8jf7

Triheteromeric NMDA receptor GluN1-GluN2A-GluN3A in complex with glycine, glutamate, a GluN1-specific Fab,and a GluN2A-specific Fab

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 10	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A,Enhanced green fluorescent protein × 1 （A0A7G8ZY66,Q00959） Glutamate receptor ionotropic, NMDA 3A,Enhanced green fluorescent protein × 1 （A0A7G8ZY66,Q9R1M7） GluN1-specific antibody fragment light chain × 2 GluN1-specific antibody fragment heavy chain × 2 GluN2A-specific antibody fragment light chain × 1 GluN2A-specific antibody fragment heavy chain × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NMDZ1_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–847； UniProt 1–847 作者链 C； PDB构建体 1–847； UniProt 1–847

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A,Enhanced green fluorescent protein

Muromegalovirus G4

UniProt A0A7G8ZY66

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 10	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 × 2 （P35439） GluN1-specific antibody fragment light chain × 2 GluN1-specific antibody fragment heavy chain × 2 GluN2A-specific antibody fragment light chain × 1 GluN2A-specific antibody fragment heavy chain × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A7G8ZY66_MUHV1
Isoform	—
PDB实体	2, 3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 867–1108； UniProt 3–244 作者链 D； PDB构建体 979–1220； UniProt 3–244

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A,Enhanced green fluorescent protein

Muromegalovirus G4

UniProt Q00959

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 10	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 × 2 （P35439） Glutamate receptor ionotropic, NMDA 3A,Enhanced green fluorescent protein × 1 （A0A7G8ZY66,Q9R1M7） GluN1-specific antibody fragment light chain × 2 GluN1-specific antibody fragment heavy chain × 2 GluN2A-specific antibody fragment light chain × 1 GluN2A-specific antibody fragment heavy chain × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NMDE1_RAT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–842； UniProt 1–842

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 3A,Enhanced green fluorescent protein

Muromegalovirus G4

UniProt Q9R1M7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 10	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 × 2 （P35439） Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A,Enhanced green fluorescent protein × 1 （A0A7G8ZY66,Q00959） GluN1-specific antibody fragment light chain × 2 GluN1-specific antibody fragment heavy chain × 2 GluN2A-specific antibody fragment light chain × 1 GluN2A-specific antibody fragment heavy chain × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NMD3A_RAT
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–965； UniProt 1–965

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jf7
沉积日期 deposition_date	2023-05-17
结构标题 title	Triheteromeric NMDA receptor GluN1-GluN2A-GluN3A in complex with glycine, glutamate, a GluN1-specific Fab,and a GluN2A-specific Fab
关键词 keywords	membrane protein, ion channel; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8jf7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8jf7__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8jf7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	66.16 Å
Rg（电子密度）	66.35 Å
总 Rg	66.30 Å
原子数	31416
残基数	4009
排除体积	557820 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8jf7__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
分子量 formula_weight	95372.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	31416

MSTMHLLTFALLFSCSFARAACDPKIVNIGAVLSTRKHEQMFREAVNQANKRHGSWKIQLNATSVTHKPNAIQMALSVCEDLISSQVYAILVSHPPTPNDHFTPTPVSYTAGFYRIPVLGLTTRMSIYSDKSIHLSFLRTVPPYSHQSSVWFEMMRVYNWNHIILLVSDDHEGRAAQKRLETLLEERESKAEKVLQFDPGTKNVTALLMEARELEARVIILSASEDDAATVYRAAAMLNMTGSGYVWLVGEREISGNALRYAPDGIIGLQLINGKNESAHISDAVGVVAQAVHELLEKENITDPPRGCVGNTNIWKTGPLFKRVLMSSKYADGVTGRVEFNEDGDRKFANYSIMNLQNRKLVQVGIYNGTHVIPNDRKIIWPGGETEKPRGYQMSTRLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNDTSPGSPRHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKEIPRSTLDSFMQPFQSTLWLLVGLSVHVVAVMLYLLDRFSPFGRFKVNSEEEEEDALTLSSAMWFSWGVLLNSGIGEGAPRSFSARILGMVWAGFAMIIVASYTANLAAFLVLDRPEERITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECDSRSNAPATLTFENMAGVFMLVAGGIVAGIFLIFIEIAYKRHKDARRKQ

