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8j9b

LnaB-actin binary complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 193.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin gamma 1

物种未注明

UniProt A0A8C6VAB1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明：20-meric（20） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–375 链 B； UniProt 1–375 链 C； UniProt 1–375 链 D； UniProt 1–375 链 E； UniProt 1–375 链 F； UniProt 1–375 未记录 Type IV secretion protein Dot × 8 （A0AA44XJB8） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；289 K；PEG4000,Sodium HEPES,Ammonnium sulfate 分辨率 3.42 Å R-free 0.298

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8J9B Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8K6E LnaB-Actin-PRUb ternary complex 提交 2023-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–375（375 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；PEG 8000; Sodium chloride; Sodium HEPES
分辨率 2.74 Å R-free 0.245
8K6F LnaB-Actin-PRUb ternary complex 提交 2023-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–375（375 aa）
链 B 1–375（375 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；PEG8000, Sodium Choride, Sodium HEPES
分辨率 3.41 Å R-free 0.243
8K6I LnaB-Actin-PRUb ternary complex 提交 2023-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–375（375 aa）
链 B 1–375（375 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；Sodium Chloride, PEG8000, HEPES
分辨率 3.19 Å R-free 0.315
8K6R LnaB-Actin-PRUb ternary complex in the presence of AMPPNP 提交 2023-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–375（375 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；Sodium Chloride, Sodium HEPES, PEG8000
分辨率 2.76 Å R-free 0.261
8K6V LnaB-Actin-PRUb ternary complex 提交 2023-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–375（375 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；Magnesium acetate, MOPS, PEG8000
分辨率 2.60 Å R-free 0.307

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A8C6VAB1_NAJNA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–375； UniProt 1–375 作者链 B； PDB构建体 1–375； UniProt 1–375 作者链 C； PDB构建体 1–375； UniProt 1–375 作者链 D； PDB构建体 1–375； UniProt 1–375 作者链 E； PDB构建体 1–375； UniProt 1–375 作者链 F； PDB构建体 1–375； UniProt 1–375

Type IV secretion protein Dot

Legionella pneumophila

UniProt A0AA44XJB8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明：20-meric（20） 与蛋白拷贝数一致 链 H； UniProt 1–441 链 I； UniProt 1–441 链 J； UniProt 1–441 链 K； UniProt 1–441 未记录 Actin gamma 1 × 12 （A0A8C6VAB1） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；289 K；PEG4000,Sodium HEPES,Ammonnium sulfate 分辨率 3.42 Å R-free 0.298

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0AA44XJB8_LEGPN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 H； PDB构建体 1–441； UniProt 1–441 作者链 I； PDB构建体 1–441； UniProt 1–441 作者链 J； PDB构建体 1–441； UniProt 1–441 作者链 K； PDB构建体 1–441； UniProt 1–441

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8j9b

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8j9b
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8j9b
沉积日期 deposition_date2023-05-03
结构标题 titleLnaB-actin binary complex
关键词 keywordsLegionella, AMPylation, Actin, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier63.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron63.14 Å
零角强度 I(0) i01972960000.00
分子量 molecular_weight381020.0 kDa
排除体积 excluded_volume479110 ų
包络体积 envelope_volume800210 ų
水化壳体积 shell_volume104640 ų
包络直径 envelope_diameter188.2 Å
壳层 Rg shell_rg69.43 Å
包络 Rg envelope_rg58.91 Å
形状 Rg shape_rg63.16 Å
总 Rg total_rg63.20 Å
总原子数 total_atoms26804
残基数 n_residues3374
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax193.3 Å
Rg (实空间) rg_real63.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.36 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9730e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8360e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal64.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1976000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8197
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary92.8 Å
偏度 Skewness skewness-0.141
峰度 Kurtosis kurtosis-0.588
角度范围 angular_range— – 0.1250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha58760000.0000
实空间数据点数 n_real_points26
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)