SAXSdb — 8jak

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jak
沉积日期 deposition_date	2023-05-06
结构标题 title	Human MCC in MCCU state
关键词 keywords	MCC, Mitochondria, CYTOSOLIC PROTEIN; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	69.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	68.74 Å
零角强度 I(0) i0	8878970000.00
分子量 molecular_weight	792310.0 kDa
排除体积 excluded_volume	989940 Å³
包络体积 envelope_volume	1537400 Å³
水化壳体积 shell_volume	184450 Å³
包络直径 envelope_diameter	244.9 Å
壳层 Rg shell_rg	71.01 Å
包络 Rg envelope_rg	68.29 Å
形状 Rg shape_rg	68.70 Å
总 Rg total_rg	68.92 Å
总原子数 total_atoms	55668
残基数 n_residues	7182
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	213.7 Å
Rg (实空间) rg_real	69.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.8720e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7590e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	68.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8867000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8208
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	74.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.540
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.075
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0018
最高正则化参数 α highest_alpha	1017000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.858; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.107

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial
分子量 formula_weight	61406.0 kDa
EC 编号 ec_number	6.4.1.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,B,D,H,J,L
原子数 atom_count	55668

MWAVLRLALRPCARASPAGPRAYHGDSVASLGTQPDLGSALYQENYKQMKALVNQLHERVEHIKLGGGEKARALHISRGKLLPRERIDNLIDPGSPFLELSQFAGYQLYDNEEVPGGGIITGIGRVSGVECMIIANDATVKGGAYYPVTVKKQLRAQEIAMQNRLPCIYLVDSGGAYLPRQADVFPDRDHFGRTFYNQAIMSSKNIAQIAVVMGSCTAGGAYVPAMADENIIVRKQGTIFLAGPPLVKAATGEEVSAEDLGGADLHCRKSGVSDHWALDDHHALHLTRKVVRNLNYQKKLDVTIEPSEEPLFPADELYGIVGANLKRSFDVREVIARIVDGSRFTEFKAFYGDTLVTGFARIFGYPVGIVGNNGVLFSESAKKGTHFVQLCCQRNIPLLFLQNITGFMVGREYEAEGIAKDGAKMVAAVACAQVPKITLIIGGSYGAGNYGMCGRAYSPRFLYIWPNARISVMGGEQAANVLATITKDQRAREGKQFSSADEAALKEPIIKKFEEEGNPYYSSARVWDDGIIDPADTRLVLGLSFSAALNAPIEKTDFGIFRM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Methylcrotonoyl-CoA carboxylase subunit alpha, mitochondrial
分子量 formula_weight	80584.0 kDa
EC 编号 ec_number	6.4.1.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,G,F,I,K

MAAASAVSVLLVAAERNRWHRLPSLLLPPRTWVWRQRTMKYTTATGRNITKVLIANRGEIACRVMRTAKKLGVQTVAVYSEADRNSMHVDMADEAYSIGPAPSQQSYLSMEKIIQVAKTSAAQAIHPGCGFLSENMEFAELCKQEGIIFIGPPPSAIRDMGIKSTSKSIMAAAGVPVVEGYHGEDQSDQCLKEHARRIGYPVMIKAVRGGGGKGMRIVRSEQEFQEQLESARREAKKSFNDDAMLIEKFVDTPRHVEVQVFGDHHGNAVYLFERDCSVQRRHQKIIEEAPAPGIKSEVRKKLGEAAVRAAKAVNYVGAGTVEFIMDSKHNFCFMEMNTRLQVEHPVTEMITGTDLVEWQLRIAAGEKIPLSQEEITLQGHAFEARIYAEDPSNNFMPVAGPLVHLSTPRADPSTRIETGVRQGDEVSVHYDPMIAKLVVWAADRQAALTKLRYSLRQYNIVGLHTNIDFLLNLSGHPEFEAGNVHTDFIPQHHKQLLLSRKAAAKESLCQAALGLILKEKAMTDTFTLQAHDQFSPFSSSSGRRLNISYTRNMTLKDGKNNVAIAVTYNHDGSYSMQIEDKTFQVLGNLYSEGDCTYLKCSVNGVASKAKLIILENTIYLFSKEGSIEIDIPVPKYLSSVSSQETQGGPLAPMTGTIEKVFVKAGDKVKAGDSLMVMIAMKMEHTIKSPKDGTVKKVFYREGAQANRHTPLVEFEEEESDKRESE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 non-polymer

描述 description	5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL
分子量 formula_weight	228.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.52 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	63281

fit	/app/data/saxs_computation/ja/8jak/8jak.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ja/8jak/8jak.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ja/8jak/8jak.dat

Human MCC in MCCU state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)