分辨率 2.31 Å R-free 0.282
6J2F Crystal structure of bat (Pteropus Alecto) MHC class I Ptal-N*01:01 in complex with Hendra virus-derived peptide HeV2 提交 2019-01-01 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 187–278（92 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.075 M HEPES (pH 7.5), 15% (w/v) polyethylene glycol 10,000, and 25% (v/v) glycerol at a protein concentration of 10 mg/mL. Single crystals of Ptal-N*01:01/ EBOV-NP1 were grown in 0.1 M succinic acid pH 7.0, 15% w/v polyethylene glycol 3,350.
分辨率 1.90 Å R-free 0.231
6J2F Crystal structure of bat (Pteropus Alecto) MHC class I Ptal-N*01:01 in complex with Hendra virus-derived peptide HeV2 提交 2019-01-01 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 187–278（92 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.075 M HEPES (pH 7.5), 15% (w/v) polyethylene glycol 10,000, and 25% (v/v) glycerol at a protein concentration of 10 mg/mL. Single crystals of Ptal-N*01:01/ EBOV-NP1 were grown in 0.1 M succinic acid pH 7.0, 15% w/v polyethylene glycol 3,350.
分辨率 1.90 Å R-free 0.231
8HSM CRYSTAL STRUCTURE OF BAT MHC CLASS I MYLU-B-67 提交 2022-12-20 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 187–278（92 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；300 K；0.2M Sodium fluoride,20%w/v Polyethylene glycol 3350,
分辨率 2.20 Å R-free 0.258
8HSO CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT MYLU-B-67 FOR 2.2 ANGSTROM, 52M 53Q 54Q 55P 56W DELETED 提交 2022-12-20 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 187–278（92 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；300 K；1.0 M Ammonium sulfate 0.1 M Sodium acetate pH 5.0
分辨率 2.10 Å R-free 0.272
8HSW CRYSTAL STRUCTURE OF BAT MHC CLASS I MYLU-B-67 FOR 2.1 ANGSTROM 提交 2022-12-20 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 187–278（92 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；300 K；1.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate 0.1 M Tris
分辨率 2.03 Å R-free 0.262
8HT9 CRYSTAL STRUCTURE OF BAT MHC CLASS I MYLU-B-67 FOR 2.2 ANGSTROM 提交 2022-12-20 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 187–278（92 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；300 K；0.2 M Ammonium sulfate 0.1 M Tris 12 % w/v PEG 8000
分辨率 2.20 Å R-free 0.253

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 L5K3Y9_PTEAL
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 4–95； UniProt 187–278

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8ht1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8ht1
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8ht1
沉积日期 deposition_date2022-12-20
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT MYLU-B-67 FOR 2.4 ANGSTROM, 52M 53Q 54Q 55P 56W DELETED
关键词 keywordsMHC, IMMUNOLIGY, IMMUNE SYSTEM TRANSFERASE COMPLEX., IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.99 Å
零角强度 I(0) i034376200.00
分子量 molecular_weight43693.0 kDa
排除体积 excluded_volume53978 ų
包络体积 envelope_volume66218 ų
水化壳体积 shell_volume24236 ų
包络直径 envelope_diameter75.8 Å
壳层 Rg shell_rg29.69 Å
包络 Rg envelope_rg23.00 Å
形状 Rg shape_rg22.95 Å
总 Rg total_rg23.87 Å
总原子数 total_atoms3090
残基数 n_residues382
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax72.9 Å
Rg (实空间) rg_real24.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real3.4380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8570e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal34380000.0000
解质量估计 total_estimate0.9125
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.6 Å
偏度 Skewness skewness0.236
峰度 Kurtosis kurtosis-0.498
角度范围 angular_range— – 0.3300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8169000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.970; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.955
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)