8iq0

Crystal structure of hydrogen sulfide-bound superoxide dismutase in oxidized state

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 128.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Superoxide dismutase [Cu-Zn]

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–152 链 B； UniProt 2–152	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25%PEG4000, 150mM ammonium sulfate and 100 mM MES	分辨率 1.88 Å R-free 0.244
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 2–152 链 D； UniProt 2–152	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25%PEG4000, 150mM ammonium sulfate and 100 mM MES	分辨率 1.88 Å R-free 0.244
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 2–152 链 F； UniProt 2–152	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25%PEG4000, 150mM ammonium sulfate and 100 mM MES	分辨率 1.88 Å R-free 0.244
4	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 2–152 链 H； UniProt 2–152	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25%PEG4000, 150mM ammonium sulfate and 100 mM MES	分辨率 1.88 Å R-free 0.244
5	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 2–152 链 J； UniProt 2–152	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25%PEG4000, 150mM ammonium sulfate and 100 mM MES	分辨率 1.88 Å R-free 0.244
6	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 2–152 链 L； UniProt 2–152	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25%PEG4000, 150mM ammonium sulfate and 100 mM MES	分辨率 1.88 Å R-free 0.244
7	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 2–152 链 N； UniProt 2–152	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 H2S HYDROSULFURIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25%PEG4000, 150mM ammonium sulfate and 100 mM MES	分辨率 1.88 Å R-free 0.244
8	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 O； UniProt 2–152 链 P； UniProt 2–152	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25%PEG4000, 150mM ammonium sulfate and 100 mM MES	分辨率 1.88 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8IQ0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CB4 CRYSTAL STRUCTURE OF COPPER, ZINC SUPEROXIDE DISMUTASE 提交 1999-02-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–152（151 aa）链 B 2–152（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；277 K；pH 6.00, temperature 277.00K	分辨率 2.30 Å R-free 0.228
1CBJ CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE SUPEROXIDE DISMUTASE CRYSTAL. 提交 1999-02-26	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–152（151 aa）链 B 2–152（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 1.65 Å R-free 0.228
1COB CRYSTAL STRUCTURE SOLUTION AND REFINEMENT OF THE SEMISYNTHETIC COBALT SUBSTITUTED BOVINE ERYTHROCYTE ENZYME SUPEROXIDE DISMUTASE AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-02-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–151（151 aa）链 B 1–151（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 CO COBALT (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1E9O Crystal structure of bovine SOD - 1 of 3 提交 2000-10-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–151（151 aa）链 B 1–151（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；PEG-4000, NACL, pH 4.00	分辨率 1.85 Å R-free 0.230
1E9P Crystal structure of bovine Cu, Zn SOD to 1.7 Angstrom (3 of 3) 提交 2000-10-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–151（151 aa）链 B 1–151（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 1.70 Å R-free 0.202
1E9Q Crystal structure of bovine Cu Zn SOD - (1 of 3) 提交 2000-10-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–151（151 aa）链 B 1–151（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 1.75 Å R-free 0.205
1Q0E Atomic resolution (1.15 ) crystal structure of bovine copper, zinc superoxide dismutase 提交 2003-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–151（151 aa）片段：Copper, Zinc Superoxide Dismutase	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；15 % PEG-4000, 50 mM glycyl-glycine , 100 mM NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.15 Å R-free 0.166
1Q0E Atomic resolution (1.15 ) crystal structure of bovine copper, zinc superoxide dismutase 提交 2003-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–151（151 aa）片段：Copper, Zinc Superoxide Dismutase	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；15 % PEG-4000, 50 mM glycyl-glycine , 100 mM NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.15 Å R-free 0.166
1SDA CRYSTAL STRUCTURE OF PEROXYNITRITE-MODIFIED BOVINE CU,ZN SUPEROXIDE DISMUTASE 提交 1993-01-13	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 1–151（151 aa）链 Y 1–151（151 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1SDA CRYSTAL STRUCTURE OF PEROXYNITRITE-MODIFIED BOVINE CU,ZN SUPEROXIDE DISMUTASE 提交 1993-01-13	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–151（151 aa）链 G 1–151（151 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1SXA CRYSTAL STRUCTURE OF REDUCED BOVINE ERYTHROCYTE SUPEROXIDE DISMUTASE AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-03-17	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–151（151 aa）链 B 1–151（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1SXB CRYSTAL STRUCTURE OF REDUCED BOVINE ERYTHROCYTE SUPEROXIDE DISMUTASE AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-03-17	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–151（151 aa）链 B 1–151（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1SXC CRYSTAL STRUCTURE OF REDUCED BOVINE ERYTHROCYTE SUPEROXIDE DISMUTASE AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-03-17	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–151（151 aa）链 B 1–151（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1SXN REDUCED BOVINE SUPEROXIDE DISMUTASE AT PH 5.0 提交 1997-09-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–151（151 aa）链 B 1–151（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 excess nitrogen atmosphere；pH 5；20 % PEG6K, 20MM HEPES PH 5.0, SODIUM DITHIONITE (EXCESS), NITROGEN ATMOSPHERE, excess nitrogen atmosphere	分辨率 1.90 Å