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A,Enhanced green fluorescent protein
分子量 formula_weight	125326.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGRLGYWTLLVLPALLVWRDPAQNAAAEKGPPALNIAVLLGHSHDVTERELRNLWGPEQATGLPLDVNVVALLMNRTDPKSLITHVCDLMSGARIHGLVFGDDTDQEAVAQMLDFISSQTFIPILGIHGGASMIMADKDPTSTFFQFGASIQQQATVMLKIMQDYDWHVFSLVTTIFPGYRDFISFIKTTVDNSFVGWDMQNVITLDTSFEDAKTQVQLKKIHSSVILLYCSKDEAVLILSEARSLGLTGYDFFWIVPSLVSGNTELIPKEFPSGLISVSYDDWDYSLEARVRDGLGILTTAASSMLEKFSYIPEAKASCYGQAEKPETPLHTLHQFMVNVTWDGKDLSFTEEGYQVHPRLVVIVLNKDREWEKVGKWENQTLSLRHAVWPRYKSFSDCEPDDNHLSIVTLEEAPFVIVEDIDPLTETCVRNTVPCRKFVKINNSTNEGMNVKKCCKGFCIDILKKLSRTVKFTYDLYLVTNGKHGKKVNNVWNGMIGEVVYQRAVMAVGSLTINEERSEVVDFSVPFVETGISVMVSRSNGTVSPSAFLEPFSASVWVMMFVMLLIVSAIAVFVFEYFSPVGYNRNLAKGKAPHGPSFTIGKAIWLLWGLVFNNSVPVQNPKGTTSKIMVSVWAFFAVIFLASYTANLAAFMIQEEFVDQVTGLSDKKFQRPHDYSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNYPYMHQYMTRFNQRGVEDALVSLKTGKLDAFIYDAAVLNYKAGRDEGCKLVTIGSGYIFASTGYGIALQKGSPWKRQIDLALLQFVGDGEMEELETLWLTGICHNEKNEVMSSQLDIDNMAGVFYMLAAAMALSLITFIWEHLFYKSRAEAKRMKGLEVLFQGPAAAAVSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTLTYGVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHNVYIMADKQKNGIKVNFKIRHNIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSKLSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITLGMDELYKSGLRSHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Muromegalovirus G4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	524650
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 3A,Enhanced green fluorescent protein
分子量 formula_weight	137362.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MRRLSLWWLLSRVCLLLPPPCALVLAGVPSSSSHPQPCQILKRIGHAVRVGAVHLQPWTTAPRAASRAQEGGRAGAQRDDPESGTWRPPAPSQGARWLGSALHGRGPPGSRKLGEGAGAETLWPRDALLFAVENLNRVEGLLPYNLSLEVVMAIEAGLGDLPLMPFSSPSSPWSSDPFSFLQSVCHTVVVQGVSALLAFPQSQGEMMELDLVSSVLHIPVLSIVRHEFPRESQNPLHLQLSLENSLSSDADVTVSILTMNNWYNFSLLLCQEDWNITDFLLLTENNSKFHLESVINITANLSSTKDLLSFLQVQMDNIRNSTPTMVMFGCDMDSIRQIFEMSTQFGLSPPELHWVLGDSQNVEELRTEGLPLGLIAHGKTTQSVFEYYVQDAMELVARAVATATMIQPELALLPSTMNCMDVKTTNLTSGQYLSRFLANTTFRGLSGSIKVKGSTIISSENNFFIWNLQHDPMGKPMWTRLGSWQGGRIVMDSGIWPEQAQRHKTHFQHPNKLHLRVVTLIEHPFVFTREVDDEGLCPAGQLCLDPMTNDSSMLDRLFSSLHSSNDTVPIKFKKCCYGYCIDLLEQLAEDMNFDFDLYIVGDGKYGAWKNGHWTGLVGDLLSGTANMAVTSFSINTARSQVIDFTSPFFSTSLGILVRTRDTAAPIGAFMWPLHWTMWLGIFVALHITAIFLTLYEWKSPFGMTPKGRNRNKVFSFSSALNVCYALLFGRTAAIKPPKCWTGRFLMNLWAIFCMFCLSTYTANLAAVMVGEKIYEELSGIHDPKLHHPSQGFRFGTVRESSAEDYVRQSFPEMHEYMRRYNVPATPDGVQYLKNDPEKLDAFIMDKALLDYEVSIDADCKLLTVGKPFAIEGYGIGLPPNSPLTSNISELISQYKSHGFMDVLHDKWYKVVPCGKRSFAVTETLQMEIKHFSGLFVLLCIGFGLSILTTIGEHIVHRLLLPRIKNLEVLFQGPAAAAVSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTLTYGVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHNVYIMADKQKNGIKVNFKIRHNIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSKLSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITLGMDELYKSGLRSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Muromegalovirus G4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	524650
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	GluN1-specific antibody fragment light chain
分子量 formula_weight	25739.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,G

DIQWVLLLWVPGSTGDIVLTQSPASLAVSLGQRATISCKASQSVDYDGNSYMNWYQQKPGQPPKLLIYAASNLESGIPARFSGSGSGTDFTLNIHPVEEEDAATYYCQQGNEDPPTFGGGTKLEIKRADARTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	GluN1-specific antibody fragment heavy chain
分子量 formula_weight	23432.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,H

DVQLQESGPGLVKPSQSLSLTCTVTGYSITSDYAWNWIRQFPGNKLEWMGYISYSGSTGYNPSLKSRISITRDTSKNQFFLQLNSVTTEDTATYYCARLYYGFYGMDYWGQGTSVTVSSAKTTTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	GluN2A-specific antibody fragment light chain
分子量 formula_weight	23234.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

DIQMTQSPASLSVSVGETVTITCRASENIYSNLAWYQQKQGKSPQLLVYATTNLADGVPSRFSGSGSGTQYSLKINSLQSEDFGSYYCQHFWGTPWTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	GluN2A-specific antibody fragment heavy chain
分子量 formula_weight	24936.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

QVTLKESGPGILQPSQTLSLTCSFSGFSLSSSGVGVGWIRQPSGKGLEWLAHIWWDDIKRYNPALKSRLTISKDTSSSQVFLKIASVATADTATYYCTRMETAWFPYWGQGTLVTVSAKRADARTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	7.73 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	162395

Triheteromeric NMDA receptor GluN1-GluN2A-GluN3A in complex with glycine, glutamate, a GluN1-specific Fab,and a GluN2A-specific Fab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A,Enhanced green fluorescent protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A,Enhanced green fluorescent protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 3A,Enhanced green fluorescent protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8jf7__assembly_1__model_1

8jf7__assembly_1__model_1 | I(q)

8jf7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)