8jba

Discovery and Crystallography Study of Novel Oxadiazole Analogs as Small Molecule PD-1/PD-L1 inhibitors

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 68.3 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Programmed cell death 1 ligand 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 18–134 链 B； UniProt 18–134	未记录	AU9 (2~{S})-2-[[3-[[5-[(2-methyl-3-phenyl-phenoxy)methyl]-1,3,4-oxadiazol-2-yl]sulfanylmethyl]phenyl]methylamino]-3-oxidanyl-propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；Tris, Potassium sodium tartrate tetrahydrate	分辨率 2.60 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8JBA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
13FL Structure of FabS1CE2_P2a in complex with the N-terminal domain of PD-L1 提交 2026-05-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 19–132（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.22 Å R-free 0.239
3BIK Crystal Structure of the PD-1/PD-L1 Complex 提交 2007-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–239（222 aa）片段：EXTRACELLULAR REGION	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；20% PEG 3350, 200MM NH4H2PO4, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.65 Å R-free 0.268
3BIS Crystal Structure of the PD-L1 提交 2007-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–239（222 aa）片段：EXTRACELLULAR REGION	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；20% PEG 3350, 0.1 M NaCacodylate, 0.2 M ammonium formate or ammonium fluoride, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.64 Å R-free 0.292
3BIS Crystal Structure of the PD-L1 提交 2007-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 18–239（222 aa）片段：EXTRACELLULAR REGION	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；20% PEG 3350, 0.1 M NaCacodylate, 0.2 M ammonium formate or ammonium fluoride, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.64 Å R-free 0.292
3FN3 Dimeric Structure of PD-L1 提交 2008-12-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 19–238（220 aa）片段：extracellular domain 链 B 19–238（220 aa）片段：extracellular domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；15% PEG 3350 (w/v), 0.2M ammonium acetate (NH4Ac), 0.1M BIS-Tris pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.296
3SBW Crystal structure of the complex between the extracellular domains of mouse PD-1 mutant and human PD-L1 提交 2011-06-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 19–239（221 aa）片段：UNP residues 19-239	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277 K；0.1M Sodium citrate pH 5, 20% PEG 8000, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 277K	分辨率 2.28 Å R-free 0.270
4Z18 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PD-L1 提交 2015-03-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 19–239（221 aa）片段：UNP RESIDUES 19-339 链 B 19–239（221 aa）片段：UNP RESIDUES 19-339	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 3350, sodium chloride, hepes	分辨率 1.95 Å R-free 0.246
4ZQK Structure of the complex of human programmed death-1 (PD-1) and its ligand PD-L1. 提交 2015-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–132（115 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；0.1 M BIS-Tris pH 5.5, 1.84 M ammonium sulfate	分辨率 2.45 Å R-free 0.253
5C3T PD-1 binding domain from human PD-L1 提交 2015-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–134（117 aa）片段：UNP residues 18-134	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.15 K；1.84 Na Formate	分辨率 1.80 Å R-free 0.178
5GGT PD-L1 in complex with BMS-936559 Fab 提交 2016-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 18–134（117 aa）片段：UNP residues 18-134	突变：Q57E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M imidazole, pH 9.0, 1.2M sodium citrate	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
5GRJ Crystal structure of human PD-L1 with monoclonal antibody avelumab 提交 2016-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 18–238（221 aa）片段：UNP residues 18-238	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；291 K；0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES-Na, 30%(v/v) iso-Propanol	分辨率 3.21 Å R-free 0.238
5IUS Crystal structure of human PD-L1 in complex with high affinity PD-1 mutant 提交 2016-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 18–239（222 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；293 K；0.1 M bis-TRIS pH 6.4, 17% PEG MME 5000, 2 mM LiCl	分辨率 2.89 Å R-free 0.260
5IUS Crystal structure of human PD-L1 in complex with high affinity PD-1 mutant 提交 2016-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 18–239（222 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；293 K；0.1 M bis-TRIS pH 6.4, 17% PEG MME 5000, 2 mM LiCl	分辨率 2.89 Å R-free 0.260
5J89 Structure of human Programmed cell death 1 ligand 1 (PD-L1) with low molecular mass inhibitor 提交 2016-04-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–134（133 aa）链 D 2–134（133 aa）	未记录	6GX N-{2-[({2-methoxy-6-[(2-methyl[1,1'-biphenyl]-3-yl)methoxy]pyridin-3-yl}methyl)amino]ethyl}acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.01M Tris pH=8.5, 0.3M sodium chloride, 27% (w/v) PEG 4000	分辨率 2.20 Å R-free 0.256
5J89 Structure of human Programmed cell death 1 ligand 1 (PD-L1) with low molecular mass inhibitor 提交 2016-04-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–134（133 aa）链 B 2–134（133 aa）	未记录	6GX N-{2-[({2-methoxy-6-[(2-methyl[1,1'-biphenyl]-3-yl)methoxy]pyridin-3-yl}methyl)amino]ethyl}acetamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.01M Tris pH=8.5, 0.3M sodium chloride, 27% (w/v) PEG 4000	分辨率 2.20 Å R-free 0.256
