SAXSdb — 8i3f

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromatin modification-related protein EAF3

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 218–400	未记录	RCO1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BXB0） Histone H3 × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M MgCl2, 0.1 M tris pH 8.5, 25% w/v PEG 4000, 0.2 M NDSB-201	分辨率 1.62 Å R-free 0.188

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8I3F	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8HXX Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S 提交 2023-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 M 1–401（401 aa）链 O 1–401（401 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8HXY Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome 提交 2023-01-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric	链 M 1–401（401 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8HXZ Cryo-EM structure of Eaf3 CHD in complex with nucleosome 提交 2023-01-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 M 1–401（401 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8HY0 Composite cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome 提交 2023-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 M 1–401（401 aa）链 O 1–401（401 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8I3G Crystal structure of Eaf3-Eaf7 complex 提交 2023-01-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 218–401（184 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M tris pH 8.5, 25% w/v PEG 4000, 0.025% v/v Dichloromethane	分辨率 2.40 Å R-free 0.256
8I3G Crystal structure of Eaf3-Eaf7 complex 提交 2023-01-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 218–401（184 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M tris pH 8.5, 25% w/v PEG 4000, 0.025% v/v Dichloromethane	分辨率 2.40 Å R-free 0.256
8IHM Eaf3 CHD domain bound to the nucleosome 提交 2023-02-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 N 13–131（119 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.58 Å
8IHN Cryo-EM structure of the Rpd3S core complex 提交 2023-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 N 1–401（401 aa）链 P 1–401（401 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
8IHT Rpd3S bound to the nucleosome 提交 2023-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 N 1–401（401 aa）链 P 1–401（401 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.72 Å
8JHO Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with di-nucleosome 提交 2023-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric	链 M 1–401（401 aa）链 O 1–401（401 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.60 Å

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A8H4F719_YEASX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–183； UniProt 218–400

RCO1 isoform 1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt A0A8H4BXB0

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 258–375	未记录	Chromatin modification-related protein EAF3 × 1 （A0A8H4F719） Histone H3 × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M MgCl2, 0.1 M tris pH 8.5, 25% w/v PEG 4000, 0.2 M NDSB-201	分辨率 1.62 Å R-free 0.188

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8I3F	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8HXX Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S 提交 2023-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 N 1–684（684 aa）链 P 1–684（684 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8HXY Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome 提交 2023-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric	链 N 1–684（684 aa）链 P 1–684（684 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8HY0 Composite cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome 提交 2023-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 N 1–684（684 aa）链 P 1–684（684 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8IHN Cryo-EM structure of the Rpd3S core complex 提交 2023-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 M 1–684（684 aa）链 O 1–684（684 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
8IHT Rpd3S bound to the nucleosome 提交 2023-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 M 1–684（684 aa）链 O 1–684（684 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.72 Å
8JHO Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with di-nucleosome 提交 2023-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric	链 N 1–684（684 aa）链 P 1–684（684 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.60 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A8H4BXB0_YEASX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–118； UniProt 258–375

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8i3f
沉积日期 deposition_date	2023-01-17
结构标题 title	Crystal structure of Rco1-Eaf3 with peptide of histone H3 N-terminal
关键词 keywords	MRG domain, complex, PHD domain, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.68 Å
零角强度 I(0) i0	20069400.00
分子量 molecular_weight	34452.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43253 Å³
包络体积 envelope_volume	50373 Å³
水化壳体积 shell_volume	21204 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.5 Å
壳层 Rg shell_rg	26.29 Å
包络 Rg envelope_rg	19.92 Å
形状 Rg shape_rg	19.68 Å
总 Rg total_rg	20.59 Å
总原子数 total_atoms	2419
残基数 n_residues	307
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.5 Å
Rg (实空间) rg_real	20.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0070e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7710e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20070000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9050
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.123
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.473
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3035000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.923; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.997

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chromatin modification-related protein EAF3
分子量 formula_weight	21127.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2737

PKISLQIPIKLKSVLVDDWEYVTKDKKICRLPADVTVEMVLNKYEHEVSQELESPGSQSQLSEYCAGLKLYFDKCLGNMLLYRLERLQYDELLKKSSKDQKPLVPIRIYGAIHLLRLISVLPELISSTTMDLQSCQLLIKQTEDFLVWLLMHVDEYFNDKDPNRSDDALYVNTSSQYEGVALG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RCO1 isoform 1
分子量 formula_weight	13532.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ENEDFCSACNQSGSFLCCDTCPKSFHFLCLDPPIDPNNLPKGDWHCNECKFKIFINNSMATLKKIESNFIKQNNNVKIFAKLLFNIDSHNPKQFQLPNYIKETFPAVKTGSRGQYSDE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H3
分子量 formula_weight	705.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

ARTKQT

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	295

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	82.513 Å
晶胞边长 b length_b	75.546 Å
晶胞边长 c length_c	73.421 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	114.19 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.620 Å
最低分辨率 resolution_low	28.237 Å
R 因子 r_factor	0.1684
R_work r_work	0.1674
R_free r_free	0.1879

fit	/app/data/saxs_computation/i3/8i3f/8i3f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i3/8i3f/8i3f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i3/8i3f/8i3f.dat

Crystal structure of Rco1-Eaf3 with peptide of histone H3 N-terminal

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromatin modification-related protein EAF3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RCO1 isoform 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)