1SXS Reduced bovine superoxide dismutase at pH 5.0 complexed with thiocyanate 提交 1998-09-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–151（151 aa）链 B 1–151（151 aa）	未记录	SCN THIOCYANATE ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 excess nitrogen atmosphere；pH 5；20 % PEG6K, 20MM HEPES, 100MM NASCN, PH 5.0, SODIUM DITHIONITE (EXCESS), NITROGEN ATMOSPHERE, excess nitrogen atmosphere	分辨率 2.00 Å
1SXZ Reduced bovine superoxide dismutase at pH 5.0 complexed with azide 提交 1998-09-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–151（151 aa）链 B 1–151（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 AZI AZIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 excess nitrogen atmosphere；pH 5；20 % PEG6K, 20MM HEPES PH 5.0, SODIUM DITHIONITE (EXCESS), NITROGEN ATMOSPHERE, excess nitrogen atmosphere	分辨率 2.05 Å
2AEO Crystal structure of cisplatinated bovine Cu,Zn superoxide dismutase 提交 2005-07-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–151（151 aa）链 B 1–151（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 4 ZN ZINC ION × 4 CPT Cisplatin × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；50mM Tris HCl, 18% PEG 4000, 20% 2-propanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.236
2SOD DETERMINATION AND ANALYSIS OF THE 2 ANGSTROM STRUCTURE OF COPPER, ZINC SUPEROXIDE DISMUTASE 提交 1980-03-25	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 1–151（151 aa）链 Y 1–151（151 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
2SOD DETERMINATION AND ANALYSIS OF THE 2 ANGSTROM STRUCTURE OF COPPER, ZINC SUPEROXIDE DISMUTASE 提交 1980-03-25	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–151（151 aa）链 G 1–151（151 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
2Z7U Crystal Structure of H2O2 treated Cu,Zn-SOD 提交 2007-08-28	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–152（151 aa）链 B 2–152（151 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；295 K；20% (w/v) PEG 4000, 20% (w/v) iso-propanol, 0.09M MES, 1mM EDTA, pH 6.4-6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.10 Å R-free 0.238
2Z7W Crystal Structure of H2O2 treated Cu,Zn-SOD 提交 2007-08-29	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–152（151 aa）链 B 2–152（151 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；295 K；20% (w/v) PEG 4000, 20% (w/v) iso-propanol, 0.09M MES, 1mM EDTA, pH 6.4-6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
2Z7Y Crystal Structure of H2O2 treated Cu,Zn-SOD 提交 2007-08-30	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–152（151 aa）链 B 2–152（151 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；295 K；20% (w/v) PEG 4000, 20% (w/v) iso-propanol, 0.09M MES, 1mM EDTA, pH 6.4-6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.55 Å R-free 0.210
2Z7Z Crystal Structure of H2O2 treated Cu,Zn-SOD 提交 2007-08-30	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–152（151 aa）链 B 2–152（151 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；295 K；20% (w/v) PEG 4000, 20% (w/v) iso-propanol, 0.09M MES, 1mM EDTA, pH 6.4-6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.85 Å R-free 0.228
2ZOW Crystal Structure of H2O2 treated Cu,Zn-SOD 提交 2008-06-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–152（151 aa）链 B 2–152（151 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CU1 COPPER (I) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；295 K；20% (w/v) PEG 4000, 20% (w/v) iso-propanol, 0.09M MES, 1mM EDTA, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.45 Å R-free 0.221
3HW7 High pressure (0.57 GPa) crystal structure of bovine copper, zinc superoxide dismutase at 2.0 angstroms 提交 2009-06-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–152（151 aa）链 B 2–152（151 aa）	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.218
3SOD CHANGES IN CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE AND THERMOSTABILITY OF A CU,ZN SUPEROXIDE DISMUTASE MUTANT RESULTING FROM THE REMOVAL OF BURIED CYSTEINE 提交 1990-06-26	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 1–151（151 aa）链 Y 1–151（151 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
3SOD CHANGES IN CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE AND THERMOSTABILITY OF A CU,ZN SUPEROXIDE DISMUTASE MUTANT RESULTING FROM THE REMOVAL OF BURIED CYSTEINE 提交 1990-06-26	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–151（151 aa）链 G 1–151（151 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
8IQ1 Crystal structure of hydrogen sulfide-bound superoxide dismutase in reduced state 提交 2023-03-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–152（151 aa）链 B 2–152（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 H2S HYDROSULFURIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG 4000, 150 mM amimonium sulfate and 100 mM MES, pH 5.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.217
8IQ1 Crystal structure of hydrogen sulfide-bound superoxide dismutase in reduced state 提交 2023-03-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–152（151 aa）链 D 2–152（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG 4000, 150 mM amimonium sulfate and 100 mM MES, pH 5.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.217
8IQ1 Crystal structure of hydrogen sulfide-bound superoxide dismutase in reduced state 提交 2023-03-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2–152（151 aa）链 F 2–152（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG 4000, 150 mM amimonium sulfate and 100 mM MES, pH 5.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.217
8IQ1 Crystal structure of hydrogen sulfide-bound superoxide dismutase in reduced state 提交 2023-03-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 2–152（151 aa）链 H 2–152（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 H2S HYDROSULFURIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG 4000, 150 mM amimonium sulfate and 100 mM MES, pH 5.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.217