5J8O Structure of human Programmed cell death 1 ligand 1 (PD-L1) with low molecular mass inhibitor 提交 2016-04-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）链 B 18–134（117 aa）	未记录	6GZ (2R)-1-({3-bromo-4-[(2-methyl[1,1'-biphenyl]-3-yl)methoxy]phenyl}methyl)piperidine-2-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.2 M ammonium formate and 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.305
5JDR Structure of PD-L1 提交 2016-04-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–239（222 aa）片段：UNP RESIDUES 18-239 链 B 18–239（222 aa）片段：UNP RESIDUES 18-239	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；295 K；0.2 M Ammonium Acetate, 20% PEG 3350	分辨率 2.70 Å R-free 0.276
5JDS Crystal structure of PD-L1 complexed with a nanobody at 1.7 Angstron resolution 提交 2016-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–132（115 aa）片段：UNP RESIDUES 18-132	未记录	NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；295 K；2M NaCl, 1.4M (NH4)2SO4	分辨率 1.70 Å R-free 0.204
5N2D Structure of PD-L1/small-molecule inhibitor complex 提交 2017-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–134（133 aa）链 B 2–134（133 aa）链 C 2–134（133 aa）链 D 2–134（133 aa）	未记录	8J8 ~{N}-[2-[[2,6-dimethoxy-4-[(2-methyl-3-phenyl-phenyl)methoxy]phenyl]methylamino]ethyl]ethanamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M magnesium chloride, 30% (w/v) PEG 4000	分辨率 2.35 Å R-free 0.267
5N2F Structure of PD-L1/small-molecule inhibitor complex 提交 2017-02-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）链 B 18–134（117 aa）	未记录	8HW 4-[[4-[[3-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)-2-methyl-phenyl]methoxy]-2,5-bis(fluoranyl)phenyl]methylamino]-3-oxidanylidene-butanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.01 M Tris pH 8.4 , 0.28 M sodium chloride, 27% (w/v) PEG 4000	分辨率 1.70 Å R-free 0.230
5NIU Structure of human Programmed cell death 1 ligand 1 (PD-L1) with low molecular mass inhibitor 提交 2017-03-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）链 B 18–134（117 aa）	未记录	8YZ (2~{R})-2-[[2-[(3-cyanophenyl)methoxy]-4-[[3-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)-2-methyl-phenyl]methoxy]-5-methyl-phenyl]methylamino]-3-oxidanyl-propanoic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Tris pH 8.5 containing 0.2 M magnesium chloride and 30% (w/v) PEG 4000	分辨率 2.01 Å R-free 0.262
5NIU Structure of human Programmed cell death 1 ligand 1 (PD-L1) with low molecular mass inhibitor 提交 2017-03-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 18–134（117 aa）链 D 18–134（117 aa）	未记录	8YZ (2~{R})-2-[[2-[(3-cyanophenyl)methoxy]-4-[[3-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)-2-methyl-phenyl]methoxy]-5-methyl-phenyl]methylamino]-3-oxidanyl-propanoic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Tris pH 8.5 containing 0.2 M magnesium chloride and 30% (w/v) PEG 4000	分辨率 2.01 Å R-free 0.262
5O45 Structure of human PD-L1 in complex with inhibitor 提交 2017-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–134（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M imidazole malate (pH 8.5) 27% PEG 10000	分辨率 0.99 Å R-free 0.137
5O4Y Structure of human PD-L1 in complex with inhibitor 提交 2017-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 18–132（115 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate (pH 5.5), 0.1 M Bis-Tris, 25% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.262
5O4Y Structure of human PD-L1 in complex with inhibitor 提交 2017-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 18–132（115 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate (pH 5.5), 0.1 M Bis-Tris, 25% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.262
5O4Y Structure of human PD-L1 in complex with inhibitor 提交 2017-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 18–132（115 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate (pH 5.5), 0.1 M Bis-Tris, 25% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.262
5X8L PD-L1 in complex with atezolizumab 提交 2017-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 18–134（117 aa）片段：UNP residues 18-134	突变：Q47E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Sodium HEPES pH 7.5, 20% w/v PEG8000	分辨率 3.10 Å R-free 0.256
5X8L PD-L1 in complex with atezolizumab 提交 2017-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 18–134（117 aa）片段：UNP residues 18-134	突变：Q47E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Sodium HEPES pH 7.5, 20% w/v PEG8000	分辨率 3.10 Å R-free 0.256
5X8L PD-L1 in complex with atezolizumab 提交 2017-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 18–134（117 aa）片段：UNP residues 18-134	突变：Q47E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Sodium HEPES pH 7.5, 20% w/v PEG8000	分辨率 3.10 Å R-free 0.256
5X8L PD-L1 in complex with atezolizumab 提交 2017-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 18–134（117 aa）片段：UNP residues 18-134	突变：Q47E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Sodium HEPES pH 7.5, 20% w/v PEG8000	分辨率 3.10 Å R-free 0.256
5X8L PD-L1 in complex with atezolizumab 提交 2017-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 18–134（117 aa）片段：UNP residues 18-134	突变：Q47E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Sodium HEPES pH 7.5, 20% w/v PEG8000	分辨率 3.10 Å R-free 0.256
5X8M PD-L1 in complex with durvalumab 提交 2017-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 18–134（117 aa）片段：UNP residues 18-134	突变：Q47E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% w/v PEG 3350	分辨率 2.66 Å R-free 0.219
5XJ4 Complex structure of durvalumab-scFv/PD-L1 提交 2017-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–238（220 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；291 K；3.5 M sodium formate, pH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.240
