8jnr

Crystal structure of human ALKBH3 bound to 3mC containing ssDNA through distal crosslink

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	DNA × 2 Synthetic antibody heavy chain × 4 Synthetic antibody light chain × 4 N-OXALYLGLYCINE × 2 MANGANESE (II) ION × 4 [(2R,3S,5R)-5-(4-azanyl-3-methyl-2-oxo-pyrimidin-3-ium-1-yl)-3-hydroxy-oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ALKB3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 22–238； UniProt 70–286 作者链 C； PDB构建体 22–238； UniProt 70–286 作者链 D； PDB构建体 22–238； UniProt 70–286 作者链 E； PDB构建体 22–238； UniProt 70–286

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jnr
沉积日期 deposition_date	2023-06-06
结构标题 title	Crystal structure of human ALKBH3 bound to 3mC containing ssDNA through distal crosslink
关键词 keywords	RNA m1A demethylase, DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8jnr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8jnr__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8jnr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.37 Å
Rg（电子密度）	45.74 Å
总 Rg	46.16 Å
原子数	19644
残基数	2502
排除体积	347240 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8jnr__assembly_1__model_1`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 3
分子量 formula_weight	27693.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.11.33,1.14.11.54
突变 mutation	D110S, D189C, C201S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,D,E
原子数 atom_count	19651

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMRVIDREGVYEISLSPTGVSRVCLYPGFVDVKEADWILEQLSQDVPWKQRTGIREDITYQQPRLTAWYGELPYTYSRITMEPNPHWHPVLRTLKNRIEENTGHTFNSLLCNLYRNEKDSVCWHSDDEPSLGRSPIIASLSFGATRTFEMRKKPPPEENGDYTYVERVKIPLDHGTLLIMEGATQADWQHRVPKEYHSREPRVNLTFRTVYPDPRGAPW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA
分子量 formula_weight	867.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,F

TXT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Synthetic antibody heavy chain
分子量 formula_weight	22927.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNFSYSSIHWVRQAPGKGLEWVAYIYSSSGYTSYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARGDSWYAMDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Synthetic antibody light chain
分子量 formula_weight	23667.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L,M,N

SDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQPSYIYYPVTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDSQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	N-OXALYLGLYCINE
分子量 formula_weight	147.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	[(2R,3S,5R)-5-(4-azanyl-3-methyl-2-oxo-pyrimidin-3-ium-1-yl)-3-hydroxy-oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate
分子量 formula_weight	322.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	108.615 Å
晶胞边长 b length_b	142.171 Å
晶胞边长 c length_c	130.110 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	113.07 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.660 Å
最低分辨率 resolution_low	34.380 Å
R 因子 r_factor	0.2290
R_work r_work	0.2270
R_free r_free	0.2730

Crystal structure of human ALKBH3 bound to 3mC containing ssDNA through distal crosslink

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8jnr__assembly_1__model_1

8jnr__assembly_1__model_1 | I(q)

8jnr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of human ALKBH3 bound to 3mC containing ssDNA through distal crosslink

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8jnr__assembly_1__model_1

8jnr__assembly_1__model_1 | I(q)

8jnr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)