SAXSdb — 8j8v

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-arrestin-2

Bos taurus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–420 链 F； UniProt 1–420	突变：C17G,C60V,L69V,C126S,C141L,C151V,C243V,C252V,C270S,L278F,S280A	Fab30 Heavy Chain × 2 Fab30 Light Chain × 2 Atypical chemokine receptor 2 × 2 （O00590）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Blotted for 3 seconds before plunging.	分辨率 3.22 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8J8V	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5TV1 active arrestin-3 with inositol hexakisphosphate 提交 2016-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 8–393（386 aa）片段：UNP residues 8-393	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 6 GOL GLYCEROL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；100 mM Succinate/Phosphate/Glycine pH 8.5 and 25% PEG 1500	分辨率 2.40 Å R-free 0.245
8GO9 Structure of beta-arrestin2 in complex with a phosphopeptide corresponding to the human Atypical chemokine receptor 2, ACKR2 (D6R) 提交 2022-08-24	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–420（420 aa）链 F 1–420（420 aa）	突变：C17G,C66V,L69C,C126S,C141L,C151V,C243V,C252V,C270S,L278F,S280A 突变：C17G,C66V,L69C,C126S,C141L,C151V,C243V,C252V,C270S,L278F,S280A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blotted for 3 seconds before plunging.	分辨率 3.35 Å
8GOC Structure of beta-arrestin2 in complex with a phosphopeptide corresponding to the human Vasopressin V2 receptor, V2R 提交 2022-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–420（420 aa）链 B 1–420（420 aa）链 C 1–420（420 aa）	突变：C17G,C66V,L69C,C126S,C141L,C151V,C243V,C252V,C270S,L278F,S280A 突变：C17G,C66V,L69C,C126S,C141L,C151V,C243V,C252V,C270S,L278F,S280A 突变：C17G,C66V,L69C,C126S,C141L,C151V,C243V,C252V,C270S,L278F,S280A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blotted for 3 seconds before plunging.	分辨率 4.18 Å
8GOO Structure of beta-arrestin2 in complex with a phosphopeptide corresponding to the human C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1, C5aR1 提交 2022-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–420（420 aa）链 B 1–420（420 aa）链 C 1–420（420 aa）	突变：C17G,C66V,L69C,C126S,C141L,C151V,C243V,C252V,C270S,L278F,S280A 突变：C17G,C66V,L69C,C126S,C141L,C151V,C243V,C252V,C270S,L278F,S280A 突变：C17G,C66V,L69C,C126S,C141L,C151V,C243V,C252V,C270S,L278F,S280A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blotted for 3 seconds before plunging.	分辨率 4.40 Å
8I0Z Structure of beta-arrestin2 in complex with a phosphopeptide corresponding to the human C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1, C5aR1 (Local refine) 提交 2023-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–420（420 aa）链 B 1–420（420 aa）链 C 1–420（420 aa）	突变：C17G,C60V,L69V,C126S,C141L,C151V,C243V,C252V,C270S,L278F,S280A 突变：C17G,C60V,L69V,C126S,C141L,C151V,C243V,C252V,C270S,L278F,S280A 突变：C17G,C60V,L69V,C126S,C141L,C151V,C243V,C252V,C270S,L278F,S280A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blotted for 3 seconds before plunging.	分辨率 4.33 Å
8I10 Structure of beta-arrestin2 in complex with a phosphopeptide corresponding to the human Vasopressin V2 receptor, V2R (Local refine) 提交 2023-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–420（420 aa）链 B 1–420（420 aa）链 C 1–420（420 aa）	突变：C17G,C60V,L69V,C126S,C141L,C151V,C243V,C252V,C270S,L278F,S280A 突变：C17G,C60V,L69V,C126S,C141L,C151V,C243V,C252V,C270S,L278F,S280A 突变：C17G,C60V,L69V,C126S,C141L,C151V,C243V,C252V,C270S,L278F,S280A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blotted for 3 seconds before plunging.	分辨率 3.96 Å
8J8R Structure of beta-arrestin2 in complex with M2Rpp 提交 2023-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–420（420 aa）链 B 1–420（420 aa）链 C 1–420（420 aa）	突变：C17G,C60V,L69V,C126S,C141L,C151V,C243V,C252V,C270S,L278F,S280A 突变：C17G,C60V,L69V,C126S,C141L,C151V,C243V,C252V,C270S,L278F,S280A 突变：C17G,C60V,L69V,C126S,C141L,C151V,C243V,C252V,C270S,L278F,S280A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8TIL Human ACKR3 phosphorylated by GRK5 in complex with Arrestin3 reconstructed without receptor/micelle 提交 2023-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–392（392 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8TIN Human ACKR3 phosphorylated by GRK2 in complex with Arrestin3 reconstructed without receptor/micelle 提交 2023-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–392（392 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8VJ9 CryoEM structure of human ACKR3 phosphorylated by GRK5 in complex with Arrestin3 variant with the C edge loop from Arrestin2 inserted 提交 2024-01-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–392（392 aa）片段：Arrestin3 variant with the C edge loop from Arrestin2 inserted	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9KY2 Structure of beta-arrestin2 in complex with mouse C5aR1pp 提交 2024-12-07	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–420（420 aa）链 F 1–420（420 aa）	突变：C17G,C60V,L69V,C126S,C141L,C151V,C243V,C252V,C270S,L278F,S280A 突变：C17G,C60V,L69V,C126S,C141L,C151V,C243V,C252V,C270S,L278F,S280A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.78 Å