5XXY Crystal structure of PD-L1 complexed with atezolizumab fab at 2.9A 提交 2017-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 18–133（116 aa）片段：IgV domain,UNP residues 18-133	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；2M ammonium sulfate, 0.1M Tris PH 7.0	分辨率 2.90 Å R-free 0.295
6L8R membrane-bound PD-L1-CD 提交 2019-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 260–290（31 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM 15N_13C_2H PD-L1-CD, 60 mM DMPG, 85 mM DHPC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM 15N_13C PD-L1-CD, 60 mM 2H DMPG, 85 mM 2H DHPC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM 15N_2H PD-L1-CD, 60 mM POPG, 85 mM 2H DHPC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6NM7 PD-L1 IgV domain bound to fragment 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 19–134（116 aa）链 B 19–134（116 aa）	突变：V76T 突变：V76T	22L 5-phenylthieno[2,3-d]pyrimidin-4(3H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.056 M NaH2PO4, 1.344 M K2HPO4	分辨率 2.43 Å R-free 0.269
6NM8 IgV-V76T BMS compound 105 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 19–134（116 aa）链 B 19–134（116 aa）	突变：V76T 突变：V76T	KSD N-({2,6-dimethoxy-4-[(2-methyl[1,1'-biphenyl]-3-yl)methoxy]phenyl}methyl)-D-alanine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；29% PEG 4000, 0.28 M NaCl, 0.01 M Tris	分辨率 2.79 Å R-free 0.304
6NNV PD-L1 IgV domain complex with macro-cyclic peptide 提交 2019-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）片段：UNP residues 18-134	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；0.056 M sodium phosphate monobasic, 1.344 M potassium phosphate dibasic	分辨率 1.92 Å R-free 0.253
6NNV PD-L1 IgV domain complex with macro-cyclic peptide 提交 2019-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 18–134（117 aa）片段：UNP residues 18-134	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；0.056 M sodium phosphate monobasic, 1.344 M potassium phosphate dibasic	分辨率 1.92 Å R-free 0.253
6NNV PD-L1 IgV domain complex with macro-cyclic peptide 提交 2019-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 18–134（117 aa）片段：UNP residues 18-134	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；0.056 M sodium phosphate monobasic, 1.344 M potassium phosphate dibasic	分辨率 1.92 Å R-free 0.253
6NNV PD-L1 IgV domain complex with macro-cyclic peptide 提交 2019-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 18–134（117 aa）片段：UNP residues 18-134	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；0.056 M sodium phosphate monobasic, 1.344 M potassium phosphate dibasic	分辨率 1.92 Å R-free 0.253
6NOJ PD-L1 IgV domain V76T with fragment 提交 2019-01-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）片段：UNP residues 18-134 链 B 18–134（117 aa）片段：UNP residues 18-134	未记录	KW7 methyl 3-amino-4-(2-fluorophenyl)-1H-pyrrole-2-carboxylate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；0.056 M sodium phosphate monobasic, 1.344 M potassium phosphate dibasic	分辨率 2.33 Å R-free 0.245
6NOS PD-L1 IgV domain V76T with fragment 提交 2019-01-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）片段：UNP residues 18-134 链 B 18–134（117 aa）片段：UNP residues 18-134	未记录	KWA 1-[5-(3,5-dichlorophenyl)furan-2-yl]-N-methylmethanamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；0.056 M sodium phosphate monobasic, 1.344 M potassium phosphate dibasic	分辨率 2.70 Å R-free 0.275
6NP9 PD-L1 IgV domain V76T with fragment 提交 2019-01-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）	突变：V76T	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；Ammonium Sulfate	分辨率 1.27 Å R-free 0.218
6PV9 Human PD-L1 bound to a macrocyclic peptide which blocks the PD-1/PD-L1 interaction 提交 2019-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 19–239（221 aa）片段：extracellular domain (UNP residues 19-239)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；20% PEG3000, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.226
6R3K Structure of human Programmed cell death 1 ligand 1 (PD-L1) with low molecular mass inhibitor 提交 2019-03-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）链 B 18–134（117 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 JQT (2~{S},4~{R})-1-[[5-chloranyl-2-[(3-cyanophenyl)methoxy]-4-[[3-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)-2-methyl-phenyl]methoxy]phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.01 M Tris pH 8.4 containing 0.28 M sodium chloride and 27% (w/v) PEG 4000	分辨率 2.20 Å R-free 0.259
6R3K Structure of human Programmed cell death 1 ligand 1 (PD-L1) with low molecular mass inhibitor 提交 2019-03-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 18–134（117 aa）链 D 18–134（117 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 JQT (2~{S},4~{R})-1-[[5-chloranyl-2-[(3-cyanophenyl)methoxy]-4-[[3-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)-2-methyl-phenyl]methoxy]phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.01 M Tris pH 8.4 containing 0.28 M sodium chloride and 27% (w/v) PEG 4000	分辨率 2.20 Å R-free 0.259
6RPG Structure of human Programmed cell death 1 ligand 1 (PD-L1) with inhibitor 提交 2019-05-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）链 B 18–134（117 aa）	未记录	KDW ~{N}-[2-[[4-[[3-[3-[[4-[(2-acetamidoethylamino)methyl]-5-[(5-cyanopyridin-3-yl)methoxy]-2-methyl-phenoxy]methyl]-2-methyl-phenyl]-2-methyl-phenyl]methoxy]-2-[(5-cyanopyridin-3-yl)methoxy]-5-methyl-phenyl]methylamino]ethyl]ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M BIS-Tris pH 5.4, 0.2 M ammonium sulfate and 23 % (w/v) PEG 3350	分辨率 2.70 Å R-free 0.281
6VQN Co-crystal structure of human PD-L1 complexed with Compound A 提交 2020-02-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）链 B 18–134（117 aa）	未记录	R81 N,N'-(2,2'-dimethyl[1,1'-biphenyl]-3,3'-diyl)bis(5-{[(2-hydroxyethyl)amino]methyl}pyridine-2-carboxamide) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM NaCitrate, pH 6.5 and 22% (w/v) PEG 3000	分辨率 2.49 Å R-free 0.228