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UniProt名称	SODC_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–151； UniProt 2–152 作者链 B； PDB构建体 1–151； UniProt 2–152 作者链 C； PDB构建体 1–151； UniProt 2–152 作者链 D； PDB构建体 1–151； UniProt 2–152 作者链 E； PDB构建体 1–151； UniProt 2–152 作者链 F； PDB构建体 1–151； UniProt 2–152 作者链 G； PDB构建体 1–151； UniProt 2–152 作者链 H； PDB构建体 1–151； UniProt 2–152 作者链 I； PDB构建体 1–151； UniProt 2–152 作者链 J； PDB构建体 1–151； UniProt 2–152 作者链 K； PDB构建体 1–151； UniProt 2–152 作者链 L； PDB构建体 1–151； UniProt 2–152 作者链 M； PDB构建体 1–151； UniProt 2–152 作者链 N； PDB构建体 1–151； UniProt 2–152 作者链 O； PDB构建体 1–151； UniProt 2–152 作者链 P； PDB构建体 1–151； UniProt 2–152

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8iq0
沉积日期 deposition_date	2023-03-15
结构标题 title	Crystal structure of hydrogen sulfide-bound superoxide dismutase in oxidized state
关键词 keywords	dimer, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.29 Å
零角强度 I(0) i0	1025850000.00
分子量 molecular_weight	246770.0 kDa
排除体积 excluded_volume	301890 Å³
包络体积 envelope_volume	417400 Å³
水化壳体积 shell_volume	81512 Å³
包络直径 envelope_diameter	132.8 Å
壳层 Rg shell_rg	49.19 Å
包络 Rg envelope_rg	39.98 Å
形状 Rg shape_rg	41.31 Å
总 Rg total_rg	41.59 Å
总原子数 total_atoms	17219
残基数 n_residues	2401
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	128.4 Å
Rg (实空间) rg_real	41.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0260e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7370e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1026000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8880
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	50.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.064
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.469
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	47660000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.902; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.955; Smooth: 0.881

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Superoxide dismutase [Cu-Zn]
分子量 formula_weight	15573.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.15.1.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P
原子数 atom_count	18883

ATKAVCVLKGDGPVQGTIHFEAKGDTVVVTGSITGLTEGDHGFHVHQFGDNTQGCTSAGPHFNPLSKKHGGPKDEERHVGDLGNVTADKNGVAIVDIVDPLISLSGEYSIIGRTMVVHEKPDDLGRGGNEESTKTGNAGSRLACGVIGIAK

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	HYDROSULFURIC ACID
分子量 formula_weight	34.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1643

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	8iq0A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain

结构域编号 domain_id	8iq0B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain

结构域编号 domain_id	8iq0C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain

结构域编号 domain_id	8iq0D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain

结构域编号 domain_id	8iq0E01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain

结构域编号 domain_id	8iq0F01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain

结构域编号 domain_id	8iq0G01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain

结构域编号 domain_id	8iq0H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain

结构域编号 domain_id	8iq0I01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain

结构域编号 domain_id	8iq0J01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain

结构域编号 domain_id	8iq0K01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain

结构域编号 domain_id	8iq0L01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain

结构域编号 domain_id	8iq0M01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain

结构域编号 domain_id	8iq0N01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain

结构域编号 domain_id	8iq0O01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain

结构域编号 domain_id	8iq0P01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.348 Å
晶胞边长 b length_b	91.474 Å
晶胞边长 c length_c	91.164 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	85.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	78.06 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	66.76 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	1.880 Å
最低分辨率 resolution_low	30.680 Å
R 因子 r_factor	0.2031
R_work r_work	0.2009
R_free r_free	0.2445

fit	/app/data/saxs_computation/iq/8iq0/8iq0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/iq/8iq0/8iq0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/iq/8iq0/8iq0.dat