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARRB2_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–420； UniProt 1–420 作者链 F； PDB构建体 1–420； UniProt 1–420

Atypical chemokine receptor 2

物种未注明

UniProt O00590

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 338–355 链 H； UniProt 338–355	片段：C-terminal tail 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Beta-arrestin-2 × 2 （P32120） Fab30 Heavy Chain × 2 Fab30 Light Chain × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Blotted for 3 seconds before plunging.	分辨率 3.22 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8J8V	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8GO9 Structure of beta-arrestin2 in complex with a phosphopeptide corresponding to the human Atypical chemokine receptor 2, ACKR2 (D6R) 提交 2022-08-24	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 G 338–355（18 aa）链 H 338–355（18 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blotted for 3 seconds before plunging.	分辨率 3.35 Å
8J8Z Structure of beta-arrestin1 in complex with D6Rpp 提交 2023-05-02	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 U 338–355（18 aa）片段：C-terminal tail 链 V 338–355（18 aa）片段：C-terminal tail	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACKR2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–18； UniProt 338–355 作者链 H； PDB构建体 1–18； UniProt 338–355

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8j8v
沉积日期 deposition_date	2023-05-02
结构标题 title	Structure of beta-arrestin2 in complex with D6Rpp (Local Refine)
关键词 keywords	GPCR, Arrestin, SIGNALING PROTEIN, SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; SIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.19 Å
零角强度 I(0) i0	274633000.00
分子量 molecular_weight	133950.0 kDa
排除体积 excluded_volume	167490 Å³
包络体积 envelope_volume	235630 Å³
水化壳体积 shell_volume	51536 Å³
包络直径 envelope_diameter	140.0 Å
壳层 Rg shell_rg	43.16 Å
包络 Rg envelope_rg	39.56 Å
形状 Rg shape_rg	40.18 Å
总 Rg total_rg	40.39 Å
总原子数 total_atoms	9437
残基数 n_residues	1191
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.1 Å
Rg (实空间) rg_real	40.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7460e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	274600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8750
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	44.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.401
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.419
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21920000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.952; Smooth: 0.802

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Beta-arrestin-2
分子量 formula_weight	47217.7 kDa
突变 mutation	C17G,C60V,L69V,C126S,C141L,C151V,C243V,C252V,C270S,L278F,S280A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F
原子数 atom_count	9437

MGEKPGTRVFKKSSPNGKLTVYLGKRDFVDHLDKVDPVDGVVLVDPDYLKDRKVFVTLTVAFRYGREDCDVLGLSFRKDLFIANYQAFPPTPNPPRPPTRLQERLLRKLGQHAHPFFFTIPQNLPSSVTLQPGPEDTGKALGVDFEIRAFVAKSLEEKSHKRNSVRLVIRKVQFAPEKPGPQPSAETTRHFLMSDRSLHLEASLDKELYYHGEPLNVNVHVTNNSTKTVKKIKVSVRQYADIVLFSTAQYKVPVAQVEQDDQVSPSSTFSKVYTITPFLANNREKRGLALDGKLKHEDTNLASSTIVKEGANKEVLGILVSYRVKVKLVVSRGGDVSVELPFVLMHPKPHDHIALPRPQSAATHPPTLLPSAVPETDAPVDTNLIEFETNYATDDDIVFEDFARLRLKGLKDEDYDDQFC

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Fab30 Heavy Chain
分子量 formula_weight	25512.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

EISEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNVYSSSIHWVRQAPGKGLEWVASISSYYGYTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARSRQFWYSGLDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Fab30 Light Chain
分子量 formula_weight	23435.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,E

SDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYKYVPVTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDSQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Atypical chemokine receptor 2
分子量 formula_weight	2352.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

GTAQASLSSCSESSILTA

▶

8. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	3.22 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	83459

fit	/app/data/saxs_computation/j8/8j8v/8j8v.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j8/8j8v/8j8v.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j8/8j8v/8j8v.dat

Structure of beta-arrestin2 in complex with D6Rpp (Local Refine)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-arrestin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Atypical chemokine receptor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)