6VQN Co-crystal structure of human PD-L1 complexed with Compound A 提交 2020-02-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 18–134（117 aa）	未记录	R81 N,N'-(2,2'-dimethyl[1,1'-biphenyl]-3,3'-diyl)bis(5-{[(2-hydroxyethyl)amino]methyl}pyridine-2-carboxamide) × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM NaCitrate, pH 6.5 and 22% (w/v) PEG 3000	分辨率 2.49 Å R-free 0.228
6YCR Structure of human PD-L1 in complex with inhibitor 提交 2020-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.0M succinic acid, 0.1M HEPES pH 7.0, 1% w/v PEG 2000 MME	分辨率 1.54 Å R-free 0.180
7BEA Structure of human Programmed cell death 1 ligand 1 (PD-L1) with inhibitor 提交 2020-12-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）链 B 18–134（117 aa）	未记录	TK2 2-(aminomethyl)-6-[(2-methyl-3-phenyl-phenyl)methoxy]-~{N}-(2-phenylethyl)imidazo[1,2-a]pyridin-3-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；1.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate 0.01 M Sodium borate, pH 8.5	分辨率 2.45 Å
7C88 Complex structure of JS003 and PD-L1 提交 2020-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Na HEPES 7.0, 15% w/v PEG 20000	分辨率 2.00 Å R-free 0.258
7C88 Complex structure of JS003 and PD-L1 提交 2020-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Na HEPES 7.0, 15% w/v PEG 20000	分辨率 2.00 Å R-free 0.258
7CZD Crystal structure of PD-L1 in complex with a VHH 提交 2020-09-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 19–134（116 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% w/v PEG 3350	分辨率 1.64 Å R-free 0.184
7CZD Crystal structure of PD-L1 in complex with a VHH 提交 2020-09-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 19–134（116 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% w/v PEG 3350	分辨率 1.64 Å R-free 0.184
7DCV Structure of the transmembrane domain of human PD-L1 提交 2020-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 232–290（59 aa）	突变：C250A, M266L, M267L, C272S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；310 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1 NMR样品组成 20 mM MES, 30 mM DMPC, 60 mM DHPC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 20 mM MES, 30 mM [U-2H] DMPC, 60 mM [U-2H] DHPC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
7DY7 Discovery of Novel Small-molecule Inhibitors of PD-1/PD-L1 Axis that Promotes PD-L1 Internalization and Degradation 提交 2021-01-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）链 B 18–134（117 aa）	未记录	HOU 2-[[3-[[5-(2-methyl-3-phenyl-phenyl)-1,3,4-oxadiazol-2-yl]amino]phenyl]methylamino]ethanol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；PEG 3350,ammonium acetate	分辨率 2.42 Å R-free 0.240
7NLD Structure of human Programmed cell death 1 ligand 1 (PD-L1) with low molecular mass inhibitor 提交 2021-02-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 18–134（117 aa）链 D 18–134（117 aa）	未记录	UGZ N-(2-((2'-chloro-3'-(2,3-dihydrobenzo[b][1,4]dioxin-6-yl)-3-methoxy-[1,1'-biphenyl]-4-yl)(methyl)amino)ethyl)methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1M sodium cocdylate pH 6.5; 25% PEG4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.294
7NLD Structure of human Programmed cell death 1 ligand 1 (PD-L1) with low molecular mass inhibitor 提交 2021-02-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）链 B 18–134（117 aa）	未记录	UGZ N-(2-((2'-chloro-3'-(2,3-dihydrobenzo[b][1,4]dioxin-6-yl)-3-methoxy-[1,1'-biphenyl]-4-yl)(methyl)amino)ethyl)methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1M sodium cocdylate pH 6.5; 25% PEG4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.294
7NLD Structure of human Programmed cell death 1 ligand 1 (PD-L1) with low molecular mass inhibitor 提交 2021-02-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 18–134（117 aa）链 F 18–134（117 aa）	未记录	UGZ N-(2-((2'-chloro-3'-(2,3-dihydrobenzo[b][1,4]dioxin-6-yl)-3-methoxy-[1,1'-biphenyl]-4-yl)(methyl)amino)ethyl)methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1M sodium cocdylate pH 6.5; 25% PEG4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.294
7OUN Structure of human PD-L1 in complex with macrocyclic inhibitor 提交 2021-06-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–134（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.24；298 K；0.1M sodium citrate 1.95M ammonium sulphate	分辨率 1.90 Å R-free 0.246
7SJQ Ex silico engineering of cystine-dense peptides yielding a potent bispecific T-cell engager 提交 2021-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；Sodium Citrate pH 7, ammonium sulfate	分辨率 2.00 Å R-free 0.232
7TPS Crystal structure of ALPN-202 (engineered CD80 vIgD) in complex with PD-L1 提交 2022-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 19–227（209 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate dibasic, 0.03 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium HEPES/MOPS (acid), pH 7.5, 20% v/v glycerol, 10% w/v PEG 4000	分辨率 3.15 Å R-free 0.291
7TPS Crystal structure of ALPN-202 (engineered CD80 vIgD) in complex with PD-L1 提交 2022-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 19–227（209 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate dibasic, 0.03 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium HEPES/MOPS (acid), pH 7.5, 20% v/v glycerol, 10% w/v PEG 4000	分辨率 3.15 Å R-free 0.291
7UX5 Structure of PDL1 in complex with FP28136, a Helicon Polypeptide 提交 2022-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）	未记录	WHL N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M TRIS pH 8, 25% v/v PEG 350 MME.	分辨率 3.35 Å R-free 0.301
