8i8r

Cryo-EM Structure of OmpC3-MlaA Complex in MSP2N2 Nanodiscs

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 122.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane porin C

Escherichia coli K-12

UniProt P06996

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 22–367 链 B; UniProt 22–367 链 C; UniProt 22–367 未记录 Intermembrane phospholipid transport system lipoprotein MlaA × 1 (P76506) KDL (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-carboxy-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(3~{R})-3-dodecanoyloxytetradecanoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]amino]-4-[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradecanoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]-5-oxidanyl-oxan-4-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8;Tris-buffered saline (TBS) buffer (20 mM Tris HCl pH 8.0, 150 mM NaCl) cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.93 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 OMPC_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–346; UniProt 22–367 作者链 B; PDB构建体 1–346; UniProt 22–367 作者链 C; PDB构建体 1–346; UniProt 22–367

Intermembrane phospholipid transport system lipoprotein MlaA

Escherichia coli K-12

UniProt P76506

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 18–251 突变:Q205C Outer membrane porin C × 3 (P06996) KDL (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-carboxy-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(3~{R})-3-dodecanoyloxytetradecanoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]amino]-4-[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradecanoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]-5-oxidanyl-oxan-4-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8;Tris-buffered saline (TBS) buffer (20 mM Tris HCl pH 8.0, 150 mM NaCl) cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.93 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MLAA_ECOLI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–234; UniProt 18–251

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8i8r

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8i8r
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8i8r
沉积日期 deposition_date2023-02-05
结构标题 titleCryo-EM Structure of OmpC3-MlaA Complex in MSP2N2 Nanodiscs
关键词 keywordsbacteria, outer membrane, phospholipid, lipid asymmetry, membrane protein, protein complex structure, channel, LIPID TRANSPORT; LIPID TRANSPORT
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.63
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.60
零角强度 I(0) i0325063000.00
分子量 molecular_weight143470.0 kDa
排除体积 excluded_volume178280 ų
包络体积 envelope_volume241800 ų
水化壳体积 shell_volume56086 ų
包络直径 envelope_diameter130.9
壳层 Rg shell_rg42.33
包络 Rg envelope_rg35.70
形状 Rg shape_rg35.60
总 Rg total_rg36.06
总原子数 total_atoms10151
残基数 n_residues1232
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax122.8
Rg (实空间) rg_real35.66
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.11
I(0) (实空间) i0_real3.2510e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.7980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.64
I(0) (倒空间) i0_reciprocal325100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8468
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary41.9
偏度 Skewness skewness0.464
峰度 Kurtosis kurtosis0.110
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha41220000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.743; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.779

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)