SAXSdb — 8jle

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Synaptic vesicle glycoprotein 2A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 480–587	未记录	Botulinum neurotoxin × 1 （D2KCK3） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；20 mM Hepes (pH7.5), 150 mM NaCl, 0.001% LMNG, 0.0002% cholesterol hemisuccinate cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.82 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8JLE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4V11 Structure of Synaptotagmin-1 with SV2A peptide phosphorylated at Thr84 提交 2014-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 81–90（10 aa）片段：UNP RESIDUES 81-90	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M HEPES PH 7.5, 18 % PEG 3350, 0.05 M CACL2	分辨率 1.95 Å R-free 0.196
8JLC Cryo-EM structure of SV2A in complex with BoNT/A2 Hc and levetiracetam 提交 2023-06-02	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–742（741 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 UKX (2S)-2-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)butanamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes (pH7.5), 150 mM NaCl, 0.001% LMNG, 0.0002% cholesterol hemisuccinate cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.88 Å
8JLF Cryo-EM structure of SV2A in complex with BoNT/A2 Hc 提交 2023-06-02	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–742（741 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes (pH7.5), 150 mM NaCl, 0.001% LMNG, 0.0002% cholesterol hemisuccinate cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
8JLG Cryo-EM structure of SV2A in complex with BoNT/A2 Hc 提交 2023-06-02	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 480–590（111 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes (pH7.5), 150 mM NaCl, 0.001% LMNG, 0.0002% cholesterol hemisuccinate cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
8JLH Cryo-EM structure of SV2A dimer in complex with BoNT/A2 Hc and levetiracetam 提交 2023-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–742（741 aa）链 C 2–742（741 aa）	未记录	UKX (2S)-2-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)butanamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes (pH7.5), 150 mM NaCl, 0.001% LMNG, 0.0002% cholesterol hemisuccinate cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8JLI Cryo-EM structure of SV2A dimer in complex levetiracetam 提交 2023-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–742（741 aa）链 B 2–742（741 aa）	未记录	UKX (2S)-2-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)butanamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes (pH7.5), 150 mM NaCl, 0.001% LMNG, 0.0002% cholesterol hemisuccinate cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å
8JS8 Cryo-EM structure of SV2A in complex with BoNT/A2 Hc and levetiracetam 提交 2023-06-19	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–742（741 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 UKX (2S)-2-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)butanamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes (pH7.5), 150 mM NaCl, 0.001% LMNG, 0.0002% cholesterol hemisuccinate cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.88 Å
8JS9 Cryo-EM structure of SV2A in complex with BoNT/A2 Hc 提交 2023-06-19	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–742（741 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
8K77 Cryo-EM structure of SV2A in complex with BoNT/A2 Hc and brivaracetam 提交 2023-07-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–742（741 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 VLX (2S)-2-[(4R)-2-oxidanylidene-4-propyl-pyrrolidin-1-yl]butanamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.11 Å
8UO9 Structure of synaptic vesicle protein 2A in complex with a nanobody 提交 2023-10-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 64–742（679 aa）	未记录	X49 (4S)-1-{[(4S)-2-(methoxymethyl)-6-(trifluoromethyl)imidazo[2,1-b][1,3,4]thiadiazol-5-yl]methyl}-4-(4,4,4-trifluorobutyl)pyrrolidin-2-one × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 PS1 1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-L-SERINE] × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.30 Å
8UOA Structure of the synaptic vesicle protein 2A Luminal domain in complex with a nanobody 提交 2023-10-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 64–742（679 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 8.0, 0.02 mM LMNG, 0.020 mM CHS, 0.050mM GDN, and 1 micromolar of UCB-2500 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
8YF0 Cryo-EM structure of human SV2A 提交 2024-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–734（734 aa）链 C 1–734（734 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.49 Å
8YF1 Cryo-EM structure of human SV2A in complex with Brivaracetam 提交 2024-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–734（734 aa）链 B 1–734（734 aa）	未记录	VLX (2S)-2-[(4R)-2-oxidanylidene-4-propyl-pyrrolidin-1-yl]butanamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å
9NTC Structure of Synaptic Vesicle Protein 2A Bound to Brivaracetam and UCB1244283 提交 2025-03-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 64–742（679 aa）	未记录	A1B1J (3R)-4-(3,5-dimethylphenyl)-N-(2-methoxyphenyl)-3-methylbutanamide × 1 VLX (2S)-2-[(4R)-2-oxidanylidene-4-propyl-pyrrolidin-1-yl]butanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 A1B1I (3S)-4-(3,5-dimethylphenyl)-N-(2-methoxyphenyl)-3-methylbutanamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.05 Å
9PC9 Structure of Synaptic Vesicle Protein 2A Bound to UCB7361 提交 2025-06-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–742（742 aa）	未记录	A1CHN (4S)-1-{[(4S)-2-(methoxymethyl)-6-(trifluoromethyl)imidazo[2,1-b][1,3,4]thiadiazol-5-yl]methyl}-4-(3,3,3-trifluoropropyl)pyrrolidin-2-one × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.91 Å
9PCB Structure of Synaptic Vesicle Protein 2A Bound to UCB-J 提交 2025-06-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 64–742（679 aa）	未记录	A1CCA (4R)-1-[(3-methylpyridin-4-yl)methyl]-4-(3,4,5-trifluorophenyl)pyrrolidin-2-one × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.42 Å
9PRS Cryo-EM structure of human SV2A in complex with Levetiracetam and UCB1244283 提交 2025-07-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 139–742（604 aa）	未记录	UKX (2S)-2-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)butanamide × 1 A1B1J (3R)-4-(3,5-dimethylphenyl)-N-(2-methoxyphenyl)-3-methylbutanamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å