7UX5 Structure of PDL1 in complex with FP28136, a Helicon Polypeptide 提交 2022-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 18–134（117 aa）	未记录	WHL N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M TRIS pH 8, 25% v/v PEG 350 MME.	分辨率 3.35 Å R-free 0.301
7UX5 Structure of PDL1 in complex with FP28136, a Helicon Polypeptide 提交 2022-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 18–134（117 aa）	未记录	WHL N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M TRIS pH 8, 25% v/v PEG 350 MME.	分辨率 3.35 Å R-free 0.301
7UX5 Structure of PDL1 in complex with FP28136, a Helicon Polypeptide 提交 2022-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 18–134（117 aa）	未记录	WHL N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M TRIS pH 8, 25% v/v PEG 350 MME.	分辨率 3.35 Å R-free 0.301
7UX5 Structure of PDL1 in complex with FP28136, a Helicon Polypeptide 提交 2022-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 18–134（117 aa）	未记录	WHL N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M TRIS pH 8, 25% v/v PEG 350 MME.	分辨率 3.35 Å R-free 0.301
7UX5 Structure of PDL1 in complex with FP28136, a Helicon Polypeptide 提交 2022-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 18–134（117 aa）	未记录	WHL N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M TRIS pH 8, 25% v/v PEG 350 MME.	分辨率 3.35 Å R-free 0.301
7UXO Structure of PDL1 in complex with FP30790, a Helicon Polypeptide 提交 2022-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）	未记录	NH2 AMINO GROUP × 1 WHL N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 2.0 M Sodium formate.	分辨率 2.25 Å R-free 0.250
7UXP Structure of PDL1 in complex with FP28132, a Helicon Polypeptide 提交 2022-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）	未记录	NH2 AMINO GROUP × 1 WHL N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M MES pH 6.5, 1.6 M Magnesium sulfate.	分辨率 2.62 Å R-free 0.286
7UXP Structure of PDL1 in complex with FP28132, a Helicon Polypeptide 提交 2022-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 18–134（117 aa）	未记录	NH2 AMINO GROUP × 1 WHL N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M MES pH 6.5, 1.6 M Magnesium sulfate.	分辨率 2.62 Å R-free 0.286
7UXQ Structure of PDL1 in complex with FP28135, a Helicon Polypeptide 提交 2022-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 WHL N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；1.1 M Sodium Malonate pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.5% v/v Jeffamine ED-2001 Reagent pH 7.0.	分辨率 2.89 Å R-free 0.228
7UXQ Structure of PDL1 in complex with FP28135, a Helicon Polypeptide 提交 2022-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 18–134（117 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 WHL N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；1.1 M Sodium Malonate pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.5% v/v Jeffamine ED-2001 Reagent pH 7.0.	分辨率 2.89 Å R-free 0.228
7VUN Design, modification, evaluation and cocrystal studies of novel phthalimides regulating PD-1/PD-L1 interaction 提交 2021-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 18–134（117 aa）链 B 18–134（117 aa）链 C 18–134（117 aa）链 D 18–134（117 aa）链 E 18–134（117 aa）链 F 18–134（117 aa）链 G 18–134（117 aa）链 H 18–134（117 aa）	未记录	8H7 (2~{S},3~{S})-2-[[6-[(3-cyanophenyl)methoxy]-2-(2-methyl-3-phenyl-phenyl)-1,3-bis(oxidanylidene)isoindol-5-yl]methylamino]-3-oxidanyl-butanoic acid × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；PEG 3350, 1,4 - Dioxane, Tris	分辨率 2.70 Å R-free 0.289
7XAD Crystal strucutre of PD-L1 and DBL2_02 designed protein binder 提交 2022-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–238（238 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M potassium/sodium tartrate, 0.1 M Bis Tris propane, pH 6.5 ,20 % w/v PEG 3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.294
7XAD Crystal strucutre of PD-L1 and DBL2_02 designed protein binder 提交 2022-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–238（238 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M potassium/sodium tartrate, 0.1 M Bis Tris propane, pH 6.5 ,20 % w/v PEG 3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.294
7XAD Crystal strucutre of PD-L1 and DBL2_02 designed protein binder 提交 2022-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–238（238 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M potassium/sodium tartrate, 0.1 M Bis Tris propane, pH 6.5 ,20 % w/v PEG 3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.294
7XAD Crystal strucutre of PD-L1 and DBL2_02 designed protein binder 提交 2022-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–238（238 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M potassium/sodium tartrate, 0.1 M Bis Tris propane, pH 6.5 ,20 % w/v PEG 3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.294
7XAE Crystal strucutre of PD-L1 and 3ONJA protein 提交 2022-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–238（238 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 16% w/v Polyethylene glycol 8,000	分辨率 3.44 Å R-free 0.262
7XAE Crystal strucutre of PD-L1 and 3ONJA protein 提交 2022-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–238（238 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 16% w/v Polyethylene glycol 8,000	分辨率 3.44 Å R-free 0.262
7YDS The structure of the bispecific antibody targeted PD-L1 and 4-1BB 提交 2022-07-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–136（136 aa）	突变：N35Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；18% PEG4000, 0.1M Bis-tris pH 6.2	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
8ALX Structure of human PD-L1 in complex with inhibitor 提交 2022-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；1.4 M sodium acetate trihydrate; 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5	分辨率 1.10 Å R-free 0.136
