8htd

Crystal structure of an effector from Chromobacterium violaceum in complex with ubiquitin

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 70.7 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8htd
沉积日期 deposition_date	2022-12-21
结构标题 title	Crystal structure of an effector from Chromobacterium violaceum in complex with ubiquitin
关键词 keywords	Transferase, ubiquitination; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.50 Å
零角强度 I(0) i0	18998800.00
分子量 molecular_weight	32377.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40200 Å³
包络体积 envelope_volume	49075 Å³
水化壳体积 shell_volume	19692 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.8 Å
壳层 Rg shell_rg	27.44 Å
包络 Rg envelope_rg	21.19 Å
形状 Rg shape_rg	21.47 Å
总 Rg total_rg	22.35 Å
总原子数 total_atoms	2279
残基数 n_residues	293
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.7 Å
Rg (实空间) rg_real	22.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9000e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8310e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9100
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.253
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.548
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3279000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.946; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.990

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	NAD(+)--protein-threonine ADP-ribosyltransferase
分子量 formula_weight	26078.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2553

SNRQEKLAQLMRQFESGGLYLRTVSDHRDEFENTFMPKLDACLGHGCDERYWSSATFIQQGLNGKVHDPHADRTGLIISADARLGGFSTFDAATANVPSGLEPSQYFPGQFPKFDMMGAYQATWNEDIFSVDATAVSEQQMDELGIPDEYRSVFDFDRIQEKMAQPRLAGREVEPTEAKICYQPKDVLGIYVDVDSPASQSKARELQQAMREQGFDLPFIAYRGGAAQELASV

来源 Source

来源生物 organism	Chromobacterium violaceum ATCC 12472
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243365
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin
分子量 formula_weight	8568.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKSKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	274

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	38.520 Å
晶胞边长 b length_b	74.644 Å
晶胞边长 c length_c	50.358 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.23 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.848 Å
最低分辨率 resolution_low	41.373 Å
R 因子 r_factor	0.1900
R_work r_work	0.1881
R_free r_free	0.2253

fit	/app/data/saxs_computation/ht/8htd/8htd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ht/8htd/8htd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ht/8htd/8htd.dat

Crystal structure of an effector from Chromobacterium violaceum in complex with ubiquitin

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)