共 17 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SV2A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–108； UniProt 480–587

Botulinum neurotoxin

Clostridium botulinum

UniProt D2KCK3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 871–1296	未记录	Synaptic vesicle glycoprotein 2A × 1 （Q7L0J3） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；20 mM Hepes (pH7.5), 150 mM NaCl, 0.001% LMNG, 0.0002% cholesterol hemisuccinate cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.82 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8JLE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8JLC Cryo-EM structure of SV2A in complex with BoNT/A2 Hc and levetiracetam 提交 2023-06-02	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 871–1296（426 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 UKX (2S)-2-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)butanamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes (pH7.5), 150 mM NaCl, 0.001% LMNG, 0.0002% cholesterol hemisuccinate cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.88 Å
8JLF Cryo-EM structure of SV2A in complex with BoNT/A2 Hc 提交 2023-06-02	结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 871–1296（426 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes (pH7.5), 150 mM NaCl, 0.001% LMNG, 0.0002% cholesterol hemisuccinate cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
8JLG Cryo-EM structure of SV2A in complex with BoNT/A2 Hc 提交 2023-06-02	结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 871–1296（426 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes (pH7.5), 150 mM NaCl, 0.001% LMNG, 0.0002% cholesterol hemisuccinate cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
8JLH Cryo-EM structure of SV2A dimer in complex with BoNT/A2 Hc and levetiracetam 提交 2023-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 871–1296（426 aa）链 D 871–1296（426 aa）	未记录	UKX (2S)-2-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)butanamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes (pH7.5), 150 mM NaCl, 0.001% LMNG, 0.0002% cholesterol hemisuccinate cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8JS8 Cryo-EM structure of SV2A in complex with BoNT/A2 Hc and levetiracetam 提交 2023-06-19	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 871–1296（426 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 UKX (2S)-2-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)butanamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes (pH7.5), 150 mM NaCl, 0.001% LMNG, 0.0002% cholesterol hemisuccinate cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.88 Å
8JS9 Cryo-EM structure of SV2A in complex with BoNT/A2 Hc 提交 2023-06-19	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 871–1296（426 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
8K77 Cryo-EM structure of SV2A in complex with BoNT/A2 Hc and brivaracetam 提交 2023-07-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 871–1296（426 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 VLX (2S)-2-[(4R)-2-oxidanylidene-4-propyl-pyrrolidin-1-yl]butanamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.11 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D2KCK3_CLOBO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–426； UniProt 871–1296

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jle
沉积日期 deposition_date	2023-06-02
结构标题 title	Cryo-EM structure of SV2A LD4 in complex with BoNT/A2 Hc in the SV2A-levetiracetam-BoNT/A2 Hc complex
关键词 keywords	Synaptic vesicle, epilepsy, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.20 Å
零角强度 I(0) i0	61720500.00
分子量 molecular_weight	62438.0 kDa
排除体积 excluded_volume	78570 Å³
包络体积 envelope_volume	96505 Å³
水化壳体积 shell_volume	30120 Å³
包络直径 envelope_diameter	93.7 Å
壳层 Rg shell_rg	34.02 Å
包络 Rg envelope_rg	27.33 Å
形状 Rg shape_rg	27.17 Å
总 Rg total_rg	28.01 Å
总原子数 total_atoms	4408
残基数 n_residues	528
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.3 Å
Rg (实空间) rg_real	28.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.1720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.1530e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	61720000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9022
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	29.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.224
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.645
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	14580000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.919; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.989

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Synaptic vesicle glycoprotein 2A
分子量 formula_weight	12797.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4408

YASRTKVFPGERVEHVTFNFTLENQIHRGGQYFNDKFIGLRLKSVSFEDSLFEECYFEDVTSSNTFFRNCTFINTVFYNTDLFEYKFVNSRLINSTFLHNKEGCPLDV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Botulinum neurotoxin
分子量 formula_weight	49456.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

KNIVNTSILSIVYKKDDLIDLSRYGAKINIGDRVYYDSIDKNQIKLINLESSTIEVILKNAIVYNSMYENFSTSFWIKIPKYFSKINLNNEYTIINCIENNSGWKVSLNYGEIIWTLQDNKQNIQRVVFKYSQMVNISDYINRWIFVTITNNRLTKSKIYINGRLIDQKPISNLGNIHASNKIMFKLDGCRDPRRYIMIKYFNLFDKELNEKEIKDLYDSQSNSGILKDFWGNYLQYDKPYYMLNLFDPNKYVDVNNIGIRGYMYLKGPRGSVVTTNIYLNSTLYEGTKFIIKKYASGNEDNIVRNNDRVYINVVVKNKEYRLATNASQAGVEKILSALEIPDVGNLSQVVVMKSKDDQGIRNKCKMNLQDNNGNDIGFIGFHLYDNIAKLVASNWYNRQVGKASRTFGCSWEFIPVDDGWGESSL

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium botulinum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1491
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.820 Å
最低分辨率 resolution_low	96.280 Å
R 因子 r_factor	0.3662
R_work r_work	0.3662
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.82 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	646723

fit	/app/data/saxs_computation/jl/8jle/8jle.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jl/8jle/8jle.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jl/8jle/8jle.dat

Cryo-EM structure of SV2A LD4 in complex with BoNT/A2 Hc in the SV2A-levetiracetam-BoNT/A2 Hc complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Synaptic vesicle glycoprotein 2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Botulinum neurotoxin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)