8AOK Complex of PD-L1 with VHH6 提交 2022-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 ACY ACETIC ACID × 1 OXM OXAMIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 FMT FORMIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M HEPES:MOPS, pH 7.5, 0.02 M Ammonium acetate, 0.02 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.02 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.02 M Sodium formate, 0.02M Sodium oxamate, 10% (w/v) PEG 20000 and 20% (v/v) PEG 500-MME.	分辨率 1.60 Å R-free 0.185
8AOM Complex of PD-L1 with VHH1 提交 2022-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 19–239（221 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M MOPS, pH 7.5, and 12% (w/v) PEG 8000	分辨率 2.20 Å R-free 0.245
8K5N Discovery of Novel PD-L1 Inhibitors That Induce Dimerization and Degradation of PD-L1 Based on Fragment Coupling Strategy 提交 2023-07-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）链 B 18–134（117 aa）	未记录	I7M 3-[(1~{S})-1-[6-methoxy-3-methyl-5-[[[(2~{S})-5-oxidanylidenepyrrolidin-2-yl]methylamino]methyl]pyridin-2-yl]oxy-2,3-dihydro-1~{H}-inden-4-yl]-2-methyl-~{N}-[5-[[[(2~{S})-5-oxidanylidenepyrrolidin-2-yl]methylamino]methyl]pyridin-2-yl]benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；Ammonium acetate, PEG 3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.234
8OR1 Co-crystal strucutre of PD-L1 with low molecular weight inhibitor 提交 2023-04-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–133（116 aa）链 B 18–133（116 aa）	未记录	VYC 5-[[5-[[2-chloranyl-3-(2-fluorophenyl)phenyl]methoxy]-2-[(~{E})-2-hydroxyethyliminomethyl]phenoxy]methyl]pyridine-3-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.0 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate pH 5.0	分辨率 3.50 Å R-free 0.296
8P1O Solubilizer tag effect on PD-L1/inhibitor binding properties for m-terphenyl derivatives 提交 2023-05-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–134（133 aa）链 B 2–134（133 aa）	未记录	WEW (3~{R})-1-[[4-[2-chloranyl-3-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)phenyl]-2-methoxy-phenyl]methyl]-~{N}-(2-hydroxyethyl)pyrrolidine-3-carboxamide × 1 CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；27 % w/v PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0 and 0.2 M Lithium sulfate	分辨率 2.17 Å R-free 0.289
8P64 Co-crystal structure of PD-L1 with low molecular weight inhibitor 提交 2023-05-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）链 B 18–134（117 aa）	未记录	X1Q ~{N}-[[1-[(~{E})-2-(2-methyl-3-phenyl-phenyl)ethenyl]-1,2,3,4-tetrazol-5-yl]methyl]ethanamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.2 M S38 sodium citrate tribasic dihydrate 0.01 M sodium borate, pH 8.5	分辨率 3.31 Å R-free 0.297
8RPB Structure of S79 Fab in complex with IgV domain of human PD-L1 提交 2024-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 18–133（116 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1M Tris pH 8.0, 1.6M Li2SO4	分辨率 2.79 Å R-free 0.251
8XR5 Crystal structure of PD-L1 complexed with small molecule inhibitor X18 提交 2024-01-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 19–134（116 aa）链 B 19–134（116 aa）	未记录	A1LV3 (2~{R})-2-[[2-(2,1,3-benzoxadiazol-5-ylmethoxy)-5-chloranyl-4-[[2-fluoranyl-3-[3-[3-(4-oxidanylpiperidin-1-yl)propoxy]phenyl]phenyl]methoxy]phenyl]methylamino]-3-oxidanyl-propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；19% PEG3350 and 0.2 M Ammonium tartrate dibasic	分辨率 1.95 Å R-free 0.257
8ZNL PD-L1 de novo designed binder with picomolar binding affinity 提交 2024-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 19–132（114 aa）	未记录	BR BROMIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；buffer containing 0.03M Sodium fluoride; 0.03M Sodium bromide; 0.03M Sodium iodide; 0.1 M (Imidazole/MES) pH6.5, 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG1000; 12.5% w/v PEG 3350.	分辨率 1.77 Å R-free 0.275
8ZNL PD-L1 de novo designed binder with picomolar binding affinity 提交 2024-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 19–132（114 aa）	未记录	BR BROMIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；buffer containing 0.03M Sodium fluoride; 0.03M Sodium bromide; 0.03M Sodium iodide; 0.1 M (Imidazole/MES) pH6.5, 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG1000; 12.5% w/v PEG 3350.	分辨率 1.77 Å R-free 0.275
8ZNL PD-L1 de novo designed binder with picomolar binding affinity 提交 2024-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 19–132（114 aa）	未记录	BR BROMIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；buffer containing 0.03M Sodium fluoride; 0.03M Sodium bromide; 0.03M Sodium iodide; 0.1 M (Imidazole/MES) pH6.5, 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG1000; 12.5% w/v PEG 3350.	分辨率 1.77 Å R-free 0.275
8ZNL PD-L1 de novo designed binder with picomolar binding affinity 提交 2024-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 19–132（114 aa）	未记录	BR BROMIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；buffer containing 0.03M Sodium fluoride; 0.03M Sodium bromide; 0.03M Sodium iodide; 0.1 M (Imidazole/MES) pH6.5, 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG1000; 12.5% w/v PEG 3350.	分辨率 1.77 Å R-free 0.275
9EO0 Small-Molecule Inhibitors of Programmed Cell Death-1/Programmed Death-Ligand 1 提交 2024-03-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）链 B 18–134（117 aa）	未记录	A1H56 ~{N}-[3-[3-[[5-[(2-hydroxyethylamino)methyl]pyridin-2-yl]carbonylamino]-2-methyl-phenyl]-2-methyl-phenyl]-5-[[3-(methylsulfonylamino)propylamino]methyl]pyridine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M Sodium HEPES 7.5 25 % w/v PEG 3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.302
9EO0 Small-Molecule Inhibitors of Programmed Cell Death-1/Programmed Death-Ligand 1 提交 2024-03-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 18–134（117 aa）链 F 18–134（117 aa）	未记录	A1H56 ~{N}-[3-[3-[[5-[(2-hydroxyethylamino)methyl]pyridin-2-yl]carbonylamino]-2-methyl-phenyl]-2-methyl-phenyl]-5-[[3-(methylsulfonylamino)propylamino]methyl]pyridine-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M Sodium HEPES 7.5 25 % w/v PEG 3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.302
9EO0 Small-Molecule Inhibitors of Programmed Cell Death-1/Programmed Death-Ligand 1 提交 2024-03-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 18–134（117 aa）链 E 18–134（117 aa）	未记录	A1H56 ~{N}-[3-[3-[[5-[(2-hydroxyethylamino)methyl]pyridin-2-yl]carbonylamino]-2-methyl-phenyl]-2-methyl-phenyl]-5-[[3-(methylsulfonylamino)propylamino]methyl]pyridine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M Sodium HEPES 7.5 25 % w/v PEG 3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.302
9ERY Co-crystal strucutre of PD-L1 with low molecular weight inhibitor 提交 2024-03-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）链 B 18–134（117 aa）	未记录	VVH 5-[[5-[[2-[bis(fluoranyl)methyl]-3-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)phenyl]methoxy]-2-[(2-hydroxyethylamino)methyl]phenoxy]methyl]pyridine-3-carbonitrile × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.0 M Ammonium sulfate and 0.1 M Sodium cacodylate pH 6.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.276
9HRT Structure of human PD-L1 in complex with clinically evaluated inhibitor 提交 2024-12-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）链 B 18–134（117 aa）	未记录	A1IXH (2~{R})-2-[[3-[(~{E})-2-[3-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)-2-methyl-phenyl]ethenyl]-4-(trifluoromethyl)phenyl]methylamino]-2-methyl-3-oxidanyl-propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M Ammonium sulfate; 0.1 soudium cacodylate; 6.53% w/v PEG 8000	分辨率 2.30 Å R-free 0.263
9I0U Structure of human PD-L1 in complex with clinically evaluated inhibitor 提交 2025-01-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）链 B 18–134（117 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 A1IZJ (5~{S})-5-[[[5-[2-chloranyl-3-[2-chloranyl-3-[6-methoxy-5-[[[(2~{S})-5-oxidanylidenepyrrolidin-2-yl]methylamino]methyl]pyrazin-2-yl]phenyl]phenyl]-3-methoxy-pyrazin-2-yl]methylamino]methyl]pyrrolidin-2-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.0M ammonium sulfate; 0.1M sodium acetate pH 4.6	分辨率 1.46 Å R-free 0.202
9I0W Structure of human PD-L1 in complex with clinically evaluated inhibitor 提交 2025-01-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）链 B 18–134（117 aa）	未记录	A1IZP (3~{R})-1-[[7-(iminomethyl)-2-[2-methyl-3-[2-methyl-3-[[3-[[(3~{R})-3-oxidanylpyrrolidin-1-yl]methyl]-1,7-naphthyridin-8-yl]amino]phenyl]phenyl]-1,3-benzoxazol-5-yl]methyl]pyrrolidine-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% w/v PEG 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.299
9IJT Crystal Structure of human Programmed cell death 1 ligand 1 (PD-L1) bound to Small molecule inhibitor Compound-10 提交 2024-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 18–134（117 aa）链 B 18–134（117 aa）链 C 18–134（117 aa）链 D 18–134（117 aa）	未记录	A1L2P (2~{S})-1-[[4-methoxy-2-[(2-methyl-3-phenyl-phenyl)methoxy]pyrimidin-5-yl]methyl]piperidine-2-carboxylic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；299 K；0.1M Tris pH 8.5, 0.1M Magnesium chloride, 25% PEG 4000	分辨率 2.05 Å R-free 0.260
9INU Novel PD-L1/VISTA dual inhibitor as potential immunotherapy agents 提交 2024-07-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）链 B 18–134（117 aa）	未记录	A1D9R (2~{S})-2-[[6-methoxy-2-[(2-methyl-3-phenyl-phenyl)amino]pyrimidin-4-yl]methylamino]-3-oxidanyl-propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；Tris, potassium sodium tartrate tetrahydrate	分辨率 2.70 Å R-free 0.287
9KSB Crystal structure of X163 提交 2024-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–134（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.279
9KSB Crystal structure of X163 提交 2024-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 18–134（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.279
9KSB Crystal structure of X163 提交 2024-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 18–134（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.279
9KSB Crystal structure of X163 提交 2024-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 18–134（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.279
9KSB Crystal structure of X163 提交 2024-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 18–134（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.279
9KSB Crystal structure of X163 提交 2024-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 18–134（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.279
9LJ3 Crystal structure of P25 提交 2025-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 18–134（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.2 M Sodium phosphate dibasic dihydrate,pH 9.1 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.15 Å R-free 0.285
9LJ3 Crystal structure of P25 提交 2025-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–134（117 aa）	未记录	A1EJ6 3-[[4-chloranyl-2-[(2-hydroxyethylamino)methyl]-5-[[2-methyl-3-[3-[2-[2-[(3~{R})-3-oxidanylpyrrolidin-1-yl]ethoxy]ethoxy]phenyl]phenyl]methoxy]phenoxy]methyl]benzenecarbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.2 M Sodium phosphate dibasic dihydrate,pH 9.1 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.15 Å R-free 0.285
9LJ3 Crystal structure of P25 提交 2025-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 18–134（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.2 M Sodium phosphate dibasic dihydrate,pH 9.1 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.15 Å R-free 0.285
