8iwx

Cryo-EM structure of unprotonated LHCII in detergent solution at high pH value

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 90.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8iwx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8iwx
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8iwx
沉积日期 deposition_date2023-03-31
结构标题 titleCryo-EM structure of unprotonated LHCII in detergent solution at high pH value
关键词 keywordsLHCII, Light-harvesting complex, Photosystem II, PLANT PROTEIN; PLANT PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.77
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.64
零角强度 I(0) i0111451000.00
分子量 molecular_weight115130.0 kDa
排除体积 excluded_volume156360 ų
包络体积 envelope_volume174800 ų
水化壳体积 shell_volume47621 ų
包络直径 envelope_diameter92.2
壳层 Rg shell_rg38.32
包络 Rg envelope_rg28.82
形状 Rg shape_rg28.63
总 Rg total_rg29.91
总原子数 total_atoms8238
残基数 n_residues654
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax90.7
Rg (实空间) rg_real30.48
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39
I(0) (实空间) i0_real1.1150e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6640e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.60
I(0) (倒空间) i0_reciprocal111500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8942
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary42.7
偏度 Skewness skewness-0.075
峰度 Kurtosis kurtosis-0.473
角度范围 angular_range— – 0.2550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8666000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.964

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (7)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id8iwxG01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology3460 — Chlorophyll a-b binding protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Chlorophyll a/b binding protein domain
结构域编号 domain_id8iwxN01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology3460 — Chlorophyll a-b binding protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Chlorophyll a/b binding protein domain
结构域编号 domain_id8iwxY01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology3460 — Chlorophyll a-b binding protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Chlorophyll a/b binding protein domain

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)