9LJ3 Crystal structure of P25 提交 2025-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 18–134（117 aa）	未记录	A1EJ6 3-[[4-chloranyl-2-[(2-hydroxyethylamino)methyl]-5-[[2-methyl-3-[3-[2-[2-[(3~{R})-3-oxidanylpyrrolidin-1-yl]ethoxy]ethoxy]phenyl]phenyl]methoxy]phenoxy]methyl]benzenecarbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.2 M Sodium phosphate dibasic dihydrate,pH 9.1 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.15 Å R-free 0.285
9LJ3 Crystal structure of P25 提交 2025-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 18–134（117 aa）	未记录	A1EJ6 3-[[4-chloranyl-2-[(2-hydroxyethylamino)methyl]-5-[[2-methyl-3-[3-[2-[2-[(3~{R})-3-oxidanylpyrrolidin-1-yl]ethoxy]ethoxy]phenyl]phenyl]methoxy]phenoxy]methyl]benzenecarbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.2 M Sodium phosphate dibasic dihydrate,pH 9.1 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.15 Å R-free 0.285
9LJ3 Crystal structure of P25 提交 2025-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 18–134（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.2 M Sodium phosphate dibasic dihydrate,pH 9.1 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.15 Å R-free 0.285
9MAP Crystal structure of GAGWLP and PD-L1 提交 2025-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 18–133（116 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 6 CA CALCIUM ION × 6 CL CHLORIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；pH 6.0,2.04M NaH2PO4 and K2HPO4	分辨率 3.00 Å R-free 0.284
9MAP Crystal structure of GAGWLP and PD-L1 提交 2025-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 18–133（116 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；pH 6.0,2.04M NaH2PO4 and K2HPO4	分辨率 3.00 Å R-free 0.284
9MAP Crystal structure of GAGWLP and PD-L1 提交 2025-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–133（116 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；pH 6.0,2.04M NaH2PO4 and K2HPO4	分辨率 3.00 Å R-free 0.284
9QSM small molecule inhibitor in complex with PD-L1 提交 2025-04-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–134（117 aa）链 D 18–134（117 aa）	未记录	A1JAE ~{N}-[2-chloranyl-3-[2-chloranyl-3-[4-[[[2-(hydroxymethyl)-1,3-bis(oxidanyl)propan-2-yl]amino]methyl]-3-methoxy-phenyl]phenyl]phenyl]-5-[[[2-(hydroxymethyl)-1,3-bis(oxidanyl)propan-2-yl]amino]methyl]pyridine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1MBis-Tris 6.520% w/v PEG 5000 MME	分辨率 1.75 Å R-free 0.270
9QSM small molecule inhibitor in complex with PD-L1 提交 2025-04-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 18–134（117 aa）链 C 18–134（117 aa）	未记录	A1JAE ~{N}-[2-chloranyl-3-[2-chloranyl-3-[4-[[[2-(hydroxymethyl)-1,3-bis(oxidanyl)propan-2-yl]amino]methyl]-3-methoxy-phenyl]phenyl]phenyl]-5-[[[2-(hydroxymethyl)-1,3-bis(oxidanyl)propan-2-yl]amino]methyl]pyridine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1MBis-Tris 6.520% w/v PEG 5000 MME	分辨率 1.75 Å R-free 0.270
9QSM small molecule inhibitor in complex with PD-L1 提交 2025-04-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 18–134（117 aa）链 F 18–134（117 aa）	未记录	A1JAE ~{N}-[2-chloranyl-3-[2-chloranyl-3-[4-[[[2-(hydroxymethyl)-1,3-bis(oxidanyl)propan-2-yl]amino]methyl]-3-methoxy-phenyl]phenyl]phenyl]-5-[[[2-(hydroxymethyl)-1,3-bis(oxidanyl)propan-2-yl]amino]methyl]pyridine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1MBis-Tris 6.520% w/v PEG 5000 MME	分辨率 1.75 Å R-free 0.270

共 74 个其他 PDB 条目、124 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PD1L1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–117； UniProt 18–134 作者链 B； PDB构建体 1–117； UniProt 18–134

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jba
沉积日期 deposition_date	2023-05-08
结构标题 title	Discovery and Crystallography Study of Novel Oxadiazole Analogs as Small Molecule PD-1/PD-L1 inhibitors
关键词 keywords	Immune checkpoint, Dimer, Inhibitor, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.74 Å
零角强度 I(0) i0	14303800.00
分子量 molecular_weight	28958.0 kDa
排除体积 excluded_volume	36480 Å³
包络体积 envelope_volume	43786 Å³
水化壳体积 shell_volume	18804 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.3 Å
壳层 Rg shell_rg	25.99 Å
包络 Rg envelope_rg	20.24 Å
形状 Rg shape_rg	19.76 Å
总 Rg total_rg	20.59 Å
总原子数 total_atoms	2040
残基数 n_residues	250
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.3 Å
Rg (实空间) rg_real	20.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4300e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0630e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8138
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.271
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.503
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5533000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.863; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Programmed cell death 1 ligand 1
分子量 formula_weight	14678.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2051

AFTVTVPKDLYVVEYGSNMTIECKFPVEKQLDLAALIVYWEMEDKNIIQFVHGEEDLKVQHSSYRQRARLLKDQLSLGNAALQITDVKLQDAGVYRCMISYGGADYKRITVKVNAPYAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(2~{S})-2-[[3-[[5-[(2-methyl-3-phenyl-phenoxy)methyl]-1,3,4-oxadiazol-2-yl]sulfanylmethyl]phenyl]methylamino]-3-oxidanyl-propanoic acid ;
分子量 formula_weight	505.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	11

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	83.170 Å
晶胞边长 b length_b	98.400 Å
晶胞边长 c length_c	32.650 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	25.860 Å
R 因子 r_factor	0.2190
R_work r_work	0.2145
R_free r_free	0.2568

fit	/app/data/saxs_computation/jb/8jba/8jba.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jb/8jba/8jba.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jb/8jba/